1、 計價依據不同
定額計價：統一的預算定額＋費用定額＋調價係數 政府定價。
清單計價：企業定額 市場競爭定價
2、計價項目劃分不同
①定額計價模式中計價項目的劃分以施工工序為主，內容單一（有一個工序即有一個計價項目）。而清單計價模式中計價項目的劃分分別以工程實體為對象，項目綜合度較大，將形成某實體部位或構件必須的多項工序或工程內容併為一體，能直觀地反映出該實體的基本價格。
如：磚砌化糞池按座綜合了挖土方、作墊層、池底板、砌磚池、抹灰、回填等。錨杆支護按㎡綜合了鑽孔、製漿、壓漿、錨杆製作、張拉錨、噴射砂漿等工序或工程內容。
②定額計價模式中計價項目的工程實體與措施合二為一。即該項目既有實體因素又包含措施因素在內。而清單計價模式工程量計算方法是將實體部分與措施部分分離，有利於業主、企業視工程實際自主組價，實現了個別成本控制。
③定額計價模式的項目劃分中著重考慮了施工方法因素，從而限制了企業優勢的展現，而清單計價模式的項目中不再與施工方法掛鉤，而是將施工方法的因素放在組價中由計價人考慮。
3、單價組成不同
定額計價模式中使用的單價為“工料單價法”，即人+材+機，將管理費、利潤等在取費中考慮。清單計價模式中使用的單價為“綜合單價法”，單價組成為：人工+材料+機械+管理費+利潤+風險。使用“綜合單價法”更直觀的反映了各計價項目（包括構成工程實體的分部分項工程項目和措施項目、其它項目）的實際價格，但現階段當不包括“規費和稅金”。
4、工程量計算規則不同
定額計價模式按分部分項工程的實際發生量計量，而清單計價模式則按分部分項實物工程量淨量計量，當分部分項子目綜合多個工程內容時，以主體工程內容的單位為該項目的計量單位。
比如：挖10m底面寬為1.8m，深2m的磚基礎土方，定額計價的工程量計算要考慮增及工作面及放坡因素，為：（1.8+2×0.2+2×0.33）×2×10=57.2m3，清單計價中工程量的計算不考慮增加工作面及放坡，為1.8×2×10=36m3。又如清單計價的挖基礎土方中包括破樁頭的工程內容時，無論破樁頭的工程量多大均以挖基礎土方的工程量m3為單位計價，破樁頭不再單列工程量。
5、計價程序不同
定額計價的思路與程序是：直接費+間接費+利潤+差價+規費+稅金
清單計價的思路與程序是：分部分項工程費+措施項目費+其它項目費+規費+稅金
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