【案件概述】
A公司以競買方式，依法獲得一個合法的煤礦探礦權，經過勘查工作，已查明資源儲量432.5萬噸。2011年，因B鐵路需要從A公司的探礦權位置經過，對A公司的煤炭探礦權形成壓覆，雙方於2011年3月簽訂了一份《協議書》，同意壓覆和補償。之後雙方委託具有資質的第三方進行評估，形成《礦權評估報告》以及評估性質的文件等，雙方又多次協商補償金額。雙方曾於2015年就協商過程形成了一份《備忘錄》，但並未就此備忘錄的內容簽訂正式補償協議。
此後，A公司起訴至法院要求B鐵路進行賠償。
【爭議焦點】
1、壓覆資源所涉礦業權價值應如何補償。
B鐵路主張按照現有的國家政策即“國土資發【2010】137號文”，針對直接損失進行補償。A公司主張，應當根據《物權法》規定進行補償。其理由是，B鐵路侵犯了A公司的用益物權，應當按照《物權法》以及《侵權責任法》的相關規定進行補償。
2、關於補償標準應如何確定。
A公司通過競拍有償取得該煤礦探礦權，並已通過勘查工作查明瞭相應的資源儲量。雙方在協商賠償金額的過程中，已委託評估機構出具了評估報告。
在雙方簽訂的《備忘錄》中，明確記載了雙方協商的內容，補償範圍包括被壓覆資源礦業權價值、煤礦後期開採的影響損失，同時考慮因遲延補償所產生的資金損失等。《備忘錄》雖未加蓋公章，但有各方代表的簽名，其真實性各方並無異議。且符合雙方長期就礦業權補償問題磋商的意思。故《備忘錄》雖然不是嚴格意義上的補償協議，但其中雙方就補償達成一致的內容，法院予以確認。
【審理結果】
經法院審理，最終判決：
B鐵路依據評估報告以及《備忘錄》確定的範圍，賠償A公司礦權壓覆損失3000餘萬元。
【案例分析】
首先，在本案例中，由於B鐵路的建設，對A公司持有的煤炭探礦權的部分區域形成了壓覆，因此，B鐵路應當對A公司進行賠償，這一點雙方都是認同的。
其次，如何賠償以及賠償的金額，是雙方的重大分歧。在法院審理中明確認為，探礦權和採礦權均實行有償取得制度，均屬於用益物權。依法取得的探礦權受法律保護。對於探礦權這種用益物權的損害賠償責任，應基於該種用益物權的財產價值來確定，而不能簡單地等同於權利人對該種用益物權的實際投入，侵害探礦權應補償或賠償其相應的財產價值。國土資發【2010】137號文，不能直接作為處理民事主體之間民事權益糾紛的依據。
對於雙方為解決補償問題，在協商過程中籤訂的《協議書》以及《備忘錄》，基於誠信原則，應當得到尊重。因此，法院對《備忘錄》記載的補償內容予以確認，並最終按照備忘錄載明的補償金額作出了判決。
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