事業單位合併，通常情況下會在合併之初先發布新的組織架構以及單位合併後的人員安置辦法，並對新單位中的各崗位職責進行相應的調整。
而事業單位人員的原職務會一併撤銷，通常都不會保留，而是根據新單位的情況進行相應的調整。
事業單位改革後人員分流安置工作通常分為一下幾種情況：
第一，對無法安置在事業單位的人員，如果達到法定退休年齡或者喪失勞動能力符合國家退職條件的人員，會直接給辦理退休，或者經單位審批提前辦理提前內退或者退職手續。
第二，對於事業單位撤銷、整合或者核減編制中無法另行安排工作的人員，按相關規定發放補償金，由單位辦理辭退手續。
第三，事業單位合併後，屬於公務員管理的事業單位人員，可以雙向選擇，繼續留在機關公務員隊伍中安排其他工作。
第四，對於單位被整編後無空缺轉公務員行列而進入其他事業單位的，可保留事業單位身份，在新單位就職，執行新單位的工資職稱和福利待遇。
第五，如果由原事業單位整編後轉為企事業單位的人員，則由新企業按照勞動法相關規定簽訂勞動合同，執行企業的管理制度。
綜合以上情況，不管是在編還是非在編的人員，在事業單位合併後，原職務都是會被撤銷，並重新任命。
涉及單位合併，面臨領導職數削減，原來領導無法安排，那怎麼辦？一般都採用下面辦法：
第一，採取調動崗位。比如衛生局和計生局合併，原衛生局局長任衛計局局長，原計生局局長無法安排，可能會調到其他單位任職。
第二，提前離崗。有時單位合併，領導崗位變少，有的可能會提前離崗。提前離崗是基層特色，領導離崗不同於退休，可以繼續保留原待遇，單位各項福利繼續享有。
第三，提升一個級別，任非領導職務。 比如原來是科長，單位合併後無處可去，但因為以前給單位做過貢獻，單位會爭取一個副調研員職位。
單位合併方式
1.掛牌機構。B單位成為A單位的掛牌機構，其職能、人員、編制全部併入A單位，和A單位一塊牌子，兩套人馬，單位名稱規範為：A（B），原機構、職能、編制都在，唯一不在的是原來的領導職數，一把手肯定不存在了，副職一般也只會給A單位增加一名專管B單位事務的副職，其它副職也取消了。
2. 合併。B單位消失，其職能、人員、編制全部合併到A單位，不再保留B單位名稱，B單位的領導職務也同機構一樣同時取銷。
3.下屬單位或內設機構。B單位合併到A單位內，成為A單位的下屬機構或者內設機構，一般級別、機構名稱、人員、編制、領導職務都不會發生變化，和原先一樣，只不過多了一層隸屬管理關係。
新一輪機構改革過程中，事業單位職能合併到行政機關的，由於基層行政編制緊缺，大部分還是會保留事業編制及事業身份不變
一種是臨時性質，在改革過程和緩衝期內想辦法解決，國家規定，機構改革中出現的臨時性超編和混編現象，允許存在3年的緩衝期，主要利用自然減員予以解決。另一種是安置到機關下屬事業單位，繼續使用事業編制，保留事業身份，具體看各地實際情況而定。第一階段部委改革已經完成，6月份部委“三定方案”全面出臺實施，部委改革全面完成。下一步開始省級機構改革，中編辦明確在省市縣改革過程中，既要堅持原則，又要根據各地實際情況靈活處理，不搞一刀切。
省級改革要堅持原則為先，同時體現地方特性。部委改革已經為省級改革劃定了框架，省級政府機構改革，首先以部委改革為樣板，設置政府部門和機關機構，劃轉職能，新增、瘦身、整合，人員編制按照“編隨事走、人隨編走”的大原則，不增加機構，不增加編制，不增加人員，不增加財政負擔。但同時，各省也要根據實際情況，在機構改革過程中進行微調，以最有效率的方式體現機構改革的本意，尤其是在市縣改革過程中，更要體現各地的特性，在不突破原則的情況下，靈活處理。省級改革是年底前完成，市縣改革2019年3月前完成，具體方案要根據各地實際情況制定。 相關閱讀
牽扯事業單位前途和命運和改革有兩項：
一項是2019年3月前全國省市縣要求全面完成的新一輪機構改革中，涉及到職能劃轉的事業單位，這主要是和政府機構改革相關，是隨著政府行政機關職能劃轉，而隨之改變。
另一項改革是事業單位分類改革，事業單位分類改革試點也有近10年的時間了，到目前為止，2017年《事業單位分類改革方案》基本確定，大原則和方向也確定了，大多數地區完成了各地轄區內事業單位分類基礎工作，除一些因職能劃分不清而暫不分類的單位之外，其它事業單位是歸行政類、生產經營類、公益一類、公益二類，都非常清楚，也經過幾上幾下，得到上級機構編制部門所屬的事業單位管理局的核準。高校和縣級以上公立醫院目前在試點保留事業單位屬性，取消事業編制。在2020年前，事業單位分類改革要求全部到位，因行業改革，目前部分事業單位已經改革完成。
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