1967年，尼日利亞境內分裂分子宣佈成立”比夫拉共和國”，政府隨即發動了統一戰爭。戰爭打得非常慘烈，雙方死傷相當慘重。1969年5月，奧巴桑喬上校出任政府軍陸軍第三海上突擊師師長，這一年他年僅34歲。在他指揮之下，突擊師連續取得多場關鍵性戰役勝利。1970年1月，“比夫拉共和國”最後防線被突破後，分裂主義軍隊被迫向奧巴桑喬宣佈投降。
比夫拉戰爭後，奧巴桑喬在尼日利亞軍界樹立了崇高威望，戰後晉升為准將軍。由於軍政府首腦戈翁拒絕“還政於民”，1975年奧巴桑喬參與了默塔拉上將領導的軍事政變，推翻了戈翁的政權。政變成功後，他成為僅次默塔拉的二號人物。一年後戈翁殘餘勢力發動叛亂，國家元首默塔拉遇刺身亡。奧巴桑喬在鎮壓叛亂之後，被推選為國家元首。執政後，奧巴桑喬努力推進經濟改革和民主過渡，組織在全國範圍內進行民主選舉，為“還政於民”做了大量工作。
1979年10月，奧巴桑喬正式將政權移交給大選產生的文官政府，由此他成為非洲史上第一位主動把國家大權交給民選政府的軍政府首腦。這一年才44歲，正是年富力強的年齡，在移交權力後他回到家鄉，經營了一家農場。奧巴桑喬的高風亮節，為他贏得了極大的社會聲譽，被人們譽為“非洲雄鷹”、“民主聖人”，他的名字在尼日利亞、乃至整個非洲到處傳頌。然而，民選政府只存在了短短四年，軍人發動政變將其推翻，尼日利亞又進入了軍人獨裁統治，並持續了長達十六年之久。
在此期間，奧巴桑喬一直心繫國家前途，以一位資深政治家的身份，活躍在國內政治舞臺上，熱心調解各種勢力糾紛。在阿巴查軍政府統治期間，奧巴桑喬經常批評軍政府貪汙腐敗、隨意剝奪國民自由，結果遭到阿巴查記恨。1995年6月，奧巴桑喬被軍政府投入監獄，罪名是“危害國家”和涉嫌政變的莫須有罪名。三年後，阿巴查因突發心臟病去世，軍隊參謀長阿布巴卡爾將軍上臺。他隨即向全國宣佈新的還政於民計劃，釋放了一切政治犯，奧巴桑喬獲釋出獄。
奧巴桑喬出獄後，本來無意從政，打算回到家鄉繼續經營農場。但在朋友們勸說下，他決心再度從政。1999年尼日利亞舉行總統大選，奧巴桑喬贏得了廣大選民的支持，以壓倒性優勢當選為總統。5月29日，在尼日利亞首都阿布賈舉行了隆重的總統就職儀式，奧巴桑喬宣誓就任尼日利亞第四共和國總統。這一天，世界各國政要雲集阿布賈，向奧巴桑喬表達了真誠的祝賀，這一天也被定為尼日利亞的民主紀念日。
執政以來，奧巴桑喬不負眾望，他嚴厲打擊腐敗，致力於發展經濟，推動了尼日利亞政治民主化進程，國家出現了和平穩定的局面。2003年，奧巴桑喬眾再次高票當選總統。在他主政八年來，尼日利亞經濟得到良好發展，國內各行業起色明顯，基礎設施也有所改善。2007年5月，奧巴桑喬正式卸任總統職務，開始了又一次平民的人生歲月。
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