一凡養生S
根據漫畫第1008話的信息，可以視為原作者青山剛昌親自確定了，黑衣組織的幕後首腦是烏丸蓮耶。漫畫1011話，安室透對灰原哀母親宮野艾琳娜的回憶中，也揭示了當初宮野夫婦是接受了烏丸集團的邀請加入研究。所以，黑衣組織的BOSS也就是烏丸蓮耶。
不過按照漫畫中的時間線索，此時的烏丸蓮耶倘若仍在世，已經年近150歲。在漫畫380——382話中，貝爾摩德在威脅板倉卓時，提到“We can be both of God and the devil.Since we're trying to raise the dead against the stream of time.”（我們既是上帝也是惡魔。因為我們要逆轉時間的洪流，讓死人復生）。結合灰原哀根據父母遺留的資料所開發出的APTX4869來看，有出現使人體除了神經系統以外的骨骼、肌肉、內臟、毛髮的全部細胞都退化到了幼兒時期的情況。因此，目前暫時無法斷定組織成員口中發號施令的“那位先生”是烏丸蓮耶本人還是其他人員接替掌管組織，答案還有待青山在後續揭曉。
文：CC君
橙心社
官方就說明了，黑衣組織的幕後首腦是稱為“那位先生”的人物，當然“那位先生”畢竟是個代號，真實身份甚至長相卻是未知的……不過最近的劇透裡，“那位先生”的真實身份被認定是個叫做烏丸蓮耶的人，可問題是烏丸蓮耶劇透是出生於1852年，在1951年就死了，所以因為這樣，確認他就是黑衣組織的真正首腦，依然是個謎底……但當然，烏丸蓮耶是否就是黑衣組織首腦“那位先生”真面目，又有幾乎符合的猜疑條件。
還有就是黑衣組織研究藥物，（也就是工藤新一被黑衣組織的琴酒灌下的那種），據說和他有關。
海王星60
BOSS應該是琴酒旁邊的伏特加。伏特加，也許是一直扮成一個服從，服服帖帖的跟在琴酒的身邊，顯得不是很突出，顯得很平庸，是個簡簡單單的角色。但這是可以偽裝的，BOSS不可能是個簡單的人，偽裝成一個平庸的人，跟在琴酒旁邊，順便也不讓琴酒知道，這也是有可能的事情。
小丸子影音圖集
叫什麼烏鴉丸的，之前有幾集專門講邀請幾大名偵探來共同破案，而演變殺人，目的就是想找到房子主人的財寶，他也是黑衣人組織首領。
陳之煜
應該是毛利小五郎。黑暗組織的都用酒代名。而且毛利最愛的就是酒。毛利當過警察，而且過肩摔也是槓槓的。說明毛利並不是啥也不會，只不過是一直配合著柯南。
要啥自行車kk
青山剛昌
凌風266893506
第一代大boss是烏丸蓮耶，第二代大boss我大膽推測是怪盜基德的父親 黑羽盜一
PatrickWangCD
沒看過，不知道
