《山海經》無論是作為一本地理學專著還是一本文化類的書籍，經過數千年的流傳，時而被拿來參考一番，時而被當做雜書而丟棄在一旁，命運還真是波折。即便是到了如今，它被當作一本名著來拼讀，但許多人仍然是將它作為神話志怪類的書來看待的，根本不相信有那些物種存在，也不相信有那些地理位置存在。只能說，是我們還沒有研究透它而已，其中的一些奧秘已經是逐漸顯露出倪端了。
而對於這本書，也存在很多的謎團存在，人們也依舊在不斷在探索，希望能儘早的破解來它，解除我們心中的疑惑。
首先，拿起這本書，我們也許就會有一個疑惑，那就是這本書是誰寫，為何能知道這麼多的物種和這麼廣闊的區域？而在如今最早的版本中，是西漢劉向等人校正的，他們也說了《山海經》的由來，那就是大禹將天下劃分九州，又根據土地的等級劃分不同的稅務，而伯益等人則是把天下萬物根據善惡分類，這才有了《山海經》，也就是說這本書的作者是大禹和伯益他們。但如今的大部分學者認為，這本書應該是春秋時期著成的，而作者也是一大群人，而不是一個人，但具體的情況就不瞭解了。
第二個謎團就是書中的內容了，究竟書中的各種稀奇古怪的野獸是否真的存在。因為書中的大多數物種都過於離奇，完全屬於神獸了，讓人完全不相信會在現實生活裡能存在。但事無絕對，經過這些年的探究，發現真有一些《山海經》裡的物種在現實生活中找到了。比如說犰狳，書裡記載它外表長的像兔子，嘴巴像鳥一樣，尾巴像蛇，這種生物就生活在如今的中美和南美地區，是一種生活在熱帶喜歡挖洞的動物。還有鹿蜀，書籍記載它整體是馬的形狀，身上還有像老虎一樣的花紋，叫起來聲音就像唱歌一樣。它也就是曾經存在於非洲的斑驢，但是它已經被人類獵殺得滅絕了。這是不是代表這些物種真的曾經全部存在過。
還有一個謎團就是關於崑崙山的，記載裡它位於“西海之南，流沙之濱，赤水之後，黑水之前，有大山，名曰崑崙之丘”，但是這個崑崙山並不是我們現在眾所周知的崑崙山，所以它到底位於哪裡，引起了大家的猜測。
當然，除了這些，還有許多其他的疑問，都沒有得到解答，不知道是神話的傳說還是地殼變遷的後果等等，需要我們慢慢去探索。
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