第一類風險：發票與付款的順序問題
1有發票=已付款
法院認為：《發票管理辦法》規定，發票是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。持有發票者認為已支付款項後取得發票，對方不能舉出有效證據證明付款事實不存在，因此判定有發票者已付款。
解決辦法：一方面完善合同，如果有先開發票後付款等情況存在，一定要在合同中寫明，法院支持這種約定。另一方面如果合同中未寫明，也來不及修改合同，那就請對方在簽收發票時寫明款項未付，避免事後的糾紛。
注意：《最高人民法院關於審理買賣合同糾紛案件適用法律問題的解釋》（法釋【2012】8號）規定“出賣人僅以增值稅專用發票及稅款抵扣資料證明其已履行交付標的物義務，買受人不認可的，出賣人應當提供其他證據證明交付標的物的事實。合同約定或者當事人之間習慣以普通發票作為付款憑證，買受人以普通發票證明已經履行付款義務的，人民法院應予支持，但有相反證據足以推翻的除外。”
法院對增值稅專用發票和普通發票的功能問題進行了區別，其實專用發票和普通發票只是在稅收上有所區別，在實際經濟活動中無論專用發票還是普通發票都履行著發票的相同職能，而只注重專用發票的抵扣功能，必然忽視了它的其他作用。因此在此類糾紛中還要考慮到交易習慣的問題，對於交易習慣，《合同法》是認可的，法院也會加以考慮。一般商業活動中，先票後款的行為還是比比皆是，發生糾紛，要注意交易習慣對判決的影響。
2“先開票後付款”條款約定的作用
法院認為：賣方先行開具發票、買方再行付款的一致意思表示，該意思表示為當事人真實意思表示，且未違反法律規定，法院應予尊重。開具發票的義務雖不構成拒付貨款的同時履行抗辯權，但是根據合同約定，應成為買方支付貨款的期限，即買方應當在賣方開具發票之日起合理期間內支付貨款。
注意：開票就產生納稅義務，未收到款就繳稅，可能會加重負擔。
3不開發票不付款
法院認為：買賣合同中主義務具體為賣方交付貨物轉移貨物所有權，買方支付貨款並受領標的物，履行開具發票義務並非合同的主要義務。因此開具發票的義務不能構成賣方拒付貨款的同時履行抗辯權。
稅務局認為：賣方必須開具發票，並對不開發票行為依據相關政策進行處罰；付款行為是民事行為，對不付款行為不予支持。
第二類風險：發票開具問題
1對方拒開發票
稅務局認為：對不開發票行為依據徵管法和《發票管理辦法》，責令其限期改正，可處罰款，對仍不開具發票的，稅務機關收繳其發票或者停止向其發售發票，由稅務機關為相應納稅人代開發票。
2對方不開發票造成損失，請求賠償
法院認為：主張經濟損失，法院予以支持，按照公平原則，損失應由賣方承擔
注意：對方不開發票造成損失，可向法院請求賠償，向稅務機關請求對方開具發票。
第三類風險：發票的作用問題
1僅用發票證明買賣關係
法院和稅務機關認為：發票僅是結算工具，不能替代買賣合同，不能充分證明買賣關係。
解決辦法：這會為企業帶來雙重風險，在實際工作中經常是業務先發生髮票後取得，很多會計在業務發生時不進行賬務處理，等到發票取得時再進行處理，這就為稅企爭議埋下了伏筆，如果沒有其他的材料進行佐證，企業可能面臨法院和稅務機關都不支持的風險。所以發生每一筆業務，無論是否取得發票，都要完善合同等資料，並進行相應的賬務處理。
2債權轉讓帶來虛開風險
稅務局認為：從表面上不符合物流、資金流和票流合一的要求。
解決辦法：提供交易和債權轉讓的相關資料，證明交易實質真實
第三類風險：餐飲、禮品發票的稅收問題
1餐飲發票都記在業務招待費麼
2禮品發票都繳哪些稅
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