首先南云忠一也是日本天皇还有其他海军巨头重用和看好的将领之一，他在联合舰队的地位也就比山本五十六稍微低一点点，山本五十六虽然是联合舰队司令长官，但也无法自己决定用谁不用谁。假如山本五十六完全能够决定联合舰队内部的人事的时候，那时候天皇恐怕就会感到不安了，这也是山本五十六不敢轻易做出弃用南云的决定。
其次南云忠一的过往战绩一直也不差，偷袭珍珠港也算是大获全胜，虽然没有发动第三次空袭，但也要考虑到身处险境，应慎重。之后一直到中途岛，南云忠一领导的机动舰队开始可说是战无不胜攻无不克，立下了赫赫战功，所以至少到此时山本是完全没有解除南云职务的任何理由。南云中一的主要败笔是中途岛大海战，但是中途岛海战的失败主要原因不在于他，而在于日本的密码被美军破译，整个作战计划被美军知悉。从日本很多很多将领的回忆录中可以看到对南云的评价还是比较高的。
之后的瓜岛海战中，南云忠一率领机动舰队重创美军企业号，击沉大黄蜂号，黄蜂号，取得的战果还是很可观的。至于后面的失败，主要是美日之间实力对比发生逆转，日军节节败退，谁也无法扭转败局了。
山本长期在美国工作，深知美国的工业能力，明白日本没有打持久战的本钱，必须趁珍珠港偷袭成功的余威，尽可能短时间内消耗掉美军大型水面舰艇，短期内补充不上，以此作为谈判筹码逼迫美国。和之前翔鹤号和瑞鹤号在珊瑚海与美军的萨克城号和列克星敦号的招遇战不同，山本策划中途岛海战的思路本来就是把南云的四艘航母做前锋，以攻击中途岛为铒，引诱美军当时仅存的企业号和大黄蜂号出战，再通过山本本队的大批战列舰突击解决战斗。如果美军不出现则最低限度拿下中途岛。
中途岛海战由于日军自身的情报能力和侦查手段落后，南云一来不知道美军有多少航母参加战斗，不知道美军到底在哪，连雷达都没有，二来还有山本给他设定了两个相互矛盾的战斗目标(消灭航母和对岛攻击，需要战机挂载两种完全不同的装备)导致他在关键时刻首鼠两端，犹豫了半小时，属于日海军的巅峰时刻就已经凝固在美军俯冲轰炸机中队呼啸而下的那一刻！
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