明末三案（“梃擊案"“紅丸案"和“移宮案“）的本質，並不是是非之爭，而是派系鬥爭。朝野上下，宮廷內外，無不牽涉其中。無休止的權力鬥爭，取代了財稅、軍事這些帝國命脈，成為統治階級最為用心的事情。圍繞著三案的鬥爭耗盡了明朝統治階級的精力，成為壓倒大明王朝這頭駱駝的最後幾根稻草之一。而在鬥爭背後，是朝為了強化君主專制而採取的一系列制度安排。
明朝晚期的宮廷中，暗流湧動。萬曆皇帝不喜歡皇長子朱常洛，而想立次子朱常洵為太子，這在當時已經是眾所周知的事情。因為朱常洛是萬曆偶然臨幸一名宮女後生下的，而朱常洵的母親，是萬曆最寵幸的鄭妃。但是在儒家文化中，關於誰能做太子、誰能繼承皇位都是有一套明確規則的：正妻所生的孩子優先於其他妻子的孩子，這就是“立嫡”，如果正妻沒有孩子，那年齡越大的就越有資格，這就是“立長"。萬曆的皇后沒有孩子，作為長子的朱常洛理應繼承皇位，而現在，皇上作為儒家禮教的最高代言人居然帶頭違反禮法，這成何體統。為此，大臣們分成了三派：其中佔大多數的是正統派，他們從維護禮法的立場出發，紛紛上書要求儘早冊立皇長子朱常洛為太子；與此同時，也有一些投機分子，他們有意迎合皇帝和鄭妃，並希望藉此一步登天。除了這兩派，還有一個騎牆派，他們人數不多，但大都位高權重，因此並不輕易站隊，而是隨著形勢變化見機行事，保持著微妙的平衡。
萬曆皇帝在他親自掌權之後，對於正統派的要求，萬曆當然不肯答應，但也無法直接拒絕，好幾年過去，也沒有找到能夠服眾的理由去廢長立愛。眼看著皇長子已經被拖成大齡男青年，萬曆無可奈何，勉強將朱常洛封為太子。然而，立儲的鬥爭非但沒有平息，反而更加白熱化了。鄭妃和她的黨羽越發賣力地想要扳倒太子，而正統派群臣們對鄭妃等人的牴觸也越發強烈。山雨欲來風滿樓，三場大戲的帷幕就這樣拉開了。
首先發生的，是“梃擊案”。萬曆四十三年，一個手持大棒的漢子趁著夜色闖進太子居住的慈慶宮，見人就打，在打傷了一個守門太監後被眾人抓獲。此案的核心爭議點是：到底是鄭妃授意刺殺，還是太子自導自演？是誰有這麼大的膽子，敢於行刺當朝儲君呢？從直覺上，行兇者背後最有可能是鄭妃在指使，這裡面的利害關係不用明說，大家都懂。但是仔細一想，會不會是太子朱常洛自己導演的一出苦肉計呢？一場失敗的刺殺，對自己毫髮無損，而鄭妃就跳進黃河也洗不清了。在沒有獨立司法系統的明代，案情的審理變成了各方勢力的角力，每一方都能從罪犯嘴裡撬出自己想要的東西，事實因此而顯得撲朔迷離。
幾個刑部官員經過審理得出的結論是，犯人是個瘋子，在老家受了委屈，來京城是為了上訪伸冤的，闖進慈慶宮只是一個意外。犯人老家地方官的彙報，也與他們的審理結果吻合。但在正統派群臣看來，這不過是鄭妃等人為了掩蓋自己的罪行而編的故事而已。一個名叫王之菜的刑部主事偷偷審訊了犯人，得出的結論與前者大相徑庭：此人不瘋也不傻，而是被鄭妃手下的太監收買，刺殺太子也是受他們的唆使。消息傳出去，輿論大譁。刑部只好重新組織會審，得到的諸多線索，果然都指向鄭妃。不過鄭妃畢竟是萬曆皇帝的寵妃，她又是向萬曆哭訴，又是向太子求情，在求得諒解之後居然毫髮無損地過關了。二十五年沒有上朝的萬曆，帶著太子面見了群臣，告訴他們此事到此為止，不要繼續深究了。於是，在處決了一些小角色之後，轟動一時的梃擊案暫告結束。
梃擊案之後，就是紅丸案。紅丸案鬥爭的核心在於：是醫療事故，還是蓄意謀殺？這次，朱常洛沒有了上一案中的好運氣。萬曆皇帝去世之後，朱常洛順利登基，但皇帝的寶座還沒坐滿一個月，他就不爭氣地病倒了。不過蹊蹺的不是他的病，而是得病之後的治療。先是太監崔文升給他開了瀉藥排毒，導致他腹瀉不止。接下來，官員李可灼又獻上了兩顆成分不明的紅丸，說是“仙方"。這兩顆紅丸下肚之後，朱常洛竟猝然離世。
朱常洛早年沉迷酒色，身體很差，當時醫療水平又有限，即使貴為皇帝，也經常依賴各種偏方來治病。明朝許多皇帝都長期服用所謂的仙丹，本來是想延年益壽，結果往往適得其反，所以朱常洛的猝死，並非一定是陰謀所致。但在朝廷中拉幫結派、互相鬥爭的大背景下，任何事情都會受到不同的解讀。在立儲問題上就形成的兩派，從來都沒有停下互相攻擊，這下更是大有文章可做了。首輔方從哲受到群臣的責，因為李可灼這個人就是他推薦給皇上的。鄭妃也逃不掉眾人的聲討，方從哲正是依附於她才做上的首輔，太監崔文升也曾經服侍過她。在巨大的壓力下，方從哲不得不宣告退休，遠離政壇，直到其他閣老出來說情，才勉強壓住反對的聲浪。紅丸一案到此也算是告一段落了。
紅丸一案尚未了結，又出了移宮案，本案的主題是：搶奪皇帝，忠奸難辨。按照明朝宮廷慣例，乾清宮是皇帝專有的住，只有皇后才有資格與皇帝在此同住。朱常洛的原配正妻早已去世，因此在他重病期間，他的一個側室李選侍就跟著住進了乾清宮。但在朱常洛去世之後，這個李選侍卻賴在乾清宮裡不走了。她挾持了朱常洛的長子，也就是後來的天啟皇帝朱由校，與群臣討價還價，想給自己謀個太后的位子。而正統派大臣們堅持認為這不合禮法，拒絕讓步。雙方在乾清宮中對峙，甚至拉扯朱由校。直到朱由校登基的前一天，李選侍才心不甘情不願地搬出了乾清宮。
移宮一案的案情並不複雜，但卻有一個深遠的後果。在忠奸難辨的環境中，昏聵懦弱的朱由校本能地認為，誰給自己找麻煩，誰就是奸臣，誰給自己排憂解難，誰就是忠臣，於是一個名叫魏忠賢的太監獲取了他的信任，並得以一飛沖天。在移宮案中，魏忠賢站在李選侍一邊，為她出謀劃策，與群臣結下了樑子。在那之後，他更是成為了朱由校打擊東林黨人的武器。
所謂東林黨，指的是一群出身江南的文官，因為其成員主要在東林書院講學、談論國事而得名。他們以儒家禮法為宗，是正統派大臣的中堅力量，在三案的鬥爭中出過很多力，也取得了相當大的戰果。然而，這些勝利卻只是暫時的，東林黨的坐大讓新上臺的天啟皇帝陷入了不安。他雖然是由大臣們擁立的，但繼位之後，就像其他皇帝一樣，他對文官集團總是以禮法約束自己感到極為不滿。而魏忠賢作為一個太監，可以不受任何禮法的約束，打擊教訓那些不聽話的大臣，為他換來一片清淨，這是天啟皇帝的小心思。而對於魏忠賢來說，打擊東林黨人，既是為皇帝分憂，也是一個剷除異己的好機會。
魏忠賢和他的黨羽們進攻東林黨的由頭，正是給三案翻案。之前失勢的各個派系紛紛開始要求重審三案。在魏忠賢的主持下，三案的結論全都來了個180度的大轉彎：梃擊案中，最先將矛頭指向鄭妃的刑部主事王之菜，反而被認定為幕後主謀，被投入監獄，受迫害而死，那些附和過他的人也紛紛受到論處；紅丸案中，東林黨的重要人物，如鄒元標、高攀龍、李三才等人，都受到牽連；移宮案的罪魁，也被指為是東林黨的楊漣和左光斗等人。通過給三案翻案，魏忠賢將東林黨和文官集團中許多正直的大臣或是下獄，或是殺害，在朝野上下掀起陣陣腥風血雨。
然而，天啟皇帝朱由校沒活幾年便撒手人寰，他的弟弟朱由檢繼位，成為明朝的末代皇帝崇禎三案也因此又翻了回去。這次翻案的本質，一言以蔽之，那就是崇禎皇帝要處置魏忠賢。在魏忠賢迫害東林黨的過程中，東林黨也試圖進行反擊，對魏忠賢的胡作非為多有彈劾，然而在天啟皇帝的庇護下，魏忠賢不但沒有被扳倒，反而越發強勢，達到了一人之下萬人之上的地位。但隨著新皇帝的繼位，大權在握的魏忠賢對於崇禎來說，就是一個尾大不掉的禍患了。崇禎在才學和智勇上都比他哥哥強出許多，對於魏忠賢狐假虎威、打擊異己的所作所為，他當然心知肚明。他也知道朝中有許多人對魏忠賢恨之入骨。他登基之後，彈劾魏忠賢的奏摺果然如雪片般飛來。崇禎藉著朝中大臣的呼聲，火速查辦了魏忠賢及其黨羽，結論也跟著翻了過來，冤死的大臣得到了平反和撫卹，被流放的人也被召回，官復原職。有了崇禎的支持，第二次翻案自然水到渠成。
不過，你可不要以為三案的反覆到這裡就結束了，事實上，只要各個派系的鬥爭還在繼續，三案就免不了被拿來當成攻擊對手的工具。直到北京淪陷後，在明朝殘餘勢力組建的南明小朝廷裡，因為三案而起的爭執依然沒有停歇，甚至引發內訌，讓不同派系之間兵戎相見。三案的影響數十年，直到南明朝廷覆滅，才算真的畫上了句號。持續如此之久的明末三案影響也是深遠而致命的，因為它們的本質並不是是非之爭，而是派系鬥爭，朝野上下，宮廷內外，無不牽涉其中。無休止的權力鬥爭，取代了財稅、軍事這些帝國命脈，成為統治階級最為用心的事情。這些派系鬥爭所帶來的結果是多方面的。對於皇帝來說，一個很好的效果就是，它保證了皇位的穩定。明朝二百七十多年曆史中，既出現過嚴嵩這樣強勢的首輔，也出現過魏忠賢這樣權傾朝野的宦官，但有意思的是，無論他們有多麼煊赫，勢力有多麼龐大，都無法對皇帝形成真正的威脅，因為在他們之外，還有各種盤根錯節的勢力來制衡他們。無論你是正統派、投機派，無論是后妃還是太監，朝堂之上，宮廷之內，所有人都處於鬥爭中，從而形成了一種動態平衡。皇帝可以根據自己的心意，拉一派打一派，不讓其中任何一支強大到威脅自己的程度。類似三案這樣糾纏不清的宮廷大案，就成了派系鬥爭最好的抓手。
只不過，這些鬥爭耗散了統治階層的大量精力，嚴重影響了行政系統的效率，讓國家機器在面對內憂外患之時脆弱不堪。明朝原始的分權制衡有著巨大的缺陷，內閣、言官、太監等等系統之間的制衡過於繁複，以至於變成了無休止的扯皮。更重要的是，皇帝的意志才是這個權力天平上最大的砝碼，他倒向哪一邊，哪一邊就會佔據絕對的優勢。在各派勢力你方唱罷我登場的鬥爭中，所有人考慮的都是怎樣合縱連橫、攫取權力，如何提高行政效率、實現國家社會的良好治理就成了非常次要的問題了。明朝末年，農民起義此起彼伏，東北女真人的叛亂越演越烈，朝廷上下卻像是把頭埋進沙子裡的鴕鳥，放著這些軍國大事不去處理，一心投身於宮廷鬥爭。好不容易出現了孫傳庭、袁崇煥這樣的能臣名將，卻又受到各種猜忌和排擠而無法施展才能。明朝的最終滅亡，就成了一個時間問題了。
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