月亮TA爹爹
大概有這麼三大類人。第一類，不是騙子就是傻子。第二類，吃瓜群眾不明真相或肓目跟風。第三類：他們深愛傳統文化，但是又不懂分辯其中的精華與糟粕，固步自封！同時排斥外來文化，自然對方舟子這樣一位網絡科普大神、科學先鋒有很強的敵意。
方舟子為人垢病和誤解的主要有四個問題。
一：安保資金問題
一：安保資金是方舟子遭到肖傳國僱兇襲擊後一些網友為了保護他而捐助的。二：方舟子只是受益人，不是管理人。三：安保資金不是公益基金，而是私人贈與，事先已聲明不會公示賬目，不同意這個條件的就不會捐贈。別人無權要求公開賬目。四：作為一個方舟子的書迷，我覺得他這筆錢只要不是用來自殘，怎麼用都行。
二：方舟子老婆論文造假問題（方的原話）
2011年我揭露羅永浩英語培訓造假，羅惱羞成怒要打我老婆的假，我當時就回答過他的“打假”，後來也回答過很多次。既然羅粉到現在還對此跟復讀機似的喋喋不休，我就再集中回答一次：一、我妻子的碩士論文不存在造假。二、我妻子的碩士論文是十多年前寫的，當時國內學術普遍不規範，她的論文按現在的標準有不規範的地方，例如存在過度引用的問題。三、我一向認為碩士沒必要寫學位論文，從來沒有揭露過普通碩士論文的造假（官員的碩士造假揭露過），不存在雙重標準。四、退一步說，即使我妻子論文有假，我也沒有打的義務。古人說“親親相隱”，西方人說夫妻特免權，逼人“大義滅親”是不人道、沒人性的。
三：轉基因問題
一：方舟子從沒說過要讓所有人吃轉基因，他說的是讓所有喜歡轉基因的能吃到轉基因食品。二：方舟子沒求任何人吃，更沒逼人吃。三：方舟子從未說過轉基因絕對安全。世界上沒有絕對安全的食品，只要轉基因能保證跟非轉基因同樣安全或者更安全，就能放心食用。四：進口的轉基因食品是安全的，如果不安全國家也不會允許市場流通。五：轉因基大米有什麼好？低價、高產、營養豐富、減少農藥汙染等。六：我們不去研究就會，市場就讓外國佔領，發展轉基因是大勢所趨！
四：中醫問題
這個問題很大一下子說不清，以後再說。
八卦派掌門人
敝人曾於百度瞭解過方舟子，表此人乃留美生物化學博士、科普作家，長期批判偽科學、基督教、中醫……
我疑此人生物化學博士身份有偽，科普作家身份有假，打假鬥士行動有私。
當年方與崔互懟，足可見方之心何其狹窄，與梁宏達訪談言語間可見方之觀念何其簡單無序。
方舟子此人有何作為？我素知方舟子乃轉基因之鐵桿粉，在中國不遣餘力地推銷推薦轉基因食品，且無論誰質疑或是反對都會被方舟子設為攻擊和打假的對象，當年中國農業專家中國雜交水稻之父袁隆平老先生在兩會中提到“食用轉基因水稻，會影響生育，我們不做小白鼠”。此言論一出馬上遭到方舟子攻擊，方舟子在微博上攻擊袁隆平說：“上年紀的人會固執一些。不過袁隆平會不知道美國人已經普遍吃轉基因食品吃了十幾年？美國人該都斷子絕孫了。”
每年“兩會”，即便袁隆平只是提出要謹慎對待轉基因食品，也會遭到方舟子的攻擊。方舟子說：“如果轉基因水稻商業化種植需慎重，那麼，雜交水稻商業化種植更需慎重。”
2011年9月29日，“雜交水稻之父”袁隆平宣佈超級稻畝產達千公斤，面對民眾對轉基因的恐慌，袁隆平對外保證：“超級稻絕不含有轉基因。”幾天後，方舟子主持的網站新語絲置頂一篇題為《袁隆平正在阻礙中國農業科學技術的進步》的文章，再度對袁隆平進行批判。
“否定雜交水稻，推銷轉基因”，這是方舟子打擊袁隆平的老套路。
2006年10月14日，袁隆平在美國獲得了由世界糧食獎基金會頒發的世界糧食獎。兩週後，方舟子在媒體上發表題為《從袁隆平獲國際大獎想到的》的文章稱：袁隆平獲獎是由於水稻的重大經濟價值，並不意味著中國在生物技術的開發和理論研究方面已走到了世界的前列，“傳統育種的黃金時代已經過去，現在以及未來是屬於遺傳工程特別是轉基因技術的。”方舟子為什麼如此篤信轉基因？
方舟子質疑中醫也是由來已久，他可能忘了自己是生物化學博士，開始打假諾貝爾醫學獎獲得者屠呦呦，說屠呦呦學術論文不端，篡改《本草綱目》。諷刺羅永浩錘子手機、“關切”周立波，好像沒有誰他方舟子不攻擊了。
對了，據說這方舟子已經不是中國人多時了，既然不喜歡中國，離開中國了為什麼那麼關心中國的事情呢？
為你退避三舍
在我看來方舟子所謂的打假就是給自己刷存在感，沒有任何的意義，打假前和打假後沒有給社會造成積極的效應。反而是造成了很多負面效應，比如轉基因問題的真正問題其實是轉基因作物噴灑的農藥，方舟子隻字未提。中醫也並非所有的都是不好的，方舟子隻字未提，打假羅永浩，被反打，打假韓寒，也沒弄清個所以然，關鍵是方舟子的回應，我覺著是最噁心的，“我們只是懷疑，我們有懷疑的權利”，給別人推糞坑，然後拍拍手說，我就是看看你能不能掉進去。。。這不叫無恥，什麼叫無恥？你怎麼不去打假疫苗，你怎麼不去打假食品？怎麼不去打假名牌？不是你的領域是吧。看看方舟子都打的什麼假？淨挑風口浪尖的事和人質疑，為什麼？在我看來就是刷存在感，質疑錯了就說我有權利質疑，質疑對了，一本萬利，給自己贏得無數腦殘粉。所以你不要問為什麼這麼多人罵方舟子，在我看來，對社會有意義的事沒幹幾件，乾的全是對他自己有意義的事，不敢於正面回應別人對於他的質疑，總是打馬虎眼，在我看來，方舟子是一個地地道道的小人！
大姜
罵方舟子的人總體來說非傻即壞。有些罵方的人就是跟風，你問他為什麼要罵方舟子，他自己都搞不明白。自以為正義，其實只是幫兇
錘打羅太君
其實這些網友說的話都是一個梗，就是一個關於方舟子約人辯論卻自己認慫的梗。
我個人看法是方此人是偽君子，學術方面無建樹，四處攻擊人蹭熱度，當然了，這在他的說法叫做“打假”，可最假的不是方自己嗎？
一個黃皮膚的美國人，整天要讓中國人吃轉基因，中國人不吃就是落後不懂科學。他是如此的不要臉，難道我連不選擇轉基因的權利都被你剝奪了嗎？你太民主了，我用我的第六體頂你，謝謝你賦予我的民主。
方就是利益集團的急先鋒。出賣中國人（我不認為他是我的同胞），以“科學”的遮羞布加上所謂的“科普”洗腦於中國人。可惜有一大堆中國的科學教的人不知所謂跟著他走，因為不跟著方舟子的腳步就顯示自己無知不科學啊，因為方舟子就是這麼宣傳的啊！
那好，你吃你“科學”的轉基因食品，我選我的傳統的綠色食品，待幾代後我的後代觀察你的後代沒問題了，那再試下轉基因是什麼滋味也不遲。
迴歸正題。網友用方舟子自己搞出來的梗笑話他，這不是下作，這叫自討苦吃。大家本來就是打醬油的路人，你非得搞笑話讓大家看，那觀眾不得不點評上幾句了。
姓馮的觀眾
說實話，對於方舟子，本人沒有任何瞭解，只是以前在網絡中看到他不停的揭露這個，打擊那個；作為一個小老百姓，其實，看到社會上有人打假，其實內心是充滿期待的，但是：
1、一個據說是生物學的博士，你沒事不去好好工作，搞點研究，揭露與你專業不相干的事，你的收入從哪裡來？？作為生物學博士，你揭露了本專業的什麼黑幕，打了什麼假？
2、無意間在網絡上看到一篇關於羅永浩的視頻，他與方舟子的經紀人之間的問答。主要是羅永浩懷著敬意捐款了，讓他們公佈資金流向等，但那個經紀人顧左右而言他，很明顯的是在哪裡忽悠孩子。
3、方舟子與崔永元關於轉基因的爭論。必須承認，我截止今天，還搞不清楚轉基因是怎麼回事，但我能判定基本的是非；轉基因是否有害，且不去討論。崔永元想告訴公眾轉基因在美國的受眾，告訴國人在沒確認轉基因是否有害前，可以自行選擇是否去吃，這個出發點是對的。尤其是崔永元為什麼會關注轉基因，還不是學生出事了嘛！（大家可以百度一下）
崔永元一個如此正確的行為，為什麼會引來方舟子的怒氣？為什麼會讓他緊緊的盯住崔永元呢？這個你懂的😊😊😊
崔永元是個什麼樣的人？可以說，他的人品是經得起推敲和檢驗的，為啥呢？方舟子把他所有的事估計都扒拉了一遍，沒發現問題嘛。
看了很多帖子和評論，不知道那些替方舟子說話的是否真如大家所說，是水軍呢？這個我不予置評。
但，我們決不能昧著良心說話，或許我們的知識和見識沒有那麼的全面，但，我們要有正能量
KerbelZhang
大傢伙奇怪的是，這個早已加入美國籍的人為啥樂衷於在中國土地上為轉基因賣力宣傳鼓吹，方舟子對轉基因的關注程度已經遠遠超出了正常範圍，在西歐許多發達國家都明令禁止種植銷售轉基因作物的國際大環境下，方舟子不遺餘力繼續推廣販賣轉基因，其目的實在令人質疑。別打著科普的幌子來拉大旗做虎皮，中國十幾億人的食品安全絕不是你方舟子的主子美帝孟山都能擔待得起的，你方舟子憑什麼竟敢如此膽大妄為？
雪水河畔
方舟子有什麼資格打假呢？對中醫的質疑很荒唐，這是兩個理論體系完全不同的事情，根本無法放到一起比較。按照很多現代醫學的研究方法，這兩個根本沒有可比性。說中醫毒害健康更是胡扯，西醫的藥物和治療方法經歷了多麼恐怖的過去才走到今天？這孫子並不是搞科普，他只是為了否定中國傳統文化的很多內容而否定。仔細看看他想表達的的內容，基本可以判斷他就是一個毫無情懷的走狗，漢奸。心術不正。
aniu2008
我一定要回答這個問題！
作為一個圍觀群眾,方舟子不存在與我沒有任何利益糾葛，圍觀這麼久，我看見方舟子逐漸從一箇中國人變成美國人，從一個所謂的正義鬥士變成變成美帝的走狗，利用中國人的錢，辦美國人的事，還唯恐國家不亂，希望大家認識到事情的本質，方舟子已經淪為一個棋子，一個境外勢力借其衝擊國家穩定的棋子！
來說說方舟子這個人，百度的評價是充滿語言暴力，不願認錯，雙重標準並且報復心理極強！試問那些支持者，除去水軍，這樣一個人還是打假鬥士？
其次方舟子與付晨之爭就已經曝出方舟子自己學術論文造假，在此之後，也爆出許多發表的論文涉嫌抄襲，大家自己百度即可。
說實話在方舟子打假之初，我是非常支持的，可是後來感覺逐漸變了味，這分明是個利用打假的名義為自己謀利的小人。
誠然，一提打假，伸張正義，很多人都支持，可是難免有這樣的小人帶偏民意為自己所用。
最後，我想說方舟子作為一個高學歷的博士，不專心做學術，也沒什麼拿的出手的成果，枉費了科大的一心栽培!
桐月十七
方舟子過街，應該人人喊打，這些年他做的虧心事還少麼？為轉基因、假疫苗站臺，以打假為名霍霍了外科界泰斗裘法祖院士的關門弟子肖傳國教授，肖的“肖氏反射弧”治療截癱病人的方法現在國際醫療界高度認可，肖現在是國際頂尖的泌尿外科專家，中央新聞都播報了，方舟子不覺得臉打的啪啪響麼！如果是有良心的中國人，一定不要放過這個方偽君子！
