1969年的越南，战争还没有结束。特种兵威尔德上尉已经回到了美国，然而因为职业病，对日复一日的平民生活感到很不适应，妻子也和她离了婚。他再次来到了云南西贡，每天借酒消愁。将军交给他一项绝密任务，要秘密潜入柬埔寨杀死那个叛逃的美国军官库尔兹上校。库尔兹原本是一名很出色的美国军官，为国家打下了很多江山，结果在要当上将军的时候逃向柬埔寨，在那里建立了一支部队。美国军方觉得他不再配做军人，决定铲除这个“祸害”。
接下了任务的威尔德选了几个人，计划坐一艘巡逻艇沿湄公河逆流而上，在船上除了威尔德以及他带的那四个人，有外号叫酋长的飞利浦船长，对开船很是在行。而剩下的三个人都是新兵，17岁的黑人少年克林、来自新奥尔良的胆小厨子和著名的冲浪高手兰斯。
很快他们四人和空中骑兵汇合，然而指挥官基尔戈并不关心他们的任务进展，只管指挥队伍进行扫荡渔村的活动，杀人又救人，还拍起宣传片自娱自乐。威尔德有些耐不住性子，再次向基尔戈请求将他们送到湄公河入口。基尔戈本来正要推辞，却听说入河口很合适冲浪，对他来说除了战争剩下的爱好就是冲浪，没多久就指挥直升机编队进攻河口据点。让基尔戈没想到的是风浪太小不能冲浪，威尔德带上他的一伙人偷偷离开，躲到丛林里。
他们离柬埔寨的距离越来越近了，开着小艇在河道上偶然发现了一艘越南渔船，酋长要例行盘查，厨子一上渔船就开始摔东西，忽然一个越南女人扑上去抢什么，吓得克林一顿机关枪狂扫，差点也把大厨一起打死。冷静下来后的他们才发现女人原来是在保护一条小狗。酋长发现受伤的女人还有一口气，很内疚，想要把她送回越南友军基地，在一旁的威尔德却残忍地补了她一枪。
随后他们开小艇来到了湄公河最后的据点都朗桥，这时威尔德收到了新情报，原来在他之前派去执行同样任务的特种兵，已投靠库尔兹。威尔德一行人在战壕中摸爬滚打，这里的很多士兵互相打来打去，炮弹就像烟花一样在空中乱飞，泥泞里有很多人，不知是死是活，残忍的画面和人间地狱根本没什么分别。第二天，他们离柬埔寨的距离就差开船往上游了，结果毫无征兆的岸边发生袭击，他们急忙逃脱，但克林还是中枪身亡。
他们的小艇来到了一个迷雾里，完全找不到方向。好在遇到了友军，休息整顿一夜后的威尔德一行人再次上路，他们看见岸边插满了奇怪图腾，堆着很多死人。忽然下了一场箭雨，酋长顾不上船舵拿枪扫射了起来，失去控制的小艇靠近河岸，土著人的标枪把酋长射得奄奄一息，临时的酋长心有不甘，想要拉着威尔德一起同归于尽。
威尔德隐约知道了不远处的地方就是库尔兹的领地，感到莫名恐惧的他把所有资料销毁。他遇见了一个神经兮兮的美国战地记者，告诉他关于库尔兹的事情，原来这里的所有人都把库尔兹视为神明，而仰慕库尔兹的信徒里头就有他的前特种兵。他环视这个神奇又恐怖的地方，身上流了一阵冷汗。厨子被安排留在穿上守着无线电，威尔德告诉他如果超过22小时没有回来，立刻发出空袭的请求把这个地方炸毁，随后就带上了兰斯去找库尔兹的下落。
库尔兹像是知道早晚有一天自己会死在美国军方派来的特种兵手下，面对来杀自己的威尔德没有痛下杀手，而是将他关进牢笼里面。留在船上的厨子已经按捺不住就呼叫了空军基地，谁知库尔兹亲自动手砍下厨子的头，丢进威尔德怀里。第二天他把威尔德从笼里拉了出来，还念《时代周刊》给威尔德听。原本勇猛的威尔德此刻精神奔溃，虚弱又恍惚。库尔兹一直念叨着“恐惧啊，恐惧”像是在暗示威尔德杀他好完成任务，并要求威尔德将看到的一切都传播出去。
影片的最后，信徒们在广场上举办一场异常疯狂的宗教仪式，正在砍杀火牛。同时威尔德偷偷潜入库尔兹身边，也是以砍牛的方式杀死了并没有反抗的库尔兹。信徒们看见了走出神庙的威尔德，全都跪拜在地上准备接受新神的统治。威尔德对这个野蛮文明的地方只感到厌恶，扔掉手中的刀，信徒们也随之丢掉自己的武器。然后威尔德拉着已经快疯了的兰斯登上小艇离开了柬埔寨。
可以说，现代启示录这部和其他传统战争主题完全不一样，在影片里展现的这个战争中也许并不存在什么大义的。陷入无休止的战争中他们似乎看不到未来，正常的判断也随着战争的状态进入了混乱，他们是绝望无助的一体，在战争带来鲜血和死亡的刺激下，理性将会不存在，而剩下的就只有单纯而简单的本能——求生欲，以及猎食的欲望，进而一步就是嗜杀的本能，好好的一个人就是这样一步步地陷入疯狂中。
整个影片从头到尾几乎都在不断展现出那种疯狂混乱的状态。人性永远是复杂的，平常大多数人根本就不了解自己，而战争恰恰就是将人性的复杂发挥到了极端化。记得影片中有句话是这样的：“恐惧，如果你不与它为友，你就只能与它为敌。是的，与它为友，你将疯狂;与它为敌，你将死亡。”看到这里不禁思考，到底是人性的复杂导致了战争，还是战争激发了人性的复杂
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