工程合同爭議，是指工程合同訂立至完全履行前，合同當事人因對合同的條款理解產生歧義或因當事人違反合同的約定，不履行合同中應承擔的義務等原因而產生的糾紛。產生工程合同糾紛的原因十分複雜，但常見的爭議有以下幾個方面。
一、 工程價款支付主體爭議
承包人被拖欠鉅額工程款已成為整個建設領域中屢見不鮮的“正常事”。往往出現工程的發包人並非工程真正的建設單位，並非工程的權利人。在該種情況下，發包人通常不具備工程價款的支付能力，承包人該向誰主張權利，以維護其合法權益會成為爭議的焦點。在此情況下，承包人應理順關係，尋找突破口，向真正的發包人主張權利，以保證合法權利不受侵害。
二、工程進度款支付、竣工結算及審價爭議
儘管施工合同中已列出了工程量，約定了合同價款，但實際施工中會有很多變化，包括設計變更、工程師簽發的變更指令、現場條件變化，以及計量方法等引起的工程量增減。這種工程量的變化幾乎每天或每月都會發生，而且承包人通常在其每月申請工程進度款報表中列出，希望得到（額外）付款，但常因與工程師有不同意見而遭拒絕或者拖延不決。這些實際已完的工作而未獲得付款的金額，由於日積月累，在施工後期可能增到一個很大的數字，發包人更加不願支付，因而造成更大的分歧和爭議。
在整個施工過程中，發包人在按進度支付工程款時往往會根據工程師的意見，扣除那些他們未予確認的工程量或存在質量問題的已完工程的應付款項，這種未付款項累積起來也可能形成一筆很大的金額，使承包人感到無法承受而引起爭議，而且這類爭議在施工的中後期可能會越來越嚴重。承包人會認為由於未得到足夠的應付工程款而不得不將工程進度放慢下來，而發包人則會認為在工程進度拖延的情況下更不能多支付給承包人任何款項，這就會形成惡性循環而使爭端愈演愈烈。
更主要的是，大量的發包人在資金尚未落實的情況下就開始工程建設，致使發包人千方百計要求承包人墊資施工、不支付預付款、儘量拖延支付進度款、拖延工程結算及工程審價進程，致使承包人的權益得不到保障，最終引起爭議。
三、工程工期拖延爭議
一項工程的工期延誤，往往是由於錯綜複雜的原因造成的，要分清各方的責任往往十分困難。在許多合同條件中都約定了竣工逾期違約金。經常可以發現，發包人要求承包人承擔工程竣工逾期的違約責任，而承包人則提出因諸多發包人的原因及不可抗力等工期應相應順延，有時承包人還就工期的延長要求發包人承擔停工窩工的費用。
四、安全損害賠償爭議
安全損害賠償爭議包括相鄰關係糾紛引發的損害賠償、設備安全、施工人員安全、施工導致第三人安全、工程本身發生安全事故等方面的爭議。其中，工程相鄰關係糾紛發生的頻率越來越高，其牽涉主體和財產價值也越來越多，已成為人民群眾十分關心的問題。《建築法》第39條規定：“施工現場對毗鄰的建築物、構築物和特殊作業環境可能造成損害的，建築施工企業應當採取安全防護措施。”
五、工程質量及保修爭議
質量方面的爭議包括工程中所用材料不符合合同約定的技術標準要求，提供的設備性能和規格不符，或者不能生產出合同規定的合格產品，或者是通過性能試驗不能達到規定的產量要求，施工和安裝有嚴重缺陷等。這類質量爭議在施工過程中主要表現為：工程師或發包人要求拆除和移走不合格材料，或者返工重做，或者修理後予以降價處置。對於設備質量問題，則常見於在調試和性能試驗後，發包人不同意驗收移交，要求更換設備或部件，甚至退貨並賠償經濟損失。而承包人則認為缺陷是可以改正的，或者業已改正；對生產設備質量則認為是性能測試方法錯誤，或者製造產品所投入的原料不合格或者是操作方面的問題等，質量爭議往往變成為責任問題爭議。
此外，在保修期的缺陷修復問題往往是發包人和承包人爭議的焦點，特別是發包人要求承包人修復工程缺陷而承包人拖延修復，或發包人未經通知承包人就自行委託第三人對工程缺陷進行修復。在此情況下，發包人要在預留的保脩金扣除相應的修復費用，承包人則主張產生缺陷的原因不在承包人或發包人未履行通知義務且其修復費用未經其確認而不予同意。
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