鹽酸隨食糜排入小腸後，可間接地引起胰液、膽汁和小腸液的分泌。
鹽酸造成的酸性環境，有助於小腸內鐵和鈣的吸收。但鹽酸分泌過多對胃和十二指腸黏膜有侵蝕作用，是潰瘍病發病的主要原因之一。
胃蛋白酶原：胃蛋白酶原由泌酸腺的主細胞合成並分泌。胃蛋白酶原本身無生物學活性，進入胃後，在鹽酸的作用下，它被水解掉一個小分子的肽鏈，轉變為有活性的胃蛋白酶。胃蛋白酶本身也可激活胃蛋白酶原。
胃蛋白酶的生物學活性主要是水解蛋白質分子內部的肽鏈，產生多肽與少量的氨基酸。胃蛋白酶作用的最適pH為2～3.5，隨著pH的升高，酶活性逐步降低，當pH超過5時，將發生不可逆的變性。因此，胃蛋白酶進入小腸後，將失去水解蛋白質的能力。
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