邪教問題是世界性問題，但本文所探討的危害性，受水平和掌握情況的限制，隻立足於中國本土、中國歷史和當前形勢下來探討邪教的危害性。
一、衝擊社會主流意識形態。邪教問題首先是意識形態問題，因為有邪的思想，才有邪的行為和對社會的危害。邪教都有自己的思想體系、理論體系，也就是所謂的教義、教旨，這些教義、教旨最大的特徵在本質上都是唯心的、反科學的；在對待人自身態度上反人類，不珍惜人的生命；在對待“神”的態度上搞教主崇拜，反社會、反政府。與主流意識形態背道而馳，此消彼長。法輪功、全能神等邪教的教義不僅與我們主流意識形態格格不入，完全對立。為了自身生存的需要，為了贏得反華勢力的支持，在西方敵對勢力撮合下，法輪功、全能神等邪教將推翻共產黨執政寫入教義，這種教義實質上已經是赤裸裸的政治綱領，完全走向反動，其組織實際上成為西方敵對勢力對中國搞和平演變的別動隊。他們還編造和宣揚“世界末日論”、“人類災難論”，製造恐慌心理、恐怖氣氛，增加人們心靈慰藉的需求，增加信邪的基礎。通過宣傳這些反科學的、荒誕的東西，扮演成救世主角色，消災避難，拉人入夥，教人們去信他們那一套，行動上沿著他們所指引的方向走，以求生、避災、上層次。這種歪曲的理論體系，決定著邪教每個個體世界觀、價值觀、人生觀極端自我、自私。例如，法輪功修煉者拋妻棄子的做法，就是為了自己上一個層次，追求他們的價值和所謂的圓滿，追求所謂的個人幸福。全能神人員將國家給的低保、社保的大部奉獻給組織，以求自己上層次。
二、反對現秩序的潛質。應當說邪教組織的核心層、上層是非常清醒地與我們現政權為敵的。前面說過法輪功、全能神的教義實質上是政治綱領，他們的行為是圍繞政治綱領進行的。邪教之徒除了邪教的誘導、洗腦和個體因素諸如不勤勞、文化偏低、因病、因災等等之外，常常都是在現秩序下的個體利益，包括物質、事業、精神、成就等方面受到損害者，另闢蹊徑，逐利或追求人生的成功、價值或精神寄託，自覺、不自覺地體現對現秩序的反對、反抗。我們常常注意到，參加邪教組織的是社會弱勢群體，他們在社會基層可能承受了一些的重負，在一起思想上容易引起共鳴，心靈上受到更多慰藉，邪教組織活動尤有沙龍休閒之效。而這些貌似平常、正常的活動在邪教教義指引下、在邪教組織的牽引下，極易走上對抗現秩序、反抗現秩序之途。因為他們有反對現秩序的潛質，在一定環境下就會演變為現實危害。
三、不同於一般刑事犯罪。一般刑事犯罪個體作案的頻率高，然後依次是團伙、集團、黑社會性質團伙、黑社會；而邪教活動，其組織性是第一位的，即使像法輪功的一些反宣活動等，儘管是個體出現，也是法輪功邪教組織的指使，或符合組織總體要求，或是組織安排或誘導下個體的自覺作為。在動機上，一般刑事犯罪都是直接的、具體的追求或侵害目標的；而邪教人員是被洗腦的教義所支配，例如山東招遠“5.28”案件，將受害者稱之為“邪靈”，儘管主觀上有剝奪他人生命權的故意，但其第一理念仍是全能神的教義所支配，以他們的歪曲標準來衡量，非同類即為邪。有趣的是在監獄服刑的法輪功、全能神罪犯相互指責對方為邪教。從犯罪所侵害的對象來看，一般刑事犯罪都是有直接危害性，有現實危害後果的，例如殺人犯罪非法剝奪他人生命，侵害他人的生命權；但邪教犯罪，在破壞法律實施方面，具體完成了違法行為，既有現實的危害後果，也有潛在的社會危害，比如，像法輪功、全能神從其總教義或政綱來看，以推翻共產黨執政為目標，在現秩序下即是未遂犯罪。
四、潛在的破壞力巨大。從查破的邪教案件來看，這些成員農民多、婦女多，大多知識層次不高。但要看到，他們是被洗腦的，常常聲稱有信仰，這種人信了邪、著了魔，個體可能弱小，但為了其教義、教旨可能會赴湯蹈火，捨生取義。例如，2001年法輪功人員在天安門廣場自焚。如果個體連生命都不顧惜來攻擊危害社會，其破壞力之大可想而知。例如當今世界上極端組織的人體炸彈，歷史上太平天國的“拜上帝會”，用教義武裝了的太平天國士兵，在太平天國京城天京失陷時沒有一人投降清政府。邪教是個組織，作為組織會產生1+1>2的力量效果，目前法輪功、全能神這種全國性組織建制，若組織體系沒有被摧毀，一旦有統一指令，危害不可想象。邪教組織一旦下達指令，能搞全國統一行動。例如2012年年底，全能神在全國搞的“大幫哄”，危害甚大。防範處理邪教系統就是要打擊或處理其零星的或局部的破壞法律實施的犯罪行為，撲滅星星之火，並預防治理，防止其組織坐大成勢，危害現秩序，甚至威脅政權。但是若社會治理責任者層層都忽視，長久地忽視，那麼邪教發展就會從量變到質變，坐大成勢，威脅政權，想來治理時，可能已經治不了了，無力迴天了，嚴重後果會導致現實的治理者與邪教組織易位，他們執政後他們的邪教就可能被那時的政權奉為正教了。
總體看，全社會對邪教組織的社會危害性有一定的認識，但真正能夠認識到鬥爭的長期性、複雜性和艱鉅性還不是很多。歸結起來是人們佔有資訊的差異，認知水平不同，所處位置不同，工作角度不同，工作重心不同等等造成的。比較典型的是有少數片面認為一個地方只是全國的一個局部，那些時有發生的邪教破壞法律實施的案件，大不了可能只是給天捅了個窟窿，也盡在我們股掌之中，有專門機關來做足夠對付了，邪教滋生的量和破壞力不足以影響大局，翻不了天。特不知，這種認識的短視和不清醒的！
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