1873年肅州之戰結束後，長達12年的陝甘回亂終於平定，左宗棠開始籌集糧餉，準備揮師西征，收復新疆。沒想到，第二年，原本投降的回軍首領、河州撫回閔殿臣又再次叛亂。左宗棠遂命劉錦棠率董福祥、馬佔鰲等部圍剿，攻破河州，閔殿臣伏誅。
過了20年，光緒二十一年（1895年），河湟又爆發了因新老教派衝突引起的叛亂，這一年是乙未年，史稱“乙未河湟事變”。
回教華派第六代教主馬桂源在河州之戰中被左宗棠誅滅後，華派分裂為以青海循化馬如彪和以甘肅河州馬永琳為首的新、老兩派。馬如彪在光緒中去麥加朝覲，學了沙孜林耶理論，準備對華派進行改革，結果遭到了其叔馬永琳的斥責。最初，由於馬如彪有馬佔鰲的支持，所以馬永琳不敢以強硬手段反對；馬佔鰲去世後，馬永琳便打壓馬如彪。於是新老兩派又起紛爭，經常聚眾械鬥。
光緒二十年(1894年)，新派阿訇韓母撒與老派阿訇韓奴勒又因講經發生爭執，再次引起械鬥，老派仗著人多勢重，放火燒燬了新派房屋，新派遂將老派告上循化廳西寧府。河州總兵湯彥和認為是華派內部相爭，就派兩派頭面人物馬永瑞與馬永琳兄弟到循化調解。馬永琳暗中支持循化“老派”頭人韓奴勒，調解無效。此後，老教的人又將兩個新教阿訇圍困在“張噶工”活活打死，此外，他們還把一些抓來的新教信徒嚴刑拷打，強迫他們剃掉鬍子。於是新派將馬永琳告到蘭州總督府。陝甘總督楊昌濬派西寧道臺陳嘉績、道員徐錫祺赴循化查辦。陳嘉績、徐錫祺認為事情是老教挑起來的，於是一改從前護“老派”、抑“新派”的作法，將“老派”臘月保等11人“梟首示眾”。這一下把“老派”激怒了，萬餘教眾在韓奴勒的領導下，從光緒二十一年三月初八起，開始圍攻循化廳城，揭開了乙未河湟事變的序幕。清軍聞訊即開始鎮壓，在鎮壓過程中，根本分不清老教新教，於是“不分新老，一律剿辦”。這一下新老教派停止了教爭，一起反了。馬永琳也率眾圍攻河州城。
前一年，甲午戰爭爆發，京師防務吃緊，清廷急召董福祥從新疆入京勤王。此時馬佔鰲已死，其子馬安良承襲父職。董福祥率部經過甘肅時，清廷特意關照要讓董福祥帶一撥甘肅回軍北上，董福祥即令馬安良、馬海晏等回軍十營隨軍赴京。馬家軍一走，甘肅防務一下空虛起來，所以也才有了這次大規模的叛亂。
自三月至九月間，狄道馬維翰、海原李昌發、西寧韓文秀、化隆馬成林、樂都冶主麻、哆吧馬大頭三三、大通劉四伏、北大通劉輔等先後奮起響應，回匪人數達十多萬人。一時甘肅震動！總督楊昌濬急令各路淸軍分頭進剿。先是河州鎮總兵湯彥和部在夾塘灣全軍覆沒；繼而，西寧鎮總兵鄧增部在甘都堂被困；河州提督雷正綰部也被回軍圍困，情勢危急；甘肅提督李培榮被困於平戎驛。另外，大通營、甘都營相繼失陷，巴燕戎格廳、大通縣城吃緊，形勢非常緊迫。
因鎮壓不力，總督楊昌浚被清廷革職，發回原籍，另派董福祥督辦甘肅軍務。
董福祥星夜率部自北京馳援甘肅。十月中旬，抵達河州，先利用馬福祿與馬永琳、馬永瑞的關係，誘降了兄弟倆，然後殺了其全家15口；又利用馬安良、馬海宴的關係誘降了韓奴勒，而周七十、馬顯文、閔伏英等600餘回匪先後伏誅。於是河州平定。
董福祥令何得彪、張銘新率部於十二月間撲向西寧府。由於清兵巨增，槍炮精良，西寧南川、北川、哆吧、北大通、米拉溝、巴暖營等處回軍據點相繼失守，清軍開始“肆行殺戮，所部弁兵，任意淫擄，慘不可言”。暴亂平息後，董福祥令馬福祿處理“河湟善後”。馬福祿率其“安寧軍”開始了殘酷的大掃蕩，回匪近3萬人被誅，韓文秀、馬大頭三三、馬成林、冶主麻等匪首授首。第二年二月，漏網的劉四伏部轉戰於青海柴達木和河西等地，又轉移到新疆羅布泊。至此，河湟事變結束。
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