五月十二日，高陵淪陷，西安郊區形勢陡然嚴峻。此時漢族團練也開始了正式行動。據於西安西關金勝寺漢族團練首領梅錦堂等人決定對當地回亂武裝進行清洗：五月十五日，新莊回漢打仗。十六日，東留村回亂武裝被鄉團殺盡，東北一帶煙氣沖天，浦橋河一帶及米家崖、新莊、水窯、閻家市各處，俱被團練攻破，城西“西鋪上，皂河上、老鴉寨、曹呂村、北石橋、八家灘、河灣、裡葉家二三十處回民武裝據點被梅五（梅錦堂）石倉團練攻破。津河以西回民武裝被柏景偉、梁翼之鄉團剿滅，及。 二十六日，梅五乘虛往沙河破回巢小勝”二十九日，白店民眾被團練殺盡，又聞柏景偉、梁翼之帶團將戶縣、周至回民盡殺無遺，五月十九日，涇陽知縣莫元賡懼城內回民將作塔底回民內應，指使武生靳殿魁率城鄉團練即將城內回民搜殺無遺，而塔底下回民接應來遲，官民固守，該逆恨恨而去，從此積忿在心，戶縣回民僅城西灰渠一村，團練為除內患”,先發殲之”這種不加區分的清洗必然遭到激烈反抗，待東府已成氣候的回民軍撲至西安時，梅錦堂及他所率領團練全部戰死。
清欽差大臣勝保給皇帝的奏摺裡也直言不諱地說：查陝省紳士梅錦堂、馮元佐等，率領團練為數逾萬時王閣村等處雖有回巢，而西安各屬回村甚多，尚無蠢動。詛料梅錦堂乘間糾合漢團二千餘人，先將長安境內各回村肆行焚殺，復到戶縣之輝（灰）渠堡回村圍攻燒殺，回村數百家立成灰燼，慘不可言。其餘未經起事地方，妄殺無辜回民或數十人，或數百人不等，並將其廬舍一律焚燬。該回老弱被殺，精壯悉歸渭北，結為死黨前來報復抗拒官兵，徑撲省城。爾後西安外地鄉土團練大規模潰敗，西安西北擁有萬餘人口的六村堡一役尤為慘烈。
六村堡在西安西北的漢長安城遺址內，依漢代城牆西北角築堡，故堡牆高大深厚，回民戰爭開始時，四周村民逃入其中避難。此堡中有數挺抬槍（以數人抬起的火器）以及其它火器，回軍圍此堡，久攻不下，於是試圖挖開地道突破堡子。 幸而地道口為村民及時發現，於是將計就計，地道口設置鍘刀一柄，如有人從地道口冒出，立刻鍘為兩段。未免有內奸為內應，此堡實施只許進不許出的政策，嚴密防範。然而圍城日久，堡中糧食及火藥將竭，遂派人入西安城求援。清軍得信，派兵護送火藥等物支援，然而卻在道中為回軍所敗，火藥為回軍所劫。得到火藥後，回軍炸開堡牆，大舉攻入。見大勢已去，堡內老弱婦孺赴井而死，精壯者除少數逃離之外，萬餘人皆為回民武裝所殺。自此，西安郊區遂為回民軍所控制，漢族武裝勢力只能以村堡、縣州城為據點據守。而省城西安被嚴密封鎖，郵政不通，糧食不濟，柴炭油鹽日漸短缺。其地方也異常糟糕，涇陽縣城在回民軍的臨時圍困下，完全與外界隔絕，郵遞不通，外援斷絕，城內糧食缺乏，先宰殺牛馬犬羊充飢，牛馬犬羊食盡，又以皮屑、槐豆、藥物、牛馬皮等煮熟療飢。
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