上天似乎對康熙“獨有情鍾”，剛剛平定了三藩內亂，就來了俄羅斯侵邊；剛解決完東北，西北又殺來了噶爾丹。真是殺完了狗，對付完了熊，緊接著狼又來了。內憂外患一件接著一件。
噶爾丹何許人也？據說他的出生也頗具傳奇色彩，史書說噶爾丹“生而神異，有大志，好立奇功，父母欲立之為洪（琿）臺吉”，但他日後卻去西藏出家當喇嘛了。據蒙古文文獻記載，1635年，西藏黃教赴準噶爾的首領溫薩活佛，曾向巴圖爾琿臺吉的妻子玉姆夫人許諾，死後將在她的懷裡轉世。在溫薩活佛圓寂後的第二年，玉姆夫人正巧生下了噶爾丹。這為噶爾丹的出生蒙上了一層神秘的色彩。在噶爾丹十三歲（一說九歲）時，他被認定為西藏溫薩活佛的轉世，於是被迎請到了西藏。他先是在扎什倫布寺拜四世班禪為師，爾後到拉薩在達賴喇嘛門下學經。由於他稟性聰穎，很得五世達賴的賞識。如果按照這條路走下去，噶爾丹一定會是一個德高望重的活佛。
然而，歷史為噶爾丹準備了另外一條曲折的道路。1670年，在爭奪準噶爾汗位的鬥爭中，噶爾丹的哥哥僧格（1653—1670在位）遭到異母兄弟車臣臺吉和卓特巴巴圖爾的殺害。消息傳到西藏，達賴喇嘛立即准許噶爾丹還俗，支持他返回準噶爾掌權，以在衛拉特蒙古中擴大黃教。一年後，噶爾丹自西藏返回準噶爾，並率領僧格舊部與車臣臺吉和卓特巴巴圖爾聯軍，在阿爾泰山地區展開激戰。車臣兵敗被殺，卓特巴巴圖爾攜幼弟達哩及殘部逃亡青海。噶爾丹雖然出身喇嘛，卻極具軍事才幹。凡遇戰事，他戰略戰術得當，指揮果斷，無所畏懼，身先士卒，奮力拼殺；所以每戰必勝，自己則“身不著一矢”，由此樹立崇高威信。他還俗的目的，不僅僅是為僧格報仇，更在於締造一個如成吉思汗時期那樣的、不依附於任何政治勢力的統一的蒙古帝國。因此，噶爾丹在掌握準噶爾的統治權後，便接受了臣僚提出的“近攻計”，對衛拉特諸部和鄰近部族發動了一系列征服戰爭，不斷壯大實力。通過一系列的西征，噶爾丹不僅拓疆千里，解除了來自汗國西部的軍事威脅，而且在軍事實力和物資供應等方面，為揮戈東進做了充足的準備。
為實現統一蒙古的事業，噶爾丹必須首先要同清朝爭奪對喀爾喀蒙古的控制權。在這個過程中，噶爾丹運用外交手段尋找靠山。1673年，衛拉特的使者向俄國外交事務部遞交了噶爾丹的兩封信。在這些信件中，噶爾丹力圖說明他對俄國的和好態度。之後，他又多次派遣使者跟俄國當局溝通，表現出利用清政府和俄國的矛盾來制約清廷的意圖。而作為回應，俄國通過貿易的方式，給予了噶爾丹大量火器支援，這些火器在以後的戰爭中給清軍帶來了不小傷亡。不久，因沙俄入侵，中俄戰爭爆發。康熙皇帝經過反覆權衡，在雅克薩之戰取勝的情況下，於《尼布楚條約》中對俄國做了部分讓步，以換取俄國不支持噶爾丹。
那時候，蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三個部分。除了漠南蒙古早已歸屬清朝外，其他兩部也都臣服了清朝。噶爾丹的東進打敗了漠北蒙古。十萬的漠北蒙古人逃到漠南，請求清朝政府保護。康熙帝便派使者到噶爾丹那裡，叫他把侵佔的地方還給漠北蒙古。噶爾丹自以為有沙俄撐腰，十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進犯漠南。
面對草原狼的進攻，康熙帝決定親征噶爾丹，康熙二十九年（1690）七月六日，康熙帝分兵兩路進發：左路由撫遠大將軍碩裕親王福全率領，出古北口；右路由安北大將軍碩恭親王常寧率領，出喜峰口。康熙帝本人則親自帶兵在後面指揮，率領內大臣國舅佟國綱、佟國維，內大臣索額圖、明珠等，組成強大的軍事智囊團和後勤部隊。
右路清軍先接觸噶爾丹軍，結果打了敗仗。噶爾丹長驅直入，一直打到離開北京只有七百里的烏蘭布通（今內蒙古昭烏達盟克什克騰旗）。噶爾丹得意揚揚，還派使者向清軍要求交出他們的仇人。禍不單行，這時康熙也由於水土不服，發起了高燒。無奈之下，他只有命福全全力反擊，自己打道回宮了。
康熙二十九年（1690）八月初一，福全率領的清軍抵達烏蘭布通。兩軍隔河而望，噶爾丹在高處，福全在低處；噶爾丹在暗處，福全在明處。噶爾丹把自己的幾萬騎兵集中在大紅山下，後面有樹林掩護，前面又有河流阻擋。他把上萬只駱駝，縛住四腳躺在地上，駝背上加上箱子，用溼氈毯裹住，擺成長長的一個駝城。叛軍就在那箱垛中間射箭放槍，阻止清軍進攻。結果，這些可憐的駱駝成了清軍炮火的活靶子。清軍用火炮火槍對準駝城的一段集中轟擊，炮聲隆隆，駝城被打開了缺口。清軍的步兵騎兵一起衝殺過去，福全又派兵繞出山後夾擊，把叛軍殺得七零八落，殺得噶爾丹找不到北。狡猾的噶爾丹一看形勢不利，一面派喇嘛到清營求和，一面趁機帶著殘兵逃到漠北。福全戰鬥經驗太少，為人心眼太實，中了噶爾丹的緩兵之計，這次戰鬥沒能徹底消滅噶爾丹勢力。
噶爾丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地裡重新招兵買馬。1694年，康熙帝約噶爾丹會見，訂立盟約。噶爾丹不但不來，還暗地派人到漠南煽動叛亂。他揚言，他們已經向沙俄政府借到了鳥槍兵六萬，將大舉進攻。內蒙古各部親王紛紛向康熙帝告發。
1696年，康熙帝第二次親征，分三路出擊：黑龍江將軍薩布素從東路進兵，發起側面大進攻；大將軍費楊古率陝西、甘肅的兵，從西路出兵，截擊噶爾丹的後路；康熙帝親自帶中路軍，從獨石口出發。三路大軍約定時期夾攻噶爾丹，來個包餃子。康熙帝的中路軍到了科圖，遇到了敵軍前鋒，但東西兩路還沒有到達。這時候，有人傳說沙俄將要出兵幫助噶爾丹。隨行的一些大臣就有點害怕起來，勸康熙帝班師回北京。康熙帝不為所動，堅持到底，繼續進兵克魯倫河，並且派使者去見噶爾丹，告訴他康熙帝親征的消息。噶爾丹在山頭一望，見到康熙帝黃旗飄揚，軍容整齊，連夜拔營撤退。
康熙帝一面派兵追擊，一面趕快通知西路軍大將費揚古，要他們在半路上截擊。噶爾丹帶兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和國烏蘭巴托東南）正好遇到費揚古軍。昭莫多原是一座大樹林，前面有一個開闊地帶，歷來是漠北的戰場。費揚古按照康熙帝的部署，在小山的樹林茂密地方設下埋伏，先派先鋒四百人誘戰，邊戰邊退，把叛軍引到預先埋伏的地方，清軍先下馬步戰，聽到號角聲起，就一躍上馬，佔據了山頂。叛軍向山頂進攻，清軍從山頂放箭發槍，展開了一場激戰。費揚古又派出一支人馬在山下襲擊叛軍輜重，前後夾擊。叛軍死的死，降的降。最後，噶爾丹只帶了幾十名騎兵脫逃。
經過兩次大戰，噶爾丹叛亂集團土崩瓦解，康熙帝要噶爾丹投降，但是死腦筋的噶爾丹繼續頑抗。隔了一年，康熙帝又帶兵渡過黃河親征。這時候，噶爾丹原來的根據地伊犁，已經被他的侄兒策妄阿那布坦佔領；他的左右親信聽說清軍來到，也紛紛投降，願意做清軍的嚮導。噶爾丹走投無路，最終服毒自殺。
康熙帝與噶爾丹的戰爭，打了八年，終於平息了蒙古草原上的騷亂，維護了中國版圖的統一。打那以後，清政府重新控制了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當地蒙古貴族各種封號和官職。清政府又在烏里雅蘇臺設立將軍，統轄漠北蒙古。後來，噶爾丹的侄兒策妄阿那布坦攻佔了西藏。1720年，康熙帝又派兵遠征西藏，驅逐了策妄阿那布坦，護送達賴喇嘛六世進藏。以後，清政府又在拉薩設置駐藏大臣，代表中央政府同達賴、班禪共同管理西藏。西藏回到了祖國大家庭的懷抱。從此，康熙花費了十餘年時間，終於在西北建立了一條長達萬里的“防護林”，一條無形的“萬里長城”，有效地完成了國家一統的使命，為中國的廣袤疆域奠定了良好的基礎。
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