光绪三十二年，时任两江总督的端方上书光绪皇帝，请求允许“南洋各岛及檀香山、旧金山等处侨民”回南京读书，以“宏教泽而系侨情”。经过筹备，校址被选在南京薛家巷妙相庵。该处地居南京城中央，鼓楼之南，唱经楼之北，西北紧邻金陵大学。
1907年3月23日，暨南学堂正式开学。首批学生21人，全部是爪哇归国的侨生，原籍大部分为广东。 1907年8月28日，巴达维亚中华会馆董事潘立斋、梁映堂又护送10名侨生到达南京学习。
1908年5月，南洋各岛第三批46名侨生抵达南京。 早期的暨南学子年龄一般在十三四岁，远离家乡和父母，远涉重洋生活自理能力不足，加之来到语言习惯和生活环境相当陌生的地方，普遍会难以适应。因此，学堂采取“家庭学校制”，所有设备，均仿家庭之布置，管理学生。两江总督端方对侨生多方照顾，极为优待，规定侨生除了自备衣物和零用钱外，学费和食宿费一概豁免。每年另外发放冬夏两季制服。学堂还为侨生免费医病。
1911年10月，武昌首义，各省纷纷响应。驻守南京的张勋领着“辫子军”攻进南京城后，曾运来大炮对着暨南学堂。学堂赶紧把学生送到上海避难，大部分侨生返回南洋，小部分参加了革命军，而暨南学堂也因此停办。民国初年，袁世凯窃据大总统宝座，由于惧怕革命党威胁其政权，担心“暨南都是些革命党”，因而对暨南复办一事态度消极。导致当时的大多数华侨青年或失学海外，或滞留内地，或流离失所。
1917年，战事稍停。11月1日，教育部终于批准恢复暨南学堂，并委派江苏教育司司长黄炎培为筹办员。
918年3月1日，暨南学校补习科正式开课。学校正式更名为“国立暨南学校”。 1918年5月，学校研究后决定变通章程，并呈报北洋政府教育部：“凡国内高等小学毕业，其父兄或保护人现在南洋经营商业者，又师范科华侨学生有缺额，而国内学生有赴南洋为教师之志愿，且具有相当资格者，均得适用入学手续，准予入学试验。”
1923年，为了适应学生的增多，并创建大学部，暨南学校从南京迁到上海的真如。 1927年6月，在赵正平和姜琦之后，郑洪年继任暨南校长。担任暨南学校校长后，郑洪年力主将商科改为商学院，并在此基础上增加农学院、文哲学院、自然科学院、社会科学院和艺术院五门，将暨南学校扩充为当时唯一的华侨大学——国立暨南大学。
截至2017年3月，学校设有四海书院 [14] 国际学院、文学院、外国语学院、新闻与传播学院、艺术学院、经济学院、管理学院、创业学院、公共管理学院/应急管理学院、法学院/知识产权学院、国际关系学院/华侨华人研究院、理工学院、
信息科学技术学院/网络空间安全学院、生命科学技术学院、医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、华文学院、人文学院、翻译学院、国际商学院、电气信息学院、深圳旅游学院、教育学院、环境学院、化学与材料学院、力学与建筑学院、护理学院、中医学院，暨南大学伯明翰大学联合学院、光子技术研究院、经济与社会研究院等37个学院和研究生院、62个系 17个直属研究院，有本科专业94个 ，以及体育部。
暨南大学肩负着为海外华侨华人和港澳台地区培养人才光荣使命，在标志的设计上，字母“JNU”构成一艘中国特点的帆船
截至2018年3月，学校设有22所附属医院 [19] ，分别是：附属第一医院、附属深圳医院、附属珠海医院、附属广州市红十字会医院、附属清远医院、附属江门中医院、附属深圳眼科医院、附属深圳华侨城医院、附属黄埔中医院、
附属惠州口腔医院、附属深圳华侨医院、附属顺德妇儿医院、附属东莞医院、附属暨华医院、附属复大肿瘤医院、附属三九脑科医院、暨南大学郑州医院、附属深圳宝安区妇幼保健院等。其中三甲医院10所
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