新建的孵化廠在一段時間內孵化效果都不錯，但經過一年半載後孵化效果往往下降，究其原因主要是對孵化廠及孵化設備沒有進行定期認真地衝洗消毒，胚胎長期在汙染嚴重的環境下發育，導致孵化率和雛雞質量下降。因此，孵化廠的衛生是重要的孵化條件之一。
一、辦公室及工作人員的衛生要求
應對孵化室和出雛室設置隔離帶，對外辦公和供銷部門應設在隔離區之外。運送種蛋和接雛的人員不得進入孵化廠，更不許進入孵化室。孵化廠工作人員進場前必須經過淋浴更衣，每人一個更衣櫃並定期消毒。
二、兩批出雛間隔期間的消毒
孵化廠極易成為疾病的傳播場所，在每批孵化結束後要立即對設備和房間進行沖洗消毒。注意消毒不能代替沖洗，只有徹底沖洗後消毒才有效。
1、孵化器及孵化室的清潔消毒步驟
取出孵化盤及增溼水盤，先用水沖洗，再用新潔爾滅擦洗孵化器內外表面（注意機頂的清潔），用高壓水沖洗孵化室地面然後用燻蒸法消毒孵化器，每立方米用福爾馬林42毫升、高錳酸鉀21克，在溫度24℃、溼度75％以上的條件下密閉燻蒸1小時，然後打開機門和進出氣孔通風1小時左右以驅除甲醛蒸氣。孵化室用福爾馬林14毫升、高錳酸鉀7克密閉燻1小時，或將兩者用量增加1倍燻蒸30分鐘。
2、出雛器及出雛室的清潔步驟
取出出雛盤，將死胚蛋（毛蛋）、死弱雛及蛋殼裝入塑料袋中，將出雛盤送洗滌室浸泡在消毒液中或送至蛋雛盤清洗機中沖洗消毒：清除出雛室地面、牆壁、天花板上上的廢物，沖刷出雛器內外表面後，用新潔爾滅水擦洗，然後每立方米用福爾馬林42毫升、高錳酸鉀21克燻蒸消毒出雛器和出錐盤：用濃度為0.3％的過氧乙酸（每立方米用量為30毫升）噴灑出雛室的地面牆壁和天花板。
3、洗滌室和雛雞存放室的清潔消毒
洗滌室是最大的汙染源，應特別注意清洗消毒。將廢棄物裝入塑料袋；沖刷地面、牆壁和天花板；洗滌室每立方米用42毫升福爾馬林和21克高錳酸鉀燻蒸消毒青30分鐘。雛雞存放室經沖洗後用過氧乙酸噴灑消毒或甲醛燻蒸消毒。
三、定期做微生物學檢查
要定期對殘雛、死雛等進行微生物學檢查，以此指導種雞場的防疫工作。在每批出雛完畢後，從絨毛毛、殘雛、死雛和死胎雛中取樣作微生物學檢查，以確定致病微生物是否存在及其種類。在沖洗消毒後，還應取空氣及其附著物進行微生物學檢查，以瞭解沖洗消毒效果。
四、正確處理廢棄物
收集的廢棄物裝入密封的容器內才可以通過各室，並按”種蛋－雛雞”的流程不可逆轉原則運送，然後及時洗滌室的”廢棄物出口＂用卡車送至遠離孵化廠的垃圾場。孵化廠附近不設垃圾場。孵化廢棄物中約含有蛋白質22－32％、鈣17－24％和脂肪10－18％，需經高溫消毒才能做飼料。最好不要做雞飼料，以防消毒不徹底導致疾病的傳播。
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