15世紀的葡萄牙在歐洲是與眾不同的，它沒有因內部衝突而遭到削弱，遠離了內戰和嚴重的陰謀。葡萄牙統治者從王子杜姆·埃裡克（即“航海者”亨利王子，1394—1460）時起，就開始通過海路、陸路派遣許多偵察、勘測使團，因而15世紀成為葡萄牙歷史上著名的大發現時代。葡萄牙以一彈丸小國擴張到地球上偏遠的角落，其動機、目的是各種各樣的：反擊穆斯林的十字軍信仰，渴望獲得幾內亞的黃金、亞洲的香料以及尋找神秘的祭司王約翰，據說他在“印度”統治了一個強大的國家。
上述目標中的最後一個顯得更為突出，若昂二世1481年即位後，葡萄牙人開發利潤豐厚的亞洲香料貿易的興趣更濃。但直至此時，像歐洲其他國家一樣，葡萄牙人一直滿足於從威尼斯人手中購買亞洲香料，若昂二世轉而從穆斯林，統治埃及和敘利亞的馬木路克王朝處購得。
為了調查商業發展的空間，若昂二世派遣使節通過陸路前往波斯灣和非洲東海岸地區，但其使節於1490—1491年發回的報告是否達到了里斯本就不得而知了，因為當達·伽馬1498年到達印度西海岸時，他根本不瞭解卡利卡特商業的發達程度。受到達·伽馬航海發現的鼓舞，葡萄牙國王宣佈他準備建立一條繞經好望角的新貿易路線，將亞洲香料貿易從穆斯林手中轉移出來。
正是懷著這種公開宣稱的目的，葡萄牙人來到亞洲，他們在亞洲擴張的主要策劃者是阿方索·德·阿爾布克爾克，此人後來成為葡萄牙的亞洲帝國，東印度公司的第二任地方長官。在1509至1515年任職期間，他尋求控制穆斯林的亞洲到歐洲香料貿易網絡上的關鍵地點。懷著此種目的，阿爾布克爾克1510年佔領了印度西海岸的果阿島，1511年佔領馬六甲，1515年佔領波斯灣入海口處的霍爾木茲。
馬六甲是印度尼西亞東部馬魯古群島貴重香料的收集中心，因此成為葡萄牙人的首要目標。阿爾布克爾克親自率領遠征軍，於1511年8月10日攻佔馬六甲。葡萄牙人目擊者記載評論了短兵相接的戰鬥的激烈殘酷，馬六甲在不到一個月的包圍後陷落。無疑，葡萄牙人先進的火器和軍事戰術是取勝的關鍵因素，不過，馬六甲宮廷爭權奪利很可能也使它更加不堪一擊。
根據《馬來紀年》記載，當蘇丹馬赫穆德·沙命令處死他的宰相時，宮廷內部的分裂加深了。蘇丹的王后即宰相的女兒詛咒他，最後迫使他遜位於其子，即後來的蘇丹艾哈邁德·沙，而這正是葡萄牙人開始進攻馬六甲的時候。隨著馬六甲的陷落，分裂的各派都逃入內陸地區。當局勢明朗，葡萄牙人無意放棄佔領時，兩個蘇丹從不同路徑都去了麻坡，後又到了巨港，最後定居於廖內群島中的賓坦島。馬六甲宮廷內部的分裂時間不長，蘇丹艾哈邁德被他父親派人刺殺了，而他的父親後來又重新登上王位。
像一百多年以前選擇定居馬六甲一樣，蘇丹馬赫穆德選擇賓坦島作為新都，也是經過精心策劃的。《馬來紀年》描述該島是一勝地，港口受到保護，適於卸放貨物，這裡也是廖內群島奧朗-勞特人中最大的一支部族的故鄉，他們有時能夠通過淺灘、危險水域引導船隻入港。蘇丹希望以此為基地驅逐佔領馬六甲的葡萄牙人，儘管蘇丹在1517年、1520年和1521年對葡萄牙人的進攻都失敗了，但他在奧朗-勞特人支持下重建宮廷，並在新地點恢復香料貿易，結果遭致葡萄牙人於1526年對其進行討伐，最後摧毀了賓坦島。
在奧朗-勞特人幫助下，蘇丹馬赫穆德·沙逃脫追殺，躲避到蘇門達臘島東海岸的金寶，隨後死去，他的另一個兒子，即蘇丹阿拉烏德丁·羅特·沙繼承王位。新蘇丹與巨港統治者的妹妹聯姻，在1530至1536年間，他在柔佛河上游的北根陀建都，因而成為馬六甲王朝在柔佛地區的第一位統治者。
20世紀50年代出土的文物證明該地有過國際貿易和城堡建築，而當前正在進行的發掘工作可能會揭示古老柔佛遺址分佈的更多內容。值得注意的是，在新的環境裡，馬六甲王室與當地奧朗-勞特人相通婚，這個過程很像100年前在馬六甲發生的種族融合，這轉而為兩者的親緣關係打下基礎，直到今天依然很明顯，一些沙昆人極為尊敬柔佛統治者，認為馬來文化對精神領域具有一種特殊而深刻的洞察力。
與此同時，葡萄牙人的目標不僅是控制海峽貿易，而且還要控制整個地區的海運貿易，他們決心消除競爭敵手。在馬六甲，葡萄牙人宣告勝利，他們驅逐了穆斯林商人，摧毀了大清真寺，在同一地點，他們建立了醒目的堡壘。在近一百年的時間裡，馬六甲統治者的後裔和奧朗-勞特人追隨者遭到葡萄牙艦隊的無情追捕，被迫頻繁尋找安全天堂，在那裡他們重新吸引商人，確立外國使節遞交國書制度。
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