光緒三十二年，時任兩江總督的端方上書光緒皇帝，請求允許“南洋各島及檀香山、舊金山等處僑民”回南京讀書，以“宏教澤而系僑情”。經過籌備，校址被選在南京薛家巷妙相庵。該處地居南京城中央，鼓樓之南，唱經樓之北，西北緊鄰金陵大學。
1907年3月23日，暨南學堂正式開學。首批學生21人，全部是爪哇歸國的僑生，原籍大部分為廣東。 1907年8月28日，巴達維亞中華會館董事潘立齋、梁映堂又護送10名僑生到達南京學習。
1908年5月，南洋各島第三批46名僑生抵達南京。 早期的暨南學子年齡一般在十三四歲，遠離家鄉和父母，遠涉重洋生活自理能力不足，加之來到語言習慣和生活環境相當陌生的地方，普遍會難以適應。因此，學堂採取“家庭學校制”，所有設備，均仿家庭之佈置，管理學生。兩江總督端方對僑生多方照顧，極為優待，規定僑生除了自備衣物和零用錢外，學費和食宿費一概豁免。每年另外發放冬夏兩季制服。學堂還為僑生免費醫病。
1911年10月，武昌首義，各省紛紛響應。駐守南京的張勳領著“辮子軍”攻進南京城後，曾運來大炮對著暨南學堂。學堂趕緊把學生送到上海避難，大部分僑生返回南洋，小部分參加了革命軍，而暨南學堂也因此停辦。民國初年，袁世凱竊據大總統寶座，由於懼怕革命黨威脅其政權，擔心“暨南都是些革命黨”，因而對暨南復辦一事態度消極。導致當時的大多數華僑青年或失學海外，或滯留內地，或流離失所。
1917年，戰事稍停。11月1日，教育部終於批准恢復暨南學堂，並委派江蘇教育司司長黃炎培為籌辦員。
918年3月1日，暨南學校補習科正式開課。學校正式更名為“國立暨南學校”。 1918年5月，學校研究後決定變通章程，並呈報北洋政府教育部：“凡國內高等小學畢業，其父兄或保護人現在南洋經營商業者，又師範科華僑學生有缺額，而國內學生有赴南洋為教師之志願，且具有相當資格者，均得適用入學手續，准予入學試驗。”
1923年，為了適應學生的增多，並創建大學部，暨南學校從南京遷到上海的真如。 1927年6月，在趙正平和姜琦之後，鄭洪年繼任暨南校長。擔任暨南學校校長後，鄭洪年力主將商科改為商學院，並在此基礎上增加農學院、文哲學院、自然科學院、社會科學院和藝術院五門，將暨南學校擴充為當時唯一的華僑大學——國立暨南大學。
截至2017年3月，學校設有四海書院 [14] 國際學院、文學院、外國語學院、新聞與傳播學院、藝術學院、經濟學院、管理學院、創業學院、公共管理學院/應急管理學院、法學院/知識產權學院、國際關係學院/華僑華人研究院、理工學院、
信息科學技術學院/網絡空間安全學院、生命科學技術學院、醫學院、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、藥學院、華文學院、人文學院、翻譯學院、國際商學院、電氣信息學院、深圳旅遊學院、教育學院、環境學院、化學與材料學院、力學與建築學院、護理學院、中醫學院，暨南大學伯明翰大學聯合學院、光子技術研究院、經濟與社會研究院等37個學院和研究生院、62個系 17個直屬研究院，有本科專業94個 ，以及體育部。
暨南大學肩負著為海外華僑華人和港澳臺地區培養人才光榮使命，在標誌的設計上，字母“JNU”構成一艘中國特點的帆船
截至2018年3月，學校設有22所附屬醫院 [19] ，分別是：附屬第一醫院、附屬深圳醫院、附屬珠海醫院、附屬廣州市紅十字會醫院、附屬清遠醫院、附屬江門中醫院、附屬深圳眼科醫院、附屬深圳華僑城醫院、附屬黃埔中醫院、
附屬惠州口腔醫院、附屬深圳華僑醫院、附屬順德婦兒醫院、附屬東莞醫院、附屬暨華醫院、附屬復大腫瘤醫院、附屬三九腦科醫院、暨南大學鄭州醫院、附屬深圳寶安區婦幼保健院等。其中三甲醫院10所
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