土壤板結的主要原因是有機質的缺失，而不是由於使用化肥。這並不是說化肥對土壤板結沒影響。有機質缺失，化肥對土壤板結影響的烈度就更加凸顯。而有機質豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留於土壤中的硫酸根、氯離子、亞硝酸鹽等物質會因轉化為水溶有機化合物，以及豐富的土壤微生物的多重作用而無害化，使土地可以永續耕作。
所以歸根結底，化肥“使土壤板結”的負面作用並不是化肥之過，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機肥料的結果。
微生物肥料的主要功效是促進植物根系的發育。只要我們能知道植物根系的重要性，就能知道生物有機肥內含的多種功能性微生物進入土壤後，在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物，這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成。團粒結構的形成能使土壤變得疏鬆、綿軟，保水保肥性能增強，水、氣、熱更加協調，減少土壤板結，有利於保水、保肥、通氣和促進根系發展，為農作物提供舒適的生長環境。
當然，考慮微生物菌肥主要成分為生物活性菌，在使用過程中存在以下幾方面不足：
1、見殺菌劑就死亡，不能與殺菌劑混合使用，防治根腐病、根癌等土傳病害；
2、見紫外線就死亡，秋季施基肥時期為太陽紫外線質量最好階段，紫外線可以殺滅微生物菌肥裡面的生物活性菌；所以陰天施用菌肥最好、
3，因為生物菌是活的，運動的。所以必須要做好密封，如果開袋後必須及時用完，或者做好密封。活性菌會揮發，肥效大減！
土壤理化性狀的改善，加強了土壤有益微生物的活動，從而最大限度促使有機物分解轉化，產生多種營養物質和刺激性物質，反過來又刺激微生物的生長髮育，促進作物生長，最終達到增產增收的目的。
另外，功能性微生物在作物根系周圍形成優勢種群，抑制或拮抗有害病原菌的生長繁殖，減輕了作物發生病害的程度，進而起到增加產量的作用.
根系衰弱：根系靠什麼促？
首先是根的趨水趨肥性，使根系有一種內在的向外向下伸長的刺激，缺了有機質的土壤含水性差，各類肥料溶液向根部“表達”能力差，致使根系生長的內在刺激不足；其次，土壤微生物同根系的互動，是根系生長的外源刺激。
土壤中有機質不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根際微生物群落稀疏，根系生長的外源刺激太弱，根系就失去了生長的外部刺激。
土壤板結和藥害（土壤中農藥殘留嚴重）造成農作物多種病害。如果土壤中有機質豐富，或者對土壤施足有效碳，這些危害是可以減輕甚至是可以避免的。
由於除草劑和其他農藥直接施到土壤，使土壤微生物受到極大傷害。如果向土壤施用足量的有機肥或者液態碳肥，可以減輕農藥的藥害，在相當程度上減輕微生物的損失。農藥殘留通過氧化和光分解，藥性又會進一步降低，重新繁殖起來的微生物反過來會“吃”掉這些殘留物。在這種土壤微生物與農藥殘留物的博弈中，有機水溶碳起著“東風”助陣的作用。這種分析推理已經得到多次實例的證明。
來源 中農弘露
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