事业单位合并，通常情况下会在合并之初先发布新的组织架构以及单位合并后的人员安置办法，并对新单位中的各岗位职责进行相应的调整。
而事业单位人员的原职务会一并撤销，通常都不会保留，而是根据新单位的情况进行相应的调整。
事业单位改革后人员分流安置工作通常分为一下几种情况：
第一，对无法安置在事业单位的人员，如果达到法定退休年龄或者丧失劳动能力符合国家退职条件的人员，会直接给办理退休，或者经单位审批提前办理提前内退或者退职手续。
第二，对于事业单位撤销、整合或者核减编制中无法另行安排工作的人员，按相关规定发放补偿金，由单位办理辞退手续。
第三，事业单位合并后，属于公务员管理的事业单位人员，可以双向选择，继续留在机关公务员队伍中安排其他工作。
第四，对于单位被整编后无空缺转公务员行列而进入其他事业单位的，可保留事业单位身份，在新单位就职，执行新单位的工资职称和福利待遇。
第五，如果由原事业单位整编后转为企事业单位的人员，则由新企业按照劳动法相关规定签订劳动合同，执行企业的管理制度。
综合以上情况，不管是在编还是非在编的人员，在事业单位合并后，原职务都是会被撤销，并重新任命。
涉及单位合并，面临领导职数削减，原来领导无法安排，那怎么办？一般都采用下面办法：
第一，采取调动岗位。比如卫生局和计生局合并，原卫生局局长任卫计局局长，原计生局局长无法安排，可能会调到其他单位任职。
第二，提前离岗。有时单位合并，领导岗位变少，有的可能会提前离岗。提前离岗是基层特色，领导离岗不同于退休，可以继续保留原待遇，单位各项福利继续享有。
第三，提升一个级别，任非领导职务。 比如原来是科长，单位合并后无处可去，但因为以前给单位做过贡献，单位会争取一个副调研员职位。
单位合并方式
1.挂牌机构。B单位成为A单位的挂牌机构，其职能、人员、编制全部并入A单位，和A单位一块牌子，两套人马，单位名称规范为：A（B），原机构、职能、编制都在，唯一不在的是原来的领导职数，一把手肯定不存在了，副职一般也只会给A单位增加一名专管B单位事务的副职，其它副职也取消了。
2. 合并。B单位消失，其职能、人员、编制全部合并到A单位，不再保留B单位名称，B单位的领导职务也同机构一样同时取销。
3.下属单位或内设机构。B单位合并到A单位内，成为A单位的下属机构或者内设机构，一般级别、机构名称、人员、编制、领导职务都不会发生变化，和原先一样，只不过多了一层隶属管理关系。
新一轮机构改革过程中，事业单位职能合并到行政机关的，由于基层行政编制紧缺，大部分还是会保留事业编制及事业身份不变
一种是临时性质，在改革过程和缓冲期内想办法解决，国家规定，机构改革中出现的临时性超编和混编现象，允许存在3年的缓冲期，主要利用自然减员予以解决。另一种是安置到机关下属事业单位，继续使用事业编制，保留事业身份，具体看各地实际情况而定。第一阶段部委改革已经完成，6月份部委“三定方案”全面出台实施，部委改革全面完成。下一步开始省级机构改革，中编办明确在省市县改革过程中，既要坚持原则，又要根据各地实际情况灵活处理，不搞一刀切。
省级改革要坚持原则为先，同时体现地方特性。部委改革已经为省级改革划定了框架，省级政府机构改革，首先以部委改革为样板，设置政府部门和机关机构，划转职能，新增、瘦身、整合，人员编制按照“编随事走、人随编走”的大原则，不增加机构，不增加编制，不增加人员，不增加财政负担。但同时，各省也要根据实际情况，在机构改革过程中进行微调，以最有效率的方式体现机构改革的本意，尤其是在市县改革过程中，更要体现各地的特性，在不突破原则的情况下，灵活处理。省级改革是年底前完成，市县改革2019年3月前完成，具体方案要根据各地实际情况制定。 相关阅读
牵扯事业单位前途和命运和改革有两项：
一项是2019年3月前全国省市县要求全面完成的新一轮机构改革中，涉及到职能划转的事业单位，这主要是和政府机构改革相关，是随着政府行政机关职能划转，而随之改变。
另一项改革是事业单位分类改革，事业单位分类改革试点也有近10年的时间了，到目前为止，2017年《事业单位分类改革方案》基本确定，大原则和方向也确定了，大多数地区完成了各地辖区内事业单位分类基础工作，除一些因职能划分不清而暂不分类的单位之外，其它事业单位是归行政类、生产经营类、公益一类、公益二类，都非常清楚，也经过几上几下，得到上级机构编制部门所属的事业单位管理局的核准。高校和县级以上公立医院目前在试点保留事业单位属性，取消事业编制。在2020年前，事业单位分类改革要求全部到位，因行业改革，目前部分事业单位已经改革完成。
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