琉球群島雖然人口不多，但戰略位置十分重要。在近代，它是日本對外擴張的重要通道；第二次世界大戰時充當了日本南侵東南亞的橋樑；“二戰”後又成為美國的海軍基地。
1609年，日本把琉球王擄到日本，逼迫他承認日本為新宗主，歸薩摩管，定期納貢。但薩摩藩主非常貪財，他一心想從琉球與中國的貿易中撈油水，所以默許琉球繼續對中國稱臣納貢。如此一來，琉球就有了兩個“宗主”。薩摩藩主有權決定琉球的王位繼承人，但他也不反對中國派使者去執行冊封典禮。而且每當有中國使節逗留琉球之時，薩摩藩王會很小心翼翼地不讓中國人發現住在島上的日本人。1866年前，清朝派過8次使節去琉球，也察覺出島上有些不對，但又不能確定，就沒太在意這事。這樣就出現了琉球的“兩主”局面。
日本對琉球的蠶食並不是一下子完成了，畢竟它還不敢和清政府鬧翻。在強佔了琉球200多年後，日本才敢把琉球國改為“琉球藩”，其頂頭上司也由薩摩藩變成了日本政府。為了不至於引起公憤，日本向琉球民眾許諾說琉球現有國體政體永遠不會改變。
1874年，日本以為琉球遇難海民報仇為由，發動侵略臺灣的戰爭，這也是對大清的第一次公開挑釁。最後，清政府戰敗，被迫簽訂《北京專條》，把日軍侵略臺灣的無恥行為描述為“保民義舉”，日本據此認為清政府承認了它對琉球的宗主權。大久保利通趁機向天皇獻策，要對琉球王下一劑猛藥，讓他到日本來謝恩，斷絕與中國的關係，承認自己已經是日本屬國。日本政府當即命令琉球三司官池城安規等人前往東京，被琉球拒絕。此計不成，日本便來了更狠的一招。1875年7月，明治政府頒發“達書令”，要求琉球不準對清朝朝貢或派使節去祝賀新帝登基，不準接受中國的冊封，作為朝貢貿易據點的神州琉球館也必須拆除，今後琉球與中國的一切交涉事務全由日本外務省負責。
琉球國王抵死不從，它一邊與日本週旋，一邊向老宗主國清政府求援，同時還向英、法、荷駐琉公使發出求救信號。1876年，琉球國王派尚德宏、蔡大鼎和林世功等人秘密到了中國，與使節毛精長一起向清政府遞交請願書，細說琉球被日本欺凌的屈辱經過，請清政府一定要採取措施，保護琉球。
1877年，清駐日公使何如璋到了日本神戶，琉球大臣馬兼半夜裡突然求見，“伏地痛哭”，並將琉球王的密函交給何如璋說，日本禁止琉球與中國交往，還要廢藩，這樣琉球國只有死路一條，懇請中國出面援助。何如璋等駐日使臣認為對日本這次的行為絕不能姑息縱容。偏偏此時清政府正忙著和沙俄就伊犁問題進行交涉，政府內部正打算“聯日製俄”，不想因為琉球得罪日本，就拒絕了何如璋的建議，錯失了遏制日本吞併琉球的最佳時機。
1879年3月8日，日本向琉球下達“廢藩置縣”的指令，將琉球改為沖繩縣，正式將其納入日本的中央集權體制中去。4月，日本派內務大書記官松田道之率600名士兵強行進入琉球都城首裡，把琉球王尚泰綁到了東京，其他反抗日本的琉球官民都被松田殘酷鎮壓。5月10日，清政府總理衙門就日本吞併琉球一事，向日駐華公使遞交抗議書，稱琉球很早就向中國朝貢，中國一直承認它作為主權國家的身份。現今日本卻要把它變成日本的一個縣，既違背了“修好條約”，也是不尊重中國及其他國家的行為。日本給的回覆是：將琉球廢藩置縣屬於日本內政，與中國無關。駐日公使何如璋立即駁斥了這種荒謬的說法，雙方就此爭論不休。
巧的是，美國前總統格蘭特正好在中國訪問，李鴻章便請他作為中間人出面調解，格蘭特表示一定“秉公持議”。隨後，格蘭特提出“三分琉球”方案：中部歸琉球，南部歸中國，北部歸日本。日本不同意“三分”的方案，提出“二分論”，即日本可以將琉球南部的宮古列島和八重山讓給中國，但條件是：中國承認琉球其他地方都屬日本；清政府取消禁止日商深入中國內地的限制；日本也要享有“利益一體均沾”特權。日本之所以敢這麼囂張，是因為它清楚清政府正陷於中俄新疆伊犁之爭中，根本顧不上琉球，更何況日本早已佔領了琉球，清政府的話基本沒什麼威懾力。清政府與日駐華公使進行了8次談判，才在1880年10月簽訂《琉球專條》，基本接受了日本的“二分論”。
條約一簽訂，就遭到以南、北洋大臣為首的實力派的反對。北洋大臣李鴻章一改往日的妥協態度，他現在贊成的是“聯俄製日”，所以他認為絕不能在琉球問題上犧牲這麼多。李鴻章在當時可是朝廷重臣，也是外交事務的總負責人之一，他都這樣說了，那麼其他官員自然不敢有太大異議，更何況《琉球專條》確實欺人太甚。所以，清政府拒絕批准已議定好的條約。1881年1月，日本駐華公使聽到消息後，憤然離去，還放了狠話：中國自己譭棄條約，今後日本不會再與中國商談琉球問題。
1881年12月後，日本駐天津領事與李鴻章進行過兩次非正式會晤，想探探中方的口風。1882年3月，新任駐日公使黎庶昌繼續與日本交涉琉球問題。他向李鴻章彙報了他與日本大藏相松方正義的談判結果，說“日本允許中國繼續把琉球視為獨立國家，同意琉球王繼續向中國朝貢，接受冊封”，但是日本仍然會把“琉球改為縣，同時也將把琉球王放回去，擔任縣令一職，其子孫可世襲職位。”黎庶昌認為，只要琉球還繼續向清朝納貢，接受冊封就行，至於它歸誰管其實沒什麼大不了的。李鴻章十分糾結，他覺得黎庶昌的話聽起來沒什麼不對，但是讓日本管琉球還是有些不妥，總覺得裡面有貓膩。自己想不出計策，就讓報總理衙門定奪。可總理衙門也沒能拿出最終的解決方案，李鴻章只好批示說琉球一案暫時擱置。
反觀琉球國，全國上下都反對日本，他們將復國的希望全都寄託在清政府身上。1879～1885年，奉國王之命，琉球使臣先後向清總理衙門、禮部、李鴻章、左宗棠等部門和高官遞交了28封請願書，只可惜沒多少回應。
而另一方面日本又在加緊控制琉球的力度，1886年，日本內務大臣山縣有朋率天皇的侍從去沖繩視察。1887年，陸軍少將福原實被任命為沖繩縣知事。甲午中日戰爭後，中日簽訂的《馬關條約》中隻字未提琉球問題，日本獨佔琉球也就成為既成事實。
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