崇禎自殺後，其實還有很多明朝的殘餘勢力在各地建立政權，繼續與清朝做鬥爭，比如明鄭時期的鄭氏政權。鄭氏政權是大名鼎鼎的的鄭成功建立的，歷經五王、前後二十二年，直到1683年，劉國軒在澎湖海戰中被海霹靂施琅打的全軍覆滅，鄭氏政權分崩離析，不久投降了清朝，鄭氏政權滅亡。但此時，距離清軍入關已經有40年了。
澎湖海戰是一場頗具規模的戰役，而且還是一場冷兵器和現代兵器混雜的戰役，這場戰役中雙方都有大炮、火銃等近現代的武器，但又不乏冷兵器時大刀互砍的赤膊戰。此次戰役中清軍人數是24000，各式戰船合計238艘；鄭軍20000人，各式戰船合計200艘；清軍的前線指揮官是海霹靂施琅，後勤負責人是姚啟聖，鄭軍的統帥是劉國軒。
從雙方的參戰人數和戰船數量上來看不分上下，而且清軍是進攻方，鄭軍是守戰方，可以以逸待勞打持久戰。再加上這是海戰，不像陸戰哪樣可以安營紮寨，清軍在大海上居不定所，隨時都有被颱風給吹走的風險。從這方面來分析，清軍貌似處於劣勢，但結果出人意料，澎湖海戰只打了七天，清軍329人陣亡，1800人受傷 ；而鄭軍14000人陣亡，5000多人被俘，190餘艘戰場被擊毀或被清軍繳獲。
後人分析劉國軒之所以如此迅速的慘敗，一方面是因為他坐失良機，沒有聽下屬的建議，在施琅立足未穩之時沒有出擊，一味的想等待颱風把施琅給滅掉；劉國軒不想出擊，想死守，但又胸無全局，防守做的又不嚴謹，在施琅發起總攻時，劉國軒又不堅持防守，列隊和施琅火拼。另外一方面就是清軍有姚啟聖做後勤，做招撫做的好，用高官厚祿吸引鄭軍的將軍，導致鄭軍內部多位將軍投降，策應清軍，裡應外合。
其實，澎湖之戰除了施琅治的治軍有方，後勤完備以外，還有一點就是將士用命。而最用命，最英勇的應該就是藍理，而且他還救了施琅一命。藍理，天津鎮總兵、福建陸路提督，又稱“破肚總兵”、“定海總兵”、“菩薩將軍”，他自幼習武，精通刀、槍、矛、盾等各種兵器。據說他能力舉八百斤，足追奔馬，還能拽馬尾倒行，英勇無比。
康熙二十一年，也就是澎湖海戰的前一年，施琅特意給康熙上書，奏請任命藍理為右營遊擊，領前隊先鋒，率舟師征剿鄭氏軍隊。康熙二十二年六月二十二日，藍理跟隨施琅親赴澎湖，劉國軒率領兩萬將士迎戰，第一次相遇就短兵相接，各種大炮、火銃統統都用上了。
藍理首當其衝，站在戰船的最前頭，冒著炮彈、火銃的射擊和劉國軒的部將曾遂大戰起來，這一戰從早上一直戰到晌午，海上硝煙瀰漫，大炮轟隆隆直響，火銃點燃了彼此的船隻，雙方都殺紅了眼。藍理越戰越勇，光著膀子與對方廝殺，突然一枚炮彈飛來，彈片擊中了他的腹部，腸子瞬間流了出來。藍理一陣劇痛，瞬間倒下，藍理的弟弟藍瑤見狀趕緊把藍理扶進船艙，族人藍法把藍理的腸子捧放入腹，其他人幫忙給藍理包紮穿衣。
此時曾遂看到藍理被炮彈擊中，不見了蹤影，隨大叫："藍理死了！藍理死了！"戰場上不怕人多，就怕群龍無首，藍理一倒下，船上的清軍見沒了主將，銳氣大減。此時，在船艙的藍理醒了過來，聽到曾遂在大叫自己死了，藍理掙扎著站起來，握緊拳頭走出船艙，大喊："藍理沒死，曾遂死了！"藍理一邊連呼："殺賊！殺賊！殺賊！"一邊指揮清軍用火藥桶攻擊對方戰船。
清軍一看藍理沒死，拖著腸子又回到甲板上，瞬間士氣大振，紛紛不要命似的用鐵鉤子勾住鄭軍的戰船，往船上仍火箭、火龍、火罐子，鄭軍的戰船一片火海，士兵燒死無數，劉國軒被迫退守。清軍首戰告捷，施琅親自上船慰勞藍理，並上疏康熙，將藍理列為首功。此戰後，藍理一戰成名，不僅清軍都知道了藍理的英勇，鄭軍也都知道了清軍有位不要命，拖著腸子大戰的藍理。
三天後，施琅再次帶領戰船出擊，不料碰上劉國軒的大隊戰船，施琅所乘的船隻正好被鄭軍團團圍住，危在旦夕。養傷中的藍理得知主帥被圍，一躍而起，帶傷駕船親自前去援救施琅。鄭軍遠遠的看到有救援船隻趕來，船篷上寫著"藍理"兩個大字，於是紛紛大喊"藍理來了，藍理來了！"結果，藍理的戰船還未和鄭軍交戰，對方軍心已散，掉頭就跑，藍理乘勢追擊，救了主帥施琅，再立戰功。試想，如果施琅被圍後戰死，澎湖之戰的結果就要大變樣了。
澎湖海戰之後，康熙念念不忘藍理在澎湖之戰中拖腸血戰的功勞，特意召他進京，詢問澎湖血戰時狀況，並叫藍理解衣察看傷處。藍理解開衣服後，康熙撫摸著他的傷疤，感嘆不已。此後，過了十多年，康熙還時常向文武大臣談起澎湖海戰時藍理拖腸血戰的情形。有一次康熙還特意把藍理引薦給孝莊太后，對孝莊說：“這就是破腹將軍。”從此“破腹將軍”聞名全國。
康熙為了表彰藍理戰功，還先後兩次為藍理親自題寫御書榜文："所向無敵"和"勇壯簡易"，並賜藍理花翎、冠服。康熙御書的榜文，鐫刻在漳州藍理牌樓上，至今猶存。
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