微生物被擬為土壤養分循環的“轉化器”、環境汙染物的“淨化器”、陸地生態系統穩定的“調節器”。可以說，沒有土壤微生物，土壤就失去了活性，就沒有了生產能力。
然而，我國農業長期過度地依賴化肥，導致土壤中大量的有益微生物菌群遭到破壞，土壤活性下降，最直觀的表現就是蚯蚓的缺失。因此，要改善當前土壤生態質量，提高土壤生物肥力，當務之急就是補充土壤有益微生物，施用微生物肥料是最直接的有效方法。
微生物肥料種類
農業部批准登記的微生物肥料產品共有9個菌劑類品種和2個菌肥類品種。
九個菌劑：根瘤菌劑、固氮菌劑、溶磷菌劑、硅酸鹽菌劑、菌根菌劑、光合菌劑、有機物料腐熟劑、複合菌劑和土壤修復菌劑。微生物菌劑具有直接或間接改良土壤、恢復地力、維持根際微生物區系平衡、降解有毒有害物質等作用。
兩個菌肥：複合微生物肥料是把無機營養元素、有機質、微生物菌有機結合於一體，體現無機化學肥料、有機肥料以及微生物肥料的綜合效果，是化解土壤板結現象，修復和調理土壤，提高化學肥料利用率，提高果實品質及產量的首推肥料。生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體為來源並經無害化處理、腐熟的有機物料複合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
微生物肥料咋施用？
微生物肥料具有生態適應性，施用時應依據當地生態狀況、作物品種、土壤類型和耕作方式等確定具體施用方式和施用量，以達到較佳的作用效果。微生物肥料可用作基肥、追肥、溝施或穴施，還可拌種、浸種、蘸根。生物有機肥一般作基肥、種肥、追肥。農用微生物菌劑除作基肥、種肥、追肥外，還可葉面噴施等。
●農用微生物菌劑
主要用作基肥、追肥、育苗肥。固態菌劑一般用量2公斤/畝左右，與40-60公斤有機肥混合均勻後使用。在作物育苗時，可將固態菌劑摻入營養土中拌土，混均後裝入營養缽中育苗；亦可將菌劑稀釋10-20倍液拌種、蘸根、噴根；按1比100比例稀釋後用於灌根、衝施；稀釋500倍液進行葉面噴施。
●複合微生物肥
用作基肥10-20公斤/畝，同有機肥或農家肥一起施入；作追肥10-20公斤/畝，作物生長期追施；葉面噴施，稀釋500倍葉面噴施。
●生物有機肥
作基肥100公斤/畝，同農家肥一起施入；作追肥比化肥提前7-10天左右，可參照化肥追肥用量施入。
微生物肥料使用注意事項：
微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機肥嚴格，要注意使用條件，嚴格按照說明書操作，否則難以獲得良好效果。
1、微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格。一般菌肥中的生物菌在土壤18℃-25℃時生命活動最為活躍，15℃以下時生命活動開始降低，10℃以下時活動能力已很微弱，甚至處於休眠狀態。因此，微生物肥料使用需注意土壤溫度，調節好土壤溼度。
2、注意施肥時期。微生物肥施入土壤後，生物菌需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般在15天后可發揮作用。如果作追施，在作物的營養臨界期前施用。施用時間適宜在清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可避免陽光中的紫外線將微生物殺死。避免在高溫、乾旱條件下使用。
3、微生物肥料不能長期泡在水中，在水田施用應乾溼灌溉，促進生物菌活動。以好氣性微生物為主的產品，則儘量不要用在水田。
4、微生物菌劑在施足有機肥基礎上效果佳。如果土壤中的有機質供應充足，生物菌就會大量繁殖，抑制有害菌。反之，生物菌就會因食物缺乏而死亡。因此，作物定植前一定要施足有機肥。
5、微生物肥料可單獨使用，也可與其它肥料混合使用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用，否則，會因農家肥發酵產生的高溫殺死微生物而影響肥效。此外，避免與過酸、過鹼的肥料混用。
6、避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不要將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及草木灰混合用。不用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。
7、微生物肥料不宜久放，拆包後要及時施用，注意產品保質期。
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