事業單位合併，通常情況下都會在合併之初先發布新的組織架構以及單位合併後的人員安置辦法，並對新單位中的各崗位職責進行相應的調整。
而事業單位人員的原職務會一併撤銷，通常都不會保留，而是根據新單位的情況進行相應的調整。具體要參考新單位合併的性質和個人工作安置情況來定。
事業單位改革後人員分流安置工作通常分為一下幾種情況：
第一：對無法安置在事業單位的人員，如果達到法定退休年齡或者喪失勞動能力符合國家退職條件的人員，會直接給辦理退休，或者經單位審批提前辦理提前內退或者退職手續。
第二：對於事業單位撤銷、整合或者核減編制中無法另行安排工作的人員，按相關規定發放補償金，由單位辦理辭退手續。
第三：事業單位合併後，屬於公務員管理的事業單位人員，可以雙向選擇，繼續留在機關公務員隊伍中安排其他工作。
第四：對於單位被整編後無空缺轉公務員行列而進入其他事業單位的，可保留事業單位身份，在新單位就職，執行新單位的工資職稱和福利待遇。
第五：如果由原事業單位整編後轉為企事業單位的人員，則由新企業按照勞動法相關規定簽訂勞動合同，執行企業的管理制度。
一般來說，單位合併有以下幾種方式：
1、掛牌機構：B單位成為A單位的掛牌機構，其職能、人員、編制全部併入A單位，和A單位一塊牌子，兩套人馬，單位名稱規範為：A(B)，原機構、職能、編制都在，唯一不在的是原來的領導職數，一把手肯定不存在了，副職一般也只會給A單位增加一名專管B單位事務的副職，其它副職也取消了。
2、合併。B單位消失，其職能、人員、編制全部合併到A單位，不再保留B單位名稱，B單位的領導職務也同機構一樣同時取銷。
3、下屬單位或內設機構。B單位合併到A單位內，成為A單位的下屬機構或者內設機構，一般級別、機構名稱、人員、編制、領導職務都不會發生變化，和原先一樣，只不過多了一層隸屬管理關係。
在以上兩種方式中，會發生兩個問題：
1、超職數。原來的領導職務減少，導致新單位領導職數超限。一般情況下，機構改革過程中，允許短時期內超職數情況的存在，這也就是我們曾經在省廳改革過程中看到的一正八副、一正九副等現象出現的原因。在改革過程中，或者改革後一兩年內，組織部門會通過調任，解決超職數配備問題，新單位的領導職數會嚴格按照新的《三定方案》執行。
2、混編。尤其是事業單位合併到行政機關，會出現機關內存在事業編制的現象，即“機關事業”編，這個名稱在機構編制管理條例上是不允許存在的，是臨時處置措施，也就是人們常說的“混編混崗”。機構編制部門也會在改革過程中或者改革後一兩年內，用行政編制進行置換，把“機關事業”編調整為行政編制。
綜合以上情況，不管是在編還是非在編的人員，在事業單位合併後，原職務基本都是會被撤銷，並重新任命。
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