上天似乎对康熙“独有情钟”，刚刚平定了三藩内乱，就来了俄罗斯侵边；刚解决完东北，西北又杀来了噶尔丹。真是杀完了狗，对付完了熊，紧接着狼又来了。内忧外患一件接着一件。
噶尔丹何许人也？据说他的出生也颇具传奇色彩，史书说噶尔丹“生而神异，有大志，好立奇功，父母欲立之为洪（珲）台吉”，但他日后却去西藏出家当喇嘛了。据蒙古文文献记载，1635年，西藏黄教赴准噶尔的首领温萨活佛，曾向巴图尔珲台吉的妻子玉姆夫人许诺，死后将在她的怀里转世。在温萨活佛圆寂后的第二年，玉姆夫人正巧生下了噶尔丹。这为噶尔丹的出生蒙上了一层神秘的色彩。在噶尔丹十三岁（一说九岁）时，他被认定为西藏温萨活佛的转世，于是被迎请到了西藏。他先是在扎什伦布寺拜四世班禅为师，尔后到拉萨在达赖喇嘛门下学经。由于他禀性聪颖，很得五世达赖的赏识。如果按照这条路走下去，噶尔丹一定会是一个德高望重的活佛。
然而，历史为噶尔丹准备了另外一条曲折的道路。1670年，在争夺准噶尔汗位的斗争中，噶尔丹的哥哥僧格（1653—1670在位）遭到异母兄弟车臣台吉和卓特巴巴图尔的杀害。消息传到西藏，达赖喇嘛立即准许噶尔丹还俗，支持他返回准噶尔掌权，以在卫拉特蒙古中扩大黄教。一年后，噶尔丹自西藏返回准噶尔，并率领僧格旧部与车臣台吉和卓特巴巴图尔联军，在阿尔泰山地区展开激战。车臣兵败被杀，卓特巴巴图尔携幼弟达哩及残部逃亡青海。噶尔丹虽然出身喇嘛，却极具军事才干。凡遇战事，他战略战术得当，指挥果断，无所畏惧，身先士卒，奋力拼杀；所以每战必胜，自己则“身不着一矢”，由此树立崇高威信。他还俗的目的，不仅仅是为僧格报仇，更在于缔造一个如成吉思汗时期那样的、不依附于任何政治势力的统一的蒙古帝国。因此，噶尔丹在掌握准噶尔的统治权后，便接受了臣僚提出的“近攻计”，对卫拉特诸部和邻近部族发动了一系列征服战争，不断壮大实力。通过一系列的西征，噶尔丹不仅拓疆千里，解除了来自汗国西部的军事威胁，而且在军事实力和物资供应等方面，为挥戈东进做了充足的准备。
为实现统一蒙古的事业，噶尔丹必须首先要同清朝争夺对喀尔喀蒙古的控制权。在这个过程中，噶尔丹运用外交手段寻找靠山。1673年，卫拉特的使者向俄国外交事务部递交了噶尔丹的两封信。在这些信件中，噶尔丹力图说明他对俄国的和好态度。之后，他又多次派遣使者跟俄国当局沟通，表现出利用清政府和俄国的矛盾来制约清廷的意图。而作为回应，俄国通过贸易的方式，给予了噶尔丹大量火器支援，这些火器在以后的战争中给清军带来了不小伤亡。不久，因沙俄入侵，中俄战争爆发。康熙皇帝经过反复权衡，在雅克萨之战取胜的情况下，于《尼布楚条约》中对俄国做了部分让步，以换取俄国不支持噶尔丹。
那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。噶尔丹的东进打败了漠北蒙古。十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝便派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
面对草原狼的进攻，康熙帝决定亲征噶尔丹，康熙二十九年（1690）七月六日，康熙帝分兵两路进发：左路由抚远大将军硕裕亲王福全率领，出古北口；右路由安北大将军硕恭亲王常宁率领，出喜峰口。康熙帝本人则亲自带兵在后面指挥，率领内大臣国舅佟国纲、佟国维，内大臣索额图、明珠等，组成强大的军事智囊团和后勤部队。
右路清军先接触噶尔丹军，结果打了败仗。噶尔丹长驱直入，一直打到离开北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。噶尔丹得意扬扬，还派使者向清军要求交出他们的仇人。祸不单行，这时康熙也由于水土不服，发起了高烧。无奈之下，他只有命福全全力反击，自己打道回宫了。
康熙二十九年（1690）八月初一，福全率领的清军抵达乌兰布通。两军隔河而望，噶尔丹在高处，福全在低处；噶尔丹在暗处，福全在明处。噶尔丹把自己的几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。他把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。结果，这些可怜的骆驼成了清军炮火的活靶子。清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，杀得噶尔丹找不到北。狡猾的噶尔丹一看形势不利，一面派喇嘛到清营求和，一面趁机带着残兵逃到漠北。福全战斗经验太少，为人心眼太实，中了噶尔丹的缓兵之计，这次战斗没能彻底消灭噶尔丹势力。
噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言，他们已经向沙俄政府借到了鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发。
1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵，发起侧面大进攻；大将军费杨古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期夹攻噶尔丹，来个包饺子。康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达。这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝康熙帝班师回北京。康熙帝不为所动，坚持到底，继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。
康熙帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照康熙帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把叛军引到预先埋伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起，就一跃上马，占据了山顶。叛军向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。费扬古又派出一支人马在山下袭击叛军辎重，前后夹击。叛军死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是死脑筋的噶尔丹继续顽抗。隔了一年，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁，已经被他的侄儿策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，最终服毒自杀。
康熙帝与噶尔丹的战争，打了八年，终于平息了蒙古草原上的骚乱，维护了中国版图的统一。打那以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。后来，噶尔丹的侄儿策妄阿那布坦攻占了西藏。1720年，康熙帝又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送达赖喇嘛六世进藏。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同达赖、班禅共同管理西藏。西藏回到了祖国大家庭的怀抱。从此，康熙花费了十余年时间，终于在西北建立了一条长达万里的“防护林”，一条无形的“万里长城”，有效地完成了国家一统的使命，为中国的广袤疆域奠定了良好的基础。
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