朱元璋時期配享太廟共有十二人，分別是六位死後追封的異姓王、六位公侯。中山王徐達、開平王常遇春、岐陽王李文忠、寧河王鄧愈、東甌王湯和、黔寧王沐英；虢國公俞通海、蔡國公張德勝、越國公胡大海、梁國公趙德勝、泗國公耿再成、永義侯桑世傑。
朱元璋
朱棣時期，對自己的岳父、中山王徐達特增一份殊榮，允許每年的春節正旦、清明、中元、冬至等節日，由太常寺的官員前往徐氏的家廟當中獻祭。
朱棣
明仁宗朱高熾即位後，將河間王張玉、東平王硃能、寧國公王真、榮國公姚廣孝等四人的神主供入太廟，配享太宗朱棣，並由四人的兒子各自祭祀他們的父親。四人都是朱棣潛邸時期的人員，對朱棣稱帝有擁立之功。
朱高熾
明世宗朱厚熜（嘉靖）是興獻王朱佑杬之子，明武宗朱厚照的堂弟，他是以藩王的身份繼承皇位的，就極力要讓自己顯得正統，所以要在祀典上做一些改動，藉機夾帶私貨（追封自己老子興獻王朱佑杬為興獻帝，後又加封為獻皇帝，到最後為“睿宗知天守道洪德淵仁寬穆純聖恭簡敬文獻皇帝”並配享太廟）。
朱厚熜
話說：正德十六年（1521年）4月20日，明武宗駕崩。明武宗沒有子嗣，在其彌留之際，首輔楊廷和預料到之後的繼承人問題，他援引《皇明祖訓》中“兄終弟及”的原則，在武宗逝世前五天以皇帝的名義頒佈敕令，令朱厚熜縮短為其父服喪時間，並承襲興王爵位。武宗駕崩後的當天，楊廷和讓司禮監請太后懿旨，正式宣佈朱厚熜為皇帝繼承人。4月22日，由司禮監、皇室和朝廷代表組成的使團前往安陸，迎接興王朱厚熜到京登基，可當朱厚熜及使團到達京城外的良鄉時，雙方發生了第一輪衝突。根據楊廷和的安排，要禮部用太子的禮儀迎接朱厚熜，即由東華門入，居文華殿。但朱厚熜認為“遺詔以我嗣皇帝位，非皇子也。”雙方互不妥協，最後由皇太后令群臣上箋勸進，朱厚熜在郊外受箋，從大明門入，隨即在奉天殿即位。
即位不久後，嘉靖帝與楊廷和、毛澄為首的武宗舊臣們之間關於以誰為嘉靖帝皇考（即宗法意義上的父親），以及嘉靖帝生父尊號的皇統問題發生了長達三年半的大禮議之爭。嘉靖帝不顧朝臣反對，追尊生父為興獻帝后又加封為獻皇帝、生母為興國皇太后，改稱孝宗敬皇帝曰“皇伯考”。
嘉靖九年，明世宗朱厚熜從太廟移去姚廣孝，添加了誠意伯劉基和武定侯郭英，並對一些功臣的位置也做了調整。
之所以移去姚廣孝，嘉靖認為姚廣孝輔佐太宗朱棣有功，但在他生前，朱棣已經給了他顯貴的身份，給了他許多賞賜，這些已經足夠了。作為一名出家的僧人，把他和各位功臣並列在太廟當中，“恐不足尊敬祖宗。”作為補償，把姚廣孝的神主移到大興隆寺，由太常寺的官員春秋獻祭。
移去一個姚廣孝之後，又先後添加了誠意伯劉基和武定侯郭英，並對一些功臣的位置也做了調整。在這些變動的同時，嘉靖十七年（1538年）九月，明世宗朱厚熜追尊自己生父興獻帝朱佑杬為“睿宗知天守道洪德淵仁寬穆純聖恭簡敬文獻皇帝”，並將興獻帝朱佑杬的牌位升袝太廟，排序在武宗之上，這其實才是他最想做的。
此後，一直到明亡，太廟中的功臣再沒有什麼改變。
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