必須承認，方舟子對科普有著重要的貢獻，但也不能否認，方舟子因為個人性格上的缺陷和其他原因，也是一個有著學術硬傷和邏輯硬傷的人。甚至可以說，方舟子說過正確的科學的話，但並不可以做一個真正的科普作家。
方舟子人氣最高的一次質疑，是關於韓寒代筆的質疑。韓寒在此事中甚至氣急敗壞的喊出了千萬賞金。最終，方韓大戰日漸平淡，但因此產生的韓寒代筆的質疑卻開始了。
方舟子在質疑韓寒的過程中，用的最著名的邏輯就是：沒人證明，你就無法證明。自證，不存在。
更著名的是方舟子和羅永浩的對戰：方舟子稱羅永浩“非法辦學，沒有辦學資質，還涉嫌偷稅漏稅，做虛假廣告”。羅永浩則坦率的去自首。最終此事沒有進入司法程序，但自此，質疑羅永浩的人多了起來。
方舟子的安保基金：從最初到現在，一直被方舟子沉默對待，毫無提及，甚至羅永浩憤怒的帶著攝像團隊圍追堵截，但方舟子表現的依然沉默。
很多人不知道的是，方舟子也抄襲，並且自己承認了一半：說自己和對應的教授提過。但網友指出Root Bernstein教授並未接受方舟子的道歉，反而寫郵件對方舟子給予重責，認為方舟子除了自定規則不遵守他人規則，並認為方舟子是一個監督中國造假行為卻不受制約亦不承擔指控的角色，並試圖同時扮演指控者、法官、與陪審團的角色。
更羞恥的是：2011年4月起，方舟子之妻劉菊花的碩士畢業論文捲入涉嫌抄襲的醜聞，但方舟子開啟了護妻模式。
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