距離《反貪風暴》第一步部的上映已經過去四年了，導演林德祿將貪汙界的細枝末節幾乎全部都灌輸在了“反貪系列三部曲”中。這一次的《反貪風暴3》依然香港天王古天樂主演，並且著名香港歌手鄧麗欣也參演了。
《反貪風暴3》與前兩部有了一個新的較大的跨越，那就是把視覺移到了大陸。
影片主要圍繞著大陸的一個位高權重的區長將貪汙的100億元人民幣交給他的情婦招美欣到香港洗錢的全過程展開，起先招美欣拿著1000萬現金找到了一個洗錢團隊，這個洗錢團隊的老大是徐有才，但是在交易快完成的時候卻被一個神秘人物破壞了。
原來這個神秘人叫王海禾，是剛從國外回來的心狠手辣的洗錢團隊的主腦。在中斷招美欣和徐有才的洗錢後將徐有才及其他的一個手下殺死，轉而跟招美欣談合作，因為他知道招美欣有100億元的貪汙款要洗白。
於是他對招美欣承諾，他能在三天之內將100億元洗白，並且只收取她15%的手續費，比徐有才的20%的洗錢手續費要低，並且招美欣急著將這筆數額巨大的貪汙款項洗白，只好跟王海禾合作。
另一邊，王海禾的手下游子新為了不讓廉政署的署長陸志廉妨礙他們洗錢，於是設法將1200萬打進他的個人賬戶，陸志廉被懷疑貪汙受賄，無奈被迫辭職。
在被懷疑貪汙後，被聯合財富情報組的組長程德明多次逼問，並且險些被他逮捕，幸好在身為警察的好友劉保強出手相救才得以倖免。
因為王海禾承諾過將在三天之內將100億元洗白，所以招美欣打算讓他的情夫過來香港與他見面，因為涉及的金額巨大，他們雙方都不想有任何閃失。於是雙方約好在一條大船上見面。
陸志廉知道自己是被人故意陷害的，所以悄悄的跟到了船上，並且利用竊聽設備竊聽到了招美欣及其情夫和王海禾的洗錢交易，並錄了下來作為證據，而且還在竊聽中得知是遊子新將1200萬打進了他的賬戶陷害了他，這段證據足以讓他的名聲恢復。
不料，陸志廉竊聽一事被發現，王海禾的手下開始在船上找他，並在監控中找到了他的位置。無奈寡不敵眾，最終被他們抓住，關進了船艙地下。
幸好他早就已經將錄下來的音藏起來了，並將位置發給了他的手下。王海禾為了逼他交出錄音，折磨的他半死不活。
王海禾將他留在船上關著，就帶領手下和招美欣一同回到陸上，開始洗錢。他們不愧是專業的洗錢團隊，手法非常高超。開空殼公司炒股票、拍賣文物珠寶等手法運用自如，而且拍賣地點遍佈在全世界，手下的遊子新又有過人的電腦技術，而且還是一家大銀行的高管。
僅僅兩個小時，100億現金就成功被洗白了，也就是說王海禾在短短的兩個小時之內就賺了15億，其間的暴力可想而知。
但是也就是這個時候，劉保強已經帶著警員正在往他們洗錢的地點趕來。
早在與招美欣的情夫在船上會面時，王海禾就因為遊子新講錯話而對他不滿了，所以打算在這次洗錢結束後就將他殺掉。而遊子新也看出了他的陰謀，所以偷偷將那15億的手續費轉到了自己的賬戶內。在洗錢結束後，遊子新借上廁所離開了大廳，而王海禾這時就派自己的另一個手下去殺他。
沒想到遊子新早有準備，不僅沒有被殺反而將對手殺死在廁所裡，然後逃走駕著船出海了。王海禾這時發現15億元已經被遊子新轉走，剛好這時劉保強們到了，王海禾值得想法離開。
卻在樓下大街上雙方相碰，於是展開了一場槍戰。最終招美欣和王海禾被抓獲。遊子新也在出海的過程中被抓了。
在大陸那邊，招美欣的情夫知道事情敗露了，正當他準備出國的時候，在邊境被中國公安捉獲，正所謂法網恢恢疏而不漏啊。
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