1811年12月26日，一个叫宽一的小男孩出生于湖南省湘乡县白杨坪村的一个小地主家庭，他就是曾国藩。
曾国藩出生的时候，曾氏家族的经济水平至少已经达到小康甚至中产级别。
他的父亲曾麟书则是一个愚笨的乡下教书先生，考了十六次，直到四十三岁那年，才考取了秀才，仅比儿子曾国藩早一年得到这个初级功名。在曾国藩成长的过程中，祖父曾玉屏对其影响最大。曾玉屏是一个强悍威严，有经营头脑的乡下财主，年少时曾是远近闻名的纨绔子弟，成家之后才浪子回头，转变为一个威严而有责任感的人。在曾国藩的印象里，祖父一直有着威仪的气度，言论雄伟而坚定，性格也相当倔强。相比之下，父亲则一直文质彬彬，没有祖父这样的行事魄力。
和我们现在的小孩一样，曾国藩也是6岁上学。他在7岁那一年转入父亲执教的私塾里读书。在父亲的严格教育下，扎实地完成了封建伦理基础知识的学习。附近的人都知道，曾国藩8岁能读八股文诵五经，14岁时已能读《周礼》、《史记》文选，是个勤奋好学的少年。
14岁那年，父亲好友欧阳凝祉到家塾中访友，对曾国藩的诗文大加赞赏。直觉告诉他，眼前的这位少年是个不可多得的人才，将来肯定能成大气，就将女儿许配给了曾国藩。
曾国藩的少年时代就是在这样一种生活舒适，无忧无虑的乡村环境下度过的。直到20岁那年(1830年)，曾父感觉到自己的学识有限，为了让儿子有更好的发展，早点考取功名，决定让儿子外出求学。
曾国藩外出求学的第一站是衡阳的唐氏私塾，这时，他的名字叫子城。接着又去湘乡县的涟滨书院求学，学习不到一年，曾国藩的学业已有了很大长进。1833年，曾国藩参加了县试，中了秀才，并与欧阳凝祉之女成婚，完成了人生大事，这一年他23岁。
第二年，曾国藩来到湖南省的最高学府——岳麓书院学习，师从书院山长欧阳厚均。欧阳厚均进士出身，曾任郎中、御史等职，42岁时因为照顾年迈的母亲，回到湖南，主讲岳麓书院二十七年，弟子中成名的就有三千多人。在岳麓书院期间，曾国藩表现出的聪颖和苦学，深得欧阳山长的喜爱。也正是在这里，他开始比较系统地受到封建思想的教育和湖南学风的熏陶，这对他今后思想的形成和发展产生了很大影响。不久，他又考取了湖南乡试举人，功名之路似乎出人意料地顺畅。
1834年年底，曾国藩动身去北京，去参加来年的会试。经过长途跋涉，终于到达紫禁城——这个他心里幻想过一千次一万次的神圣之地，年轻的心激动不已。他心里暗暗发誓，一定要考进来，实现自己的理想和抱负。
但是，谁都不可能永远走在坦途上，曾国藩也是。第二年，他参加了两次会考，都名落孙山，这让踌躇满志的他非常沮丧，只好遗憾地踏上了回乡的路。不过没过多久，这个障碍他还是成功地攀越过去了。
三年之后，他再次参加会试，考取了第三十八名贡士，当时主持会试的正总裁是大学士穆彰阿——一个难得的满族大儒，也就在这一年，开始了他们的师生之谊。有一天，穆彰阿突然对他说，子城这个名字太过俗气，还是改名为国藩的好，就是做国之藩篱，成为国家栋梁的意思。就这样，当年的曾子城就这样改名成了曾国藩。
同一年，28岁的曾国藩考中进士，进入翰林院，成为军机大臣穆彰阿的得意门生。在这次殿试中，曾国藩只取得三甲第四十二名，虽然同进士出身，但还不是真正的进士。对这个成绩，曾国藩不甚满意，所以非常重视接下来由皇帝亲自主持的朝考。这一次他出色地展现了自己的实力，取得一等第三名的好成绩。而道光皇帝又非常喜欢曾国藩的文章，干脆将他提为一等第二名，改庶吉士，入翰林院检讨。机会总是留给有准备的人，这一次曾国藩准备得相当充分。
在京为官十多年间，曾国藩先后任翰林院庶吉士，累迁侍读，侍讲学士，文渊阁值阁事，内阁学士，稽察中书科事务，礼部侍郎及署兵部、工部、刑部、吏部侍郎等职。十年七迁，连跃十级，从七品一跃而为二品大员，上升如此迅速，这在当时是罕见的，更何况是对于他这样一个生于农村、出于寒门的人。这自然与他自身的学识修养是分不开的，但是，穆彰阿的举荐和扶植无疑也是他仕途的加速剂。
鸦片战争打得不可开交的时候，曾国藩正痴迷于研究宋明理学。书生气未脱的曾国藩和其他官员一样，对这场外国人发动的侵略战争估计不足，总觉得不那么严重。
1841年7月的一天，曾国藩在京城琉璃厂买下了一套全本的《朱子全书》。仔细阅读之后，发现理学竟如此博大精深，以前用来应付考试的知识在理学面前，显得多么的微不足道啊。程朱理学在很多方面涉及到对天地人的探寻，有着诸多哲学上的思辨，这些都让他感兴趣。从此，曾国藩真正开始了治学之道。这段时间，曾国藩非常认真地治学。为了弄清治学门径，他还特地就检身和读书向理学大师唐鉴登门求教。唐鉴也是湖南人，大赞曾国藩的好学。他说：“控制社会秩序的力量不是来自于信仰，而是来自于自我道德的约束；至于读书，应当以《朱子全集》为宗，熟读这本书并掌握其核心思想，并且要身体力行，而在这个过程当中，修身是读书的根本，其最好的办法就是记日记……”这些话，让曾国藩茅塞顿开。从此之后，曾国藩一直每天坚持写日记，一写就是一辈子。
对理学的钻研引导曾国藩进行了一系列形而上的思考。此后，曾国藩严格按照理学家的模式进行修身养性，而达到“知行合一”的境界，还是从认识倭仁开始。曾国藩在唐鉴的推荐下，认识了倭仁——另一位有名的理学大师。在日常生活中，倭仁对自己的要求比唐鉴更高。从倭仁身上，曾国藩找到了与自己共同的东西，也养成了对自己严格要求的习惯。理学对于人格的修炼，使得曾国藩无论是做学问，还是为人处世，都成熟了很多。
后来，曾国藩在桐城派姚鼐所提出的义理、考据、辞章三条传统的治学内容上，又增加了“经济”这一条。他认为，这四种学问缺一不可，而且“经济”更为重要。所谓“经济”，就是经世济民的学问，就是学要有所用，对于社会，要能派得上用场。曾国藩更清晰地明白“修身齐家治国平天下”的真正内涵，他变得更有责任感。他先后将弟弟曾国潢、曾国荃、曾国华带到身边读书，在弟弟们回家应考期间，他经常写信让他们好好读书，争取功名。在曾国藩的言传身教之下，弟弟曾国荃1848年科考一等，补廪膳生。
在治学上，值得一提的是，从1846年开始曾国藩的学术思想发生了重要的转变，他由“一宗宋儒”转向了“汉宋兼采”。对于汉学，也不像先前那样排斥了，对于宋学，也有了客观的评价。那一段时间也是他系统地整理自己思想的重要阶段。他写了很多文章，内容囊括了对传统文化的梳理，对道德的逻辑分析，对现实问题的杂录，对玄学、史学和文艺理论的看法，对一些哲学问题的困惑等等。文章思路之清晰，文字之精确雅致，让很多京城大儒暗生钦佩之心。经过这一段时间的盘整，可以说，曾国藩的思想和学问又进入了一个新境界。
就这样，曾国藩平静地度过在京为官的这段日子，那时候曾国藩的最大目标，就是在学问、人格以及官位上追求完美，这也是每一个传统文人的终极目标。此时的他从没想到有朝一日会投笔从戎，也从未想到，自己的后半生会在硝烟弥漫的战场上度过，直到太平天国起义爆发……
1851年1月11日，广西爆发了举国震惊的太平天国起义，这次由洪秀全等人领导的农民起义规模空前，并提出了一些带有浓郁的西方色彩的口号，在广西一呼百应。
咸丰皇帝感受到这次农民起义的威胁力非同一般，为了挽回民心、渡过难关，特下令向各大臣征言。这一举措激发了曾国藩的报国热情，他以为时机已到，于是，连上奏章，提出多项革除弊政的建议。包括人才的发现、培养和考察等用人方面的建议，还提出了军队改革的方案，建议通过裁兵、节饷等措施，来提高官军战斗力……
可是，曾国藩的建议并没有被采用，咸丰皇帝虽然积极地向大臣征集了很多建议，但只是想起到稳定民心的作用罢了，形势没有实质性的改变。在觉得报国无门的情况下，曾国藩再次进谏，急切想要杜绝咸丰皇帝的“骄矜”之气并扭转廷臣的“唯阿之风”。在这份奏折中，他将矛头勇敢地直指年轻的咸丰皇帝，这无疑激怒了皇上，以至于奏折还没批阅完便被狠狠地扔在了地上，还立刻召来军机大臣，想要问罪这个胆大包天的老夫子。在大臣们为他苦苦求情的情况下，曾国藩才免于获罪。自此之后，余怒未消的咸丰皇帝一直对曾国藩耿耿于怀。后来，曾国藩的恩师穆彰阿被罢免，咸丰对曾国藩更是心存芥蒂。而曾国藩从此以后，不仅打消了对清朝政治从上到下进行整顿的念头，而且锋芒顿减，变得谨慎起来。
1852年7月，曾国藩奉命充任江西乡试正考官，并获准完事后回家探亲。不料，途中忽然接到母亲去世的讣闻，于是急忙从九江乘船回乡奔丧去了。
第二年，太平军广西部占领了江宁，并在南京建都，改名天京。其余部队也向河北、直隶进发，想要直捣黄龙，局势越来越紧张，引起全国骚乱。咸丰皇帝想起了团练——在古老的保甲制度的基础上组建民间武装。嘉庆时期，清朝政府就是靠团练消灭了白莲教。于是，便迫不及待地下令各省地方官和任命丁忧或请假在籍的官员都积极办理团练。丁忧指的是明清时期官员的父母死去，官员必须遵守停职守制的制度。曾国藩无疑就属于这一类官员。
曾国藩到家没几天就接到了咸丰皇帝的圣旨。一开始曾国藩顾虑重重，并不想接这茬事儿，他痛恨统治阶级当权者的腐败无能，也看不惯那些一般地主士绅的软弱散漫，觉得和这帮人很难合作。而且，因为母亲去世，按理他必须在家守丧三年。所以，干脆上疏辞谢，陈请终制，准备将这团练的事儿交给张亮基办。
正要执行这一决定，就接到张亮基的来信，说太平军已攻克武汉。时局变化如此之快，让他开始对自己的决定踌躇起来。好友郭蒿焘也受张亮基之托，连夜赶到曾家，劝服曾国藩出山。郭蒿焘说：“你有着匡扶天下的宏伟大志，可是今天不抓住这个时机振臂一呼，中国文化的道统将难以传承。你又将皇上的旨意放在哪里？而且在守丧期间从军作战，也是古制。”这句话刚好说到曾国藩的心坎上了，但是已经做出的决定怎么能这么轻易改变呢？于是郭蒿焘又去动员曾父做说客，支持曾国藩办团练。这样，既有了保护天下百姓的名号，又有父命支撑，曾国藩改变原来的决定，去长沙办团练就有了天经地义的理由。
就这样，曾国藩开始了他金戈铁马的别样生活。这次选择，也成为了曾国藩的人生中最大的转折点。很多年以后，当曾国藩回忆起自己的人生时，会不由自主地感叹命运的不可捉摸。作为钟情于学问和操守的一介书生，就那样突如其来地陷入了戎马生活。这样的结果，明显地带有宿命的意味。
曾国藩虽然接受了团练大臣的任命，但是并不相信团练武装在对太平军的作战中能发挥多大作用。毕竟今日不同往日，当年适用的方法到现在不一定奏效。首先，饷源不同，嘉庆那会儿，团练费用都是从国库提取的，因而大力操练也大会增加地方和民间的负担。而现在，政府财政拮据，军饷都少了，哪里还有多余的给团练？所以，现在的团练经费一般都由地方士绅自筹自管。其次，作战对象也不同。当时的白莲教起义人员分散，而且内部又有宗教分歧，没有统一的指挥机构，都是流动作战，没有根据地，利于各地团练武装堵截追击。而太平军是个更进步更难对付的起义团体，不仅有严密的组织和统一指挥，在政治、军事和经济方面也都有自己的纲领，而且规模浩大，来势汹汹。正是因为清楚地看到了团练的弊端，所以他一开始就没有真正按照要求来团练，而是选择了募勇的方式。募勇和团练都属于临时兵团，是政府有事招募，而事后遣散的一种军队组建方式，这一点区别于世袭终身制的绿营制度。但是募勇不像团练那样，选择不脱产的当地小地主来充当团练军队的主力，而是效仿明朝戚继光的练兵方案，在农民中挑选身强体壮者参加，而且是有军饷支持的全职军人。
正因如此，在决定募勇练兵之后，曾国藩立即上疏，这次他并没有完全把心中想法说透彻，而是玩了点文字游戏，在“团练”上大做文章。本来团练就是一个固定词组，但是他聪明地把“团”和“练”一分为二，变成两种不同的组织，他说团而不练是不收钱财、不发口粮的，仅仅绑送土匪而已，和古时候的保甲是一样的；而团而兼练就必须要建立军营，发口粮，这样才可以保卫本省，救济外省，后者才是适用于新时代的官勇制度。就这样，曾国藩不仅顺利地把募勇划归到团练名下，并争取到了政府的财政拨款，这也为他组建一支新式军队奠定了经济基础。
在募勇练兵一段时间之后，他开始谋划怎样改募成军。其实，曾国藩早就想着要这么做了。一来，绿营兵惰将骄，战斗力不强；二来，团练武装难以得心应手。在天平天国的强烈攻势下，创建一支新型的、有战斗力的部队是非常必要的。曾国藩细细地研究了明朝戚家军的组成方式、纪律和作战策略，仿照戚家军的模式对湘军进行整编，改革军制。比如以营为基本战斗单位，拟定营规、饷章等等。这支部队只隶属和服从曾国藩一人，只有曾国藩，才是这支军队的绝对领袖。到咸丰四年一月，曾国藩已练成水陆兵勇各十个营五千人的规模。当然，湘军的主要骨干，还是由他的一帮兄弟和朋友支撑起来的，有曾家弟兄曾国荃、曾国华、曾国葆，还有他的好朋友郭嵩焘、江忠源、罗泽南、胡林翼、左宗棠等。从骨干到基础兵，基本上都是湖南人，这样的部队，没有比“湘军”这个名称更合适的了。
值得一提的是，曾国藩对自己的部队不仅训练作战技术，还注重儒学教育，从人格上对士兵进行修炼。所以，一开始，曾国藩就赋予了这支部队很多卫道的特质。据说，曾国藩还以他自己独创的方式，亲自为这支部队创作了很多琅琅上口的歌谣，并以此作为对这支由书生、农民以及社会闲散人员所组成的临时军队的教化。
正当曾国藩在积极训练湘军的时候，太平天国发动西征，于咸丰四年年初第三次占领汉口、汉阳，但因武昌久攻不下，于是丢弃武汉，准备分两路向四川和湖南进军。情况紧急之下，曾国藩决定不再等待广西所募水勇的到来，立即出发东征。
这是湘军真正意义上的首次出战，对于曾国藩来说意义是重大的。所谓养兵千日，用兵一时，在这一刻，全体兵将都斗志昂扬。曾国藩考虑问题颇为周详，因此在水军出发前做足了准备。为防止出发后粮食、物品供应不及时或者饷银在当地买不到东西等突发事件，还特地租用百艘民船，和七千名水手夫役，部队可谓浩浩荡荡。临出发前，还特地发表了一篇名为《讨粤匪檄》的战斗檄文，想要利用地方主义孤立太平军。
曾国藩驻军长沙不久，还没来得及出发东征，由石祥贞率领的太平天国的西征军部队就已经攻进了湖南，占领了湖南北部的岳州、湘阴和宁乡，前锋紧逼长沙。曾国藩派储玫躬去攻夺宁乡，但是途中遭到太平军的埋伏，这次小攻失败了。但是，从另一个角度讲，倒也给了石祥贞一个下马威。
石祥贞见湘军来势汹汹，以为后面的大部队会马上跟上来大战一场，所以连夜就从宁乡、湘阴、岳州等处撤兵，退到湖北去了。不过，退到中途，刚好碰到从汉阳西上的林绍璋部的援军，石祥贞一看到援军到了，马上又取道咸宁、蒲圻南下，打回湖南。而曾国藩看到太平军后退，马上把攻占湖北一事提上日程。他先派胡林翼、塔齐布等人由陆路攻打通城，并约定与湘抚骆秉章派出的王鑫部的三千湘军会合，攻打蒲圻，而自己则率领大军由水路向岳州进攻。王鑫部途中正好遭遇重组后折回湖南的太平军，大败而回，紧急进入岳州据守，但也被太平军团团围困。
曾国藩听到前军失利和王鑫被围的消息，打算迅速退兵，后在陈士杰的苦劝之下，决定采用陈的建议，派炮船到岳州城外虚张声势，连放几炮，王鑫等九百多人听到炮声后，趁机爬城墙逃出，算是保留了湘军的一批骨干。紧接着，太平军攻占岳州，全歼王鑫部湘军一千多人，并乘胜前进，再次占领靖港、湘阴、宁乡，前锋攻占湘潭，对长沙形成夹击攻势。
湘军出师不利，大部分人马都退守长沙，处境很是窘迫。当时湖南的官绅议论纷纷，甚至有人想趁机解散湘军，此时曾国藩的压力更大了。他回到长沙后，顶住压力，认真分析失败原因和太平军的优劣势，制定了集中优势兵力攻打湘潭的作战计划。在和部将商谈详细作战计划的会上，决定派塔齐布一军和全部水军前往攻打湘潭，行军序列是杨载福等五营先出发，曾国藩率领其余五营次日续进。
然而，临行前忽然有靖港民团前来报告，说那里的太平军人数很少，而且没有防备，现在恰是攻占的好时机，而且民团已经搭好浮桥，愿意为湘军助攻。于是曾国藩放弃了原先的计划，率剩余的水陆各营改攻靖港。结果惨败，逃回长沙。
当时，曾国藩看到士兵逃跑，亲自执剑督阵，稳定军心，并且让旗手在岸边树立一面写上“过旗者斩”的旗子。可是，他苦心训练的湘军同样兵败如山倒，任他想尽办法挽回，逃跑的仍旧逃跑，这种状态和他一再讥讽的绿营军有什么区别？曾国藩看到这个场景，沮丧至极，怎么也想不明白。
回到长沙后，他暗示弟弟曾国葆买回棺材，准备第二天就自杀。庆幸第二天清早便传来了湘潭取胜的好消息，这下曾国藩终于长舒了口气，完全消除了之前的自杀念头。看来湘潭一战的取胜是非常重要的，它不仅坚定了曾国藩对湘军的信心，有力地反击了那些反对操练湘军的言论，更重要的是引起了清朝政府对湘军的重视，而这种募勇成军的做法也得到了咸丰皇帝的支持。
曾国藩能在以后对抗太平天国的多场关键性的战役中取胜，和他每天坚持写日记，善于思考总结的习惯是分不开的，而这个习惯的形成都获益于早年的理学研究。从靖港逃出之后，他也认真地总结了岳州、靖港、湘潭这三次战争的经验教训，认为功过界定不清晰、赏罚不分明是战败的主要原因，这种模棱两可的局面必须要彻底改变。于是，针对各营在这几次战斗中的表现，他对湘军进行了组织整顿，又根据兵贵精而不贵多的原则，对湘军进行大力裁员，只留那些勇猛善战的部队。这次裁人，严格按照凡是溃散之营、营哨兵勇一律不用的原则执行，所以曾国藩的胞弟曾国葆也因为战败被列在裁员名单中。经过整顿之后，湘军部队的水陆两军总共只保留了五千人。
湘潭战争后，太平军重新调整了军事部署，在岳州做好了迎接湘军进攻的准备。而湘军在长沙经过一番休整之后，也重新向太平军发起攻击。在马上开始的城陵矶陆战中，湘军猛将塔齐布对太平军的著名猛将曾天养，同样蓄势待发的两支部队短兵相接，打得异常激烈。其实，这时湘军水部已先输一局，陆军取胜的压力很大，正当两支部队打得不可开交时，太平军主帅曾天养发现了塔齐布，他大喝一声，急速骑马冲进敌营，直刺塔齐布，不过，塔齐布机智地避开长矛，反刺中曾天养的坐骑，曾天养马蹶人倒，壮烈牺牲。主帅的牺牲对太平军打击很大，一时间军心涣散，无心与湘军决战，退向武昌。而城陵矶一战的取胜让湘军信心大增，乘胜追击。
在接下来的攻夺武汉的战争中，太平军见来势汹汹的湘军攻到城下，便丧失了信心，干脆弃城逃走了。这样，太平天国把对它至关重要的上游重镇，以仓惶逃跑的方式拱手让给了湘军。历史一般是这样记录，1854年10月，曾国藩的湘军第一次攻下武昌，只用了短短的四天时间，伤亡只有两百多人，攻城行动可谓摧枯拉朽。相比之下，太平军损失船舰两千余艘，丧师数千。这可以说是开战初期，清朝对抗太平天国为数不多的一次迅速获胜之战。
当时，对战局几近绝望的咸丰皇帝获悉这个消息后，欣喜若狂，立即下令赏给曾国藩二品顶戴，同时让曾国藩代理湖北巡抚。刚收到皇帝的这个旨意时，曾国藩还假意推辞一下，虽然他很向往这份地方实权，但他在守孝期间立功受职，不合规矩，别人肯定会讥讽指责的。于是，就写了封辞谢奏疏给咸丰。让他郁闷的是，自己的辞谢奏疏还没到，咸丰就在某军机大臣的劝服下收回成命，改为赏给曾国藩兵部侍郎头衔，办理军务。
这样，攻占武汉的最大功臣只能远远观望荆州将军官员和前署理湖督都受到重赏，自己却只得了一个客军虚悬的地位，很是伤心。不过，这倒是让他更进一步看透了清朝政府对他的猜忌心理，更加感到悲观。不过，曾国藩也明白这种戒心是皇帝对自己权位的护卫，正像那位劝服的大臣说的：“曾国藩以侍郎在籍，就是一般的平民身份。一介平民，居然能够一呼百应，恐怕不是政府的福音吧。”经过这件事，曾国藩和朝廷之间的关系越发微妙了。
对于咸丰皇帝的另一道旨意——命令他率领水陆各部乘胜东下，迅速进攻江西、安徽的太平军，曾国藩认为极为不妥。一来，经过几场战争后，湘军损伤很重，需要休整和补充增强战斗力；二来，太平军虽然遭到很大损失，但仍有相当实力；三是湖北经济还没有恢复，不能建立粮饷基地。湘军东取江西、安徽，还是只有湖南的供给。这样，远离后方，供应困难，容易导致军士溃散、前功尽弃的结果。但是咸丰皇帝急于求成，拒绝接收曾国藩的意见，仍然命令他迅速东下，善后工作交给其他官员。
咸丰皇帝的这一错误决策完全打乱了曾国藩的计划，迫使他脱离后方，锐兵轻进，数年内陷于进退维谷的困境。
依照咸丰皇帝的旨意，曾国藩根本就没有休整军队的时间，湘军只能在艰难的情况下立刻投入下一场攻坚战。而这个时侯，对手太平天国也早已做好了应对准备。其实在湘军攻下武昌之后，太平天国就立即调整了战略部署，调集燕王秦日纲和翼王石达开部，大军沿长江一线，开始了第二次猛烈的西征。
1854年10月底，曾国藩率领湘军从武汉出发。这一回，曾国藩打算集中优势兵力，全力围攻湖北与江西交界处的田家镇。曾国藩首攻黄州，再占鄂城，然后兵分三路东下，一路扫清沿途的太平军据点。到了长江边上的半壁山一带，湘军重新聚集，全力进攻太平军重兵屯集的田家镇。田家镇之战异常惨烈，曾国藩在给朝廷的奏折中这样描述：即使是战争结束后，江边上仍有浮尸不断。经过几次拉锯战，湘军在付出了惨重代价之后，终于攻克了田家镇。
然而，田家镇大捷之后，曾国藩及湘军便跌入了战争的谷底。一开始，曾国藩全力进攻九江未果，只好掉转方向，把主攻目标对准湖口，想凭借水师的优势，拿下湖口，再攻九江。让曾国藩没想到的是，这一次他遭受到了最为惨烈的鄱阳湖之败。
1855年1月，湘军水师中计陷入鄱阳湖内，湖口的太平军见势勇敢杀出，拦腰攻击湘军水师，将它们一分为二。这样，就成了“内江水师”和“外江水师”两部分。然后，太平军乘机反攻，派水师先火攻湘军之外江水师于湖口江面，大胜，湘军的外江水师被迫移至九江水面。2月，太平军水师再次乘夜火攻湘军停泊在鄱阳湖的内江水师，焚烧了湘军大、小战船一百多只。正在鄱阳湖的曾国藩，只得改乘小船仓皇逃命，连文卷册牍也全部丢失了。他逃至罗泽南的陆营后，越想越觉得羞愧难当，再次投水自杀，还好被幕僚营救上岸。说起来，这应该算曾国藩第二次自杀未遂。
在曾国藩湖口大败之后的那段时间里，太平军的进攻连连得手，湘军连战连败，形势急转直下。1855年4月，太平军秦日纲、陈玉成部攻下了武昌，湖北巡抚陶恩培情急之下，自杀身亡；紧接着，胡林翼又在汉阳附近遭遇败绩……这一系列事件中，最让曾国藩痛心的是两位爱将的离开。在攻打九江的战争中，悍将塔齐布因久攻九江不下，吐血而死；随后，另一名得力猛将罗泽南接到命令，要回援湖北。“罗走塔灭”后的曾国藩，像是失去了最有力的两支臂膀，在江西的处境日益狼狈起来。
正当曾国藩在南昌岌岌可危的时候，杨秀清将石达开调回天京，参加攻破江南大营的战斗，曾国藩死里逃生。1856年4月，更恶劣的消息不断传来：先是太平军大破朝廷绿营江北大营；接着，传来爱将罗泽南在湖北战场牺牲的消息。本来，曾国藩在江西战败之时，给罗泽南写了一信，让他火速调兵来江西救援。罗泽南收到曾国藩的信后，立即救援江西，走到一半时，因武昌被围，湖北形势急迫，他只好又掉转方向回湖北解救。武昌被太平军攻下之后，罗泽南决定不顾一切将武昌城夺回……听到罗泽南的死讯，曾国藩异常痛惜，泪流满面。在湘军中，曾国藩最欣赏的，就是罗泽南与彭玉麟了，这两个人无论是人品还是才学，都堪称“三湘翘楚”。更难得的是，从湘军组建开始，罗泽南几乎就没有打过败仗，即使是在曾国藩“屡败屡战”之际，罗泽南也是无坚不摧……现在，武昌攻下了，罗泽南却身亡前线，曾国藩不由地号啕大哭。
1856年6月以后，由于清军绿营的江南大营突然围攻南京，太平天国东王杨秀清急命石达开领军东援解围，太平军的主力从江西撤回了江苏。石达开的这次撤离，让岌岌可危的曾国藩看到了转机，给了他喘息的机会。在机会来临的时候，稳重的曾国藩总能牢牢抓住。当危急局面一有所缓和，曾国藩就马上开始补充力量，这个时候，湖南又一次显示了它的后方基地的作用。在湖南巡抚骆秉璋和左宗棠的指挥下，刘长佑、肖启江率五千湘军前来增援江西；不久，曾国华又从湖北率一支人马绕道湖南进入江西境内；曾国荃又从老家招募了一支湘军前来支持……这样，曾国藩结束了长时间被包围的局面。在江西，与太平军的战斗重新进入攻守相当的状态。
1856年9月，太平军方面发生了巨大变化，一场亲痛仇快的领导集团内讧，严重削弱了太平天国的政治影响和军事实力。太平天国在经历一番内乱后，大伤元气。更让太平天国感受到打击的，是他们对于洪秀全的个人崇拜开始动摇，人们开始怀疑洪秀全的神话了。这个新成立的“政教合一”的组织不得不收敛起锋利的进攻态势，开始坚壁清野固守城池了。战事对于太平天国来说，已转入战略防御阶段。
几个月后，形势逆转直下，在苏南战场，清军江南大营死灰复燃。1857年，清军张国梁部攻克镇江，威逼金陵。在江西，石达开回金陵之后，曾国藩开始全面反攻，江西太平军力量几乎全部瓦解，仅存湖口、九江等地成为孤立的据点。在湖北方面，太平军武昌城的守将韦俊是韦昌辉的亲弟弟，兄长被杀，韦俊斗志完全丧失，弃城而逃后投诚了湘军。胡林翼重新占领了武昌，武昌的失守让战局立即得到改变。1856年底，湘军水陆两路再次顺江东下，连陷黄州、蕲州、大冶、兴国等；1857年1月，又攻下黄梅。在湖北，太平天国丢失了大量地盘，基本丧失了战斗力。紧接着，李续宾统率湘、楚军一万多人，直抵九江城下。很快，九江城被攻陷，太平军一万多人阵亡。
这个时候，军事形式完全倒转过来了。但军事形势的好转并不能给曾国藩带来更多的安慰，因为这些湘军虽然都是由自己一手创建的，但是发军饷的却是湖南与湖北的地方官，攻取战胜都是他们的功劳，与曾国藩无关，他能报功的也就只有瑞州一城，可是也得不了全功，因为那次战役的取胜还要归功于湖北的增援。这样艰苦的戎马生活到底能给我什么好处？曾国藩越想越沮丧。对这种无休止的屠杀，曾国藩已从心底里感到了厌倦。这样一直郁闷了几个月，直到3月的一天，曾国藩在瑞州城外的湘军大营忽然接到父亲去世的讣告，居然像抓到了一根摆脱困境的稻草，马上奏报申请离开军营回家治丧，不等朝廷回复，就封存了大印，准备带曾国华离开湘军大营。有人提醒他，不待批准就离开军营，是要被治罪的，但这些都没有阻挡住曾国藩的脚步。
曾国藩以前处世总是非常严谨、理智，做决定之前总要深思熟虑，确定事出有名才去做，一要对得起朝廷，二要符合封建伦理规则，而这次冒着得罪朝廷的风险也要急急回家，完全不像他的做事风格。也许他真的对那个摇摇欲坠的朝廷失望透顶了，这个朝廷懦弱无比、忠奸不分、自私自利，居然对他这个卖力挽救清朝江山的忠臣也不信任，做得再好，又有什么用呢？这样的朝廷，又有什么值得留恋的呢？不如干净利落地回到自己的山村之中，做一个世外桃源的员外。
皇帝在听说曾国藩没有获准就回老家奔丧后，非常恼怒，本想治他的罪，由于湖南巡抚骆秉章和湖北巡抚胡林翼反复为曾国藩求情，才免于追究。朝廷给了曾国藩三个月的假期回籍治丧，但也规定假满之后必须回江西办理军务。
三个月的假期很快就要过去了，曾国藩真的不想再过客位虚悬的日子，就向朝廷打报告，奏请按照惯例，在家守三年之孝。咸丰皇帝当然不同意他的请求，命他仍遵前旨，假满后即返回江西军营，继续督办军务。接到上谕之后，曾国藩被逼无奈，干脆向咸丰皇帝摊牌，讲明自己不愿回江西督办军务的真正原因。
当天晚上，曾国藩挑灯夜战，撰写了一封奏折，题为《沥陈办事艰难仍恳终制折》，在这篇长长的奏折中，曾国藩诉说了自创建湘军以来受到的种种委曲，尤其是将近年来在江西督办军务的三点难处，详细地向朝廷作了报告：一是没有军权，因他所率领的湘军属于临时募集的官勇，不是国家经制之兵，所以虽能征善战，但有功人员却不能像绿营官兵那样补授实缺；自己虽然是兵部侍郎，却无法对自己的部下进行奖励和提拔，即使是补授小缺，也须向巡抚、总兵求情，久而久之，很难取信部下，鼓励士气；二是没有政权，自己以兵部侍郎之职带兵，在地方上处于虚悬客位，既无政权，又无财权，更无赏罚黜陟之权，所以遇事掣肘，处处碰壁，兵饷没有保障，动辄受到断饷的要挟；三是没有钦差大臣的职衔，以团练大臣募勇成军，虽奉有出省作战之谕，但没有钦差赴某省办理军务的正式命令，更没有正式印信，因而处处受到地方督抚的歧视、刁难和排挤。
最后，曾国藩强调说，如果仍然要他去办理江西军务，必须担任巡抚一职，否则派他去镇压太平天国运动，也无法最后取胜。如果是这样，还不如要将军、巡抚去办，这样事权较专，提携也比较便捷，而自己也可以“在籍终制”，以尽孝心。从奏折中，明显可以看出，这一回曾国藩明摆着是要向咸丰提条件，与其这样左右掣肘，还真的不如不干了。
虽然曾国藩的这个要求提得比较明显，但是咸丰皇帝还是拒绝了。他坚决恪守祖训，只让曾国藩带兵打仗，决不能让他兼有地方实权。而且这个时候太平天国的势力日趋衰落，觉得曾国藩已经不是那么重要了，就顺水推舟，批准曾国藩在籍终制的要求。曾国藩听完圣旨之后，心中五味俱全。就这样，曾国藩再次过起了宁静的乡村生活。
一段时间之后，曾国藩突然变得莫名忧郁起来。晚上经常彻夜失眠，而因为休息不好导致神经衰弱，曾国藩的脾气也变得焦躁粗暴，看不进书，也不想练字，有时候，还会莫名其妙地因为一些小事呵斥弟弟们，甚至还会没有风度地责怪弟媳。家里人都被曾国藩搞得神情紧张。
由于心情一直不好，曾国藩不久就大病一场。虽然饱受苦痛的磨难，但是也算因祸得福了，躺在病床上，曾国藩开始思考自己的人生，从事业到家庭，渐渐地放宽了心。后来，他利用这几年在家守制的时间，对自己前几年的经验教训进行了全面的总结。除了对于到处碰壁的原因，领兵而未兼地方兵权外，还对自身修养方面的种种弱点做了一番认真反省。经过几年的思想斗争后，曾国藩日趋世故圆熟了。对清政府也看透彻了，既然不能改变这种状况，又离不开这种场合，就只好改变自己，向官场风气屈服，或者说适应这种之前被他鄙夷的环境。
在老家休养的这一段时间，曾国藩仍然跟部属们保持密切联系。曾国藩频繁地和他们书信交流，写信告诉部下怎么做人、如何打仗，并为他们出谋划策。除了读书写信之外，闲暇之余，曾国藩还提笔信手写一些札记。每个人都要与各式各样的人打交道，学会判别各种各样的人，就显得特别重要。在这段时间，曾国藩就把自己察人的经验，作了一些整理。后来，有人把曾国藩在白杨坪以及后来所写的有关察人的笔记，加上很多附会，整理成《冰鉴》一书。
曾国藩不在军营的这段时间，湘军的情况也发生了很大改变。湘军并没有因为曾国藩的出走而元气大伤，相反，在胡林翼坐镇湖北的指挥下，取得了不错的战果，一举攻克了江西重镇——九江。胡林翼大力举荐、任用湘军大将李续宾、鲍超等，声望直线上升。不过，在湘军中，曾国藩还是最高指挥官，只有曾国藩才可以统一指挥各路湘军。因此骆秉章和胡林翼很想让曾国藩出山，不仅可以加强湘军各部分的联合，助自己一臂之力，也可以为曾国藩谋得一地方实权。胡林翼一直等待时机，准备向朝廷进谏。而曾国藩呢，虽然看起来已经慢慢适应了这样慢节奏的生活方式，但是他的内心深处还是很想再回到自己的军营中去的。
1858年6月，由于多年好友胡林翼和骆秉章先后上奏朝廷，他才又再次出山负责浙江军务。重新出山的曾国藩，已经不再是以前那般刚愎呆板了，经过了一年多的乡村生活，精神境界似乎又上升了一个层次。
曾国藩从出山以来，可以说是未遇强敌，未打硬仗，用一路顺风来形容都不为过。曾国藩想着，依这个形势，一年之内就可以把太平天国运动镇压下去了。不料三河城一战又迅速改变了湘军与太平军之间的力量对比。
1858年11月，正当曾国藩全力追击石达开部的时候，噩耗传来，刚在九江取得大捷的湘军李续宾部六千多人，被太平天国李秀成、陈玉成在庐州三河镇全部歼灭，李续宾本人和曾国藩三弟曾国华也被击毙，湘军元气大伤。
突如其来的打击让曾国藩异常伤心。李续宾是曾国藩的爱将，一直对自己忠心耿耿；三弟曾国华虽然自小起过继给叔父，但一直跟其他兄弟一起长大，兄弟五人的感情很好，而曾国藩又是老大，比其他四个弟弟分别大九岁到十七岁，俗话说“长兄如父”，曾国藩无疑在兄弟中起到了榜样的作用，对几位弟弟也是关爱有加。几个弟弟也非常敬重他，不仅仅是因为他在学业和仕途上取得了成功，更是在平时不断地对这些弟弟言传身教。曾国华读书不太用功，科举不顺。而曾国藩在进京后的不少家书中，都要他从科举中走出来，去读对身心学问有益的书。
说到兄弟二人的感情，当年曾国藩在江西被围困时，正是曾国华奉父亲曾麟书之命，孤身一人到湖北胡林翼处搬了五千救兵，冒着大雨，连续攻下咸宁、蒲圻、崇阳、通城四县，之后又攻克新昌、上高等地，直达瑞州城外，帮助曾国藩缓解了危机。“三弟不是打仗的料，脾气比较暴躁”，曾国藩甚至悔恨将他带出来。但是人死不能复生，悲痛之余写了挽联“归去来兮，夜月楼台花萼影；行不得也，楚天风雨鹧鸪声”。
1859年至1860年间，因为石达开打算进入四川和苏州，常州危急，咸丰皇帝命曾国藩率军入川和东援。奏派曾国藩入川本来是胡林翼的主意，他以为清政府会将川督的职位给曾国藩，借此为其谋得一块地盘。后发现清政府仍只让曾国藩督军，却不肯授予地方大权，胡林翼转念一想，与其让曾国藩入川，处于客军虚悬地位，不如将其留下，与他一块合兵进攻安徽。于是他奏请清政府同意后，曾国藩驻扎湖北，这成为曾国藩一生中的重要转折点，不仅兵饷的供应有了保证，而且处处得心应手，事事有人帮忙，不再像在江西、湖南的情形。
此时湘军与太平军进入了全面交锋阶段。曾国藩进攻安徽的中心目标是太平军重兵设防的安庆，其完全处于湘军的严密包围之中。而天京方面，1859年冬，江南大营的清军对天京的包围趋紧，进攻猛烈。不过由于清政府绿营军的腐朽，没能够与太平军抗衡。1860年5月5日，李秀成、陈玉成的十万兵马突然出现在清军江南大营前，只有数万人的江南大营溃不成军，太平军一上午就歼灭清军一万余人。江南大营统帅和春、张国梁等败逃江苏丹阳。李秀成紧追不舍，指挥太平军全力攻克丹阳，击毙江南大营帮办张国梁。两江总督何桂清逃往上海，和春继续败逃到苏州城郊之后，又惊又怕，自缢身亡。太平军再接再厉，6月2日，李秀成又会合李世贤军攻占苏州，清江苏巡抚徐有壬战死。这一次太平军大获全胜，不仅顺利地解除了天京之围，而且使东南局势发生了根本变化，清军经营了很多年的局面一下子逆转。
清廷上下一片惊慌。江南大营是所谓的国家经制之兵，在清政府眼里，总觉得比湘军可靠，因而将他们布置在天京城下，让湘军苦战，而绿营收功。江南大营崩溃后，清政府在南方的绿营武装已基本瓦解，只好依靠曾国藩的湘军来镇压太平军。清政府强令曾国藩从安庆撤围东下，救援苏州、常州。江苏、浙江是中国最富庶的地方，是财源和粮食的供应基地，其得失对清政府是至关紧要的，所以清政府将两江地方大权交给曾国藩，目的是要他保住这个钱库和粮仓。8月上旬，朝廷实授曾国藩为两江总督，并命为钦差大臣督办江南军务，所有大江南北水陆各军均归节制。接到上谕的那一刻，曾国藩终于感到扬眉吐气，因为这次得到的不仅仅只是官位，更重要的还是清政府的承认。从一开始组建湘军起，曾国藩就一直在不信任甚至打压中度过，而这次终于可以名正言顺了。不过话又说回来，如果江南大营没有被攻破，清政府又怎么会给他这个职位呢？所以曾国藩也明白，这是因为清政府已经束手无策了，只好求助于他。曾国藩当然深知这种微妙的君臣关系，所以他并没有因为这次委以重任而乱了手脚，反倒是胡林翼听到这个消息后，异常兴奋，马上写信给曾国藩，要他放手大干，除了进攻安庆外，再筹两支武装，一出扬州，一出杭州。但曾国藩认为这个计划不现实，仍然把战略重点放在安庆，采取稳扎稳打，步步为营的战术，先取安徽，后取江浙，力争上游，以上制下。这些看法比清政府的高明，从军事理论上和后来的成功镇压太平天国的事实来讲无疑是正确的。
曾国藩将军队驻扎在徽州祁门县。祁门是安徽最南部的一个县，跟江西景德镇交界，是南京和南昌之间的必经之地，地理位置非常重要，也是湘军和太平军的重要粮道。在祁门期间，曾国藩不仅军事上屡遭困厄，人事方面也非常不顺，主要是李元度的改换门庭和李鸿章的借故溜走。1860年10月，太平军两路夹击，兵临徽州府城下。曾国藩下令徽州府的将领李元度坚守不出，但李元度违背命令，轻易出城，结果大败。徽州府失守，李元度无脸见曾国藩，南下逃走。曾国藩勃然大怒，不顾别人的阻挠，将李元度革职，李鸿章苦苦相劝也无效，随后告辞，离开曾国藩的幕府，出走南昌。
危机之时，第二次鸦片战争的爆发更是雪上加霜，英法联军进逼北京。咸丰皇帝逃往热河承德避暑山庄，并下旨要曾国藩派湘军将领鲍超火速赶往京城。曾国藩接到诏书时哭笑不得，这个时候跟太平军的战争都处于下风，自己都还指望悍将鲍超带兵从江西赶来救援呢。现在真是泥菩萨过江自身难保，如果鲍超率部队转赴京城的话，皖南这边肯定彻底溃败；而不去的话，又是“抗旨”的罪名。这件事情过于棘手，以至于一下子他和胡林翼都慌了神。最后还是靠李鸿章的一则拖延时间的妙计：请奏万人北上援助，但是因为鲍超人生地不熟，统帅由曾国藩和胡林翼二人中选一个。这样奏请一来一回拖延了时间，并且还能静观事态的进一步发展。后来京城的事态缓和，清政府与八国联军议和了，自然也不用他北上救援了。
这段时期可谓是危机一个接一个，通常是还没有喘过气来太平军又开始大举进攻了。1860年12月，李秀成率太平军一路所向披靡，打到离祁门湘军大营仅有六十里的地方。此时祁门大营内只有一些亲兵，其他湘军都离的很远，一时半会儿没法调集部队回援。再加上粮运中断，文报不通，曾国藩感觉这次是必死无疑了。连夜写好遗嘱，让人快马加鞭送往湖南老家。但是庆幸的是鲍超和张运兰率领主力昼夜行军，并在火烧燃眉之时赶到了祁门附近，成功地阻挡了李秀成的进攻。曾国藩这次真是福大命大，有惊无险地闯过了这一劫。
此后战事慢慢有了好转，1861年9月15日，安庆在长期围困后被曾国藩九弟曾国荃部攻下，曾国荃率湘军“吉”字部攻入城内，驻守的太平军早已饿得奄奄一息了，更无还手之力。安庆失陷，使天京失去了长江上游一个重要的屏障，太平军从此居于守势，湘军与太平军的主战场也由安徽转移到了江苏。曾国藩接到捷报，终于松了一口气，这次战役是一个非常重要的转折点，在抢占了这块要地之后，曾国藩深信攻下天京指日可待了。
值得一提的是在这一时期，清政府和外国侵略者形成了“和好”的局面，外国侵略者多次表示愿意帮助清政府剿灭太平天国起义。曾国藩深知洋人是想借此支配中国的军事力量，所以极力反对。也是由于他的反对，清政府最终没有接受英、法、俄、美等国大规模的洋兵联合会剿。
1861年，曾国藩向清廷上奏购置外国船炮，目的是要建设中国近代海军。清廷委托海关总税务司李泰国向英国代办七艘兵船。而英国侵略者借机成立一个什么“中英舰队”，配备600名英国官兵水手，任命英国皇家海军上校阿思本为舰队司令，而且规定：阿思本对舰队有完全指挥权。这一恶毒计划遭到曾国藩强烈反对，他写信给总理衙门，强硬地说，阿思本仗势欺人，以轮船奇货可居作为要挟，其实根本是想欺凌中国人，借此支配中国的军事力量。如果让其得逞的话“则水陆将士皆将引为大耻”，而且后患无穷。最后清政府只好将舰队遣散，全部兵船遣回英国，并革除了李泰国的总税务司职位。英国企图控制中国军事的阴谋被彻底粉碎。
曾国藩虽然对洋人深恶痛绝，但是也深知中国当时社会落后，武器装备和外国侵略者完全不在一个档次。技术上的落后使他强烈地感觉到了“落后就要挨打”的真理，所以他主张向西方学习造炮制船，兴办近代工业。实际上洋务运动的发起人、倡导者、最早的实践者正是曾国藩。
在攻下安庆后，他率先筹建了中国第一家近代军事工厂——安庆内军械所。这个军工厂虽然一开始只是一个手工作坊，但是它是以手工和现有的物质条件制造近代的船炮，在那个时期已经是个突破了。刚创办时，曾国藩组织了徐寿和华衡芳等人试着造轮船。最后他们克服了重重困难，终于造出了中国第一艘轮船——黄鹄号。虽然这艘轮船造得还不甚得法，行驶迟钝，但是想着中国的江河上第一次有了中国自造的轮船行驶，曾国藩非常高兴，一种民族自豪感和自信心油然而生，当天就在日记中写道：“窃喜洋人之智巧，我中国人亦能为之，彼不能傲我有其所不知矣！”
不得不承认单靠自己手工制造近代船炮是远远不够的，不仅效率低下，而且做出来的武器还是不能和洋人的抗衡。所以在安庆试办军工的时候，他又提议派人员去国外购买机器。他选派了最早留学美国的容闳，赴美购办可以制造机器的机器，准备建立正式的近代机器工业。
后来曾国藩与李鸿章共同创办了江南机器制造局。江南机器制造局制造出了国产的第一艘兵轮和第一台车床，还炼制出第一磅近代火药和第一炉钢水。同时曾国藩也注重扩大生产规模，在江南机器制造局的带动下，一批军用民用工矿企业迅速兴起。如山东机器局、四川机器局、大冶煤铁矿、徐州煤矿、开平煤行、漠河金矿等等。1866年，江南制造局又设立翻译馆，大量翻译西方科学技术方面的书籍，“泰西声、光、化、电、营阵、军械各种实学，遂以大明，此为欧西文明输入我国之滥觞”。这些书籍不仅为培养我国近代科学技术人才作出了贡献，而且对近代思想界也有相当大的影响，康有为、谭嗣同最初接触西学，就是从这些书籍入门的。
江南制造局一创办，就附设了一所机械学校，培养生产技术力量，开我国近代职业教育的先河。1872年，曾国藩还采纳容闳的建议，派幼童到美国留学，揭开了我国向西方派遣留学生的历史。
可以说，军工厂的创办对湘军战斗力的提高也起到了很大的推进作用。此时的太平天国，因为几年前的内讧本来已经元气大伤，洪秀全又专制独裁，立法无章，大纲紊乱，他甚至改太平天国为天父天兄天王太平天国，要把太平天国成为他父子公孙一家的天下。再加上洪秀全政府腐败骄奢，以致人心离散，唯靠陈玉成和李秀成东征西讨支撑着这个摇摇欲坠的政权。
曾国藩趁热打铁，制定了详细的围攻天京的计划，准备将太平天国一网打尽。采取的仍是围城打援的老办法，曾国荃率军进扎天京城外，曾国藩令其原地驻扎，以待多隆阿军队到来。而多隆阿远走陕西，不肯与曾国荃合军打天京，这正中曾国荃下怀，这样就不会有人与他争功了。曾国荃接到李鸿章来函，获悉有淮军来天京城外助攻，于是全军总动员，不顾一切，想抢在淮军到达之前攻下天京，独吞攻陷天京的功劳和捞取天京的财物。
1864年7月，天京九门皆破，落入湘军手中，太平天国革命宣告失败。曾国荃也因此发了战争财，曾国荃纵兵对天京大肆掳掠烧杀。经过这场浩劫，古都尸横遍野，几乎变成一片空虚。曾国藩对此也只是包庇着胞弟，在给朝廷的奏折中称“伪宫贼馆，一炬成灰，并无所谓赋库者，然克复老巢而全无货物，实出微臣意计之外，亦为从来罕见之事”。清廷肯定是心知肚明的，但是又不能说什么，毕竟是靠湘军才镇压了太平天国的。清廷论功行赏，曾国藩赏加太子太保衔，赐一等侯爵，世袭罔替，赏戴双眼花翎；曾国荃赏加太子少保衔，赐一等伯爵，其余湘军将领也都赏赐有加。
攻陷天京以后，曾国藩也已经意识到自己与清政府的关系可能发生变化，湘军的强大无疑成了清政府的心头一块放不下的石头。对曾国藩来说，解决矛盾的办法有两个，一是自剪羽翼，释清廷疑忌，以自保末路；二是起兵造反，推翻清朝，自立为帝。但由于在客观上存在很多不利的因素，只能走剪翼自敛的道路，不失“功臣”之名，侯爵之位，成一代圣贤。
曾国藩开始行动，由于担心李秀成在清政府面前“搬弄是非”，因为如果曾国荃部抢夺所有金银财物的事情被他告发，这对曾国藩是很不利的。于是他杀人灭口，下令就地处死了李秀成。此时的曾国藩经历了这么多年的戎马生涯和磨难，做人处事为官方面早已圆滑。曾国藩马上向清廷奏请了三件事情，第一奏请清政府停解部分厘金；第二下令裁撤江宁城内外湘军二万五千名；第三陈请曾国荃因病开缺，回湖南调养。清政府对他的做法是背地里叫好的，马上批准了他的这些要求。
第二年，也就是1865年，残余的太平军和捻军组成新捻军，原太平军将领被推选为领导人，继续武装反抗清政府。“捻”是康熙年间以来一直存在于民间的群众反清团体，曾是太平军忠实的盟友。捻军势力慢慢扩大，5月，捻军在山东曹州歼灭僧格林沁的八旗兵，并且击毙了僧格林沁本人。清廷再次感到了惊慌，捻军也从此声威大震。危难之时，清政府又命曾国藩督办直隶、山东、河南三省军务，镇压捻军，两江总督的职位由李鸿章代理。接连三道谕旨下来，曾国藩不得已，带领各军星夜北上，驻营徐州，马上制定了剿捻的策略。划京杭大运河以西、贾鲁河以东、黄河以南、沙河与淮河以北，包括了山东、河南、安徽、江苏四省的十三府、州作为自己的作战区域，其余地区则由所在的提督巡抚负责。计划在徐州、临淮、周口和济宁四镇重点设防，并另外建立马队从后面包抄，使捻军无论走到哪儿，都有兵围剿，以此歼灭捻军。
不过此次剿捻并没有成功，方案屡次改变屡次失败。由于用兵较杂，有湘军、淮军等，队伍不再像以前那样好带了，这时曾国藩非常后悔过早裁撤了湘军。再加上曾国藩和各省份地方大吏的关系没有搞好，都不愿与他共事，也没有人为他说话，使得他不得不中途离去，“声誉名望”也逐渐走向下坡。第二年冬天清政府改派李鸿章接替其剿捻重任。
1868年，也就是同治7年，曾国藩奉命调任直隶总督。他先去京城参见了同治皇帝和慈禧太后。同时还拜访了恩师穆彰阿的故宅，看到如今恩师家境败落，心中禁不住感叹今非昔比。曾国藩任直隶总督期间，检阅直隶六镇练军，才知道清政府绿营军为什么这么不堪一击。于是他上奏请求以湘军的军制来改造直隶练军，清廷自然批准了。
这个时候曾国藩已年近六旬，身体也不再像以前那么硬朗。由于肝病逐渐加重，一度导致了他的左眼视线模糊，而右眼完全失明了，只好请了几个月假来修养。
1870年6月21日，天津数千名群众因怀疑天主教堂以育婴堂为晃子拐骗人口、虐杀婴儿，群集在法国天主教堂前面。法国领事开枪射击本地官员。民众激愤之下先杀死了法国驻天津领事及其秘书，之后又杀死了修女、神父、法国领事馆人员等，并焚毁了法国领事馆和一些教堂。事件发生后，英、美、法等国联合提出抗议，并出动军舰示威。
曾国藩被慈禧太后派往天津处理此次事件。到天津后，曾国藩深知这件事情不好处理。如何又讨好清廷，又兼顾民众，更重要的是还需要缓解外国侵略者的出兵威胁。以当时的局势，经过两次鸦片战争和太平军、捻军起义之后，不仅封建制度、封建统治全面衰败，而且人民穷困，国力贫弱，刚开始的洋务运动还不能提供足够的物质力量来对付一次新的战争。曾国藩比任何人都清楚这些客观条件。在清政府“力保和局”的宗旨和法国的要求下，曾国藩委曲求全，处决、遣戍官民数十人，还由清廷派三口通商大臣崇厚专门赴法国赔礼道歉。这个结果当然是百姓不愿意看到的，而清廷是满意这样的结果的，只是清政府习惯要找一只替罪羊，这次曾国藩可谓是哑巴吃黄莲，有苦说不出。搞得自己里外不是人，社会舆论压力铺天盖地，连他的湖南同乡，也把他在湖广会馆夸耀其功名的匾额砸烂焚毁。为了减少所受压力，他只好上疏请另外派大臣协同办理此案，清廷接受了他的请求，仍旧让他还任两江总督。
回到江宁之后，曾国藩心情抑郁，衰颓日甚，遂成不治之疾，1872年3月12日，死于江宁两江总督官署，时年61岁。
清政府闻讯发布上谕，除对他一生的活动大加赞扬外，还追赠太傅、溢文正，并准入京师昭忠祠、贤良祠，于原籍和江宁建专祠，在国史馆立传，这在当时对汉大臣来说是最高一级的嘉奖了。
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