朱元璋时期配享太庙共有十二人，分别是六位死后追封的异姓王、六位公侯。中山王徐达、开平王常遇春、岐阳王李文忠、宁河王邓愈、东瓯王汤和、黔宁王沐英；虢国公俞通海、蔡国公张德胜、越国公胡大海、梁国公赵德胜、泗国公耿再成、永义侯桑世杰。
朱元璋
朱棣时期，对自己的岳父、中山王徐达特增一份殊荣，允许每年的春节正旦、清明、中元、冬至等节日，由太常寺的官员前往徐氏的家庙当中献祭。
朱棣
明仁宗朱高炽即位后，将河间王张玉、东平王硃能、宁国公王真、荣国公姚广孝等四人的神主供入太庙，配享太宗朱棣，并由四人的儿子各自祭祀他们的父亲。四人都是朱棣潜邸时期的人员，对朱棣称帝有拥立之功。
朱高炽
明世宗朱厚熜（嘉靖）是兴献王朱佑杬之子，明武宗朱厚照的堂弟，他是以藩王的身份继承皇位的，就极力要让自己显得正统，所以要在祀典上做一些改动，借机夹带私货（追封自己老子兴献王朱佑杬为兴献帝，后又加封为献皇帝，到最后为“睿宗知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”并配享太庙）。
朱厚熜
话说：正德十六年（1521年）4月20日，明武宗驾崩。明武宗没有子嗣，在其弥留之际，首辅杨廷和预料到之后的继承人问题，他援引《皇明祖训》中“兄终弟及”的原则，在武宗逝世前五天以皇帝的名义颁布敕令，令朱厚熜缩短为其父服丧时间，并承袭兴王爵位。武宗驾崩后的当天，杨廷和让司礼监请太后懿旨，正式宣布朱厚熜为皇帝继承人。4月22日，由司礼监、皇室和朝廷代表组成的使团前往安陆，迎接兴王朱厚熜到京登基，可当朱厚熜及使团到达京城外的良乡时，双方发生了第一轮冲突。根据杨廷和的安排，要礼部用太子的礼仪迎接朱厚熜，即由东华门入，居文华殿。但朱厚熜认为“遗诏以我嗣皇帝位，非皇子也。”双方互不妥协，最后由皇太后令群臣上笺劝进，朱厚熜在郊外受笺，从大明门入，随即在奉天殿即位。
即位不久后，嘉靖帝与杨廷和、毛澄为首的武宗旧臣们之间关于以谁为嘉靖帝皇考（即宗法意义上的父亲），以及嘉靖帝生父尊号的皇统问题发生了长达三年半的大礼议之争。嘉靖帝不顾朝臣反对，追尊生父为兴献帝后又加封为献皇帝、生母为兴国皇太后，改称孝宗敬皇帝曰“皇伯考”。
嘉靖九年，明世宗朱厚熜从太庙移去姚广孝，添加了诚意伯刘基和武定侯郭英，并对一些功臣的位置也做了调整。
之所以移去姚广孝，嘉靖认为姚广孝辅佐太宗朱棣有功，但在他生前，朱棣已经给了他显贵的身份，给了他许多赏赐，这些已经足够了。作为一名出家的僧人，把他和各位功臣并列在太庙当中，“恐不足尊敬祖宗。”作为补偿，把姚广孝的神主移到大兴隆寺，由太常寺的官员春秋献祭。
移去一个姚广孝之后，又先后添加了诚意伯刘基和武定侯郭英，并对一些功臣的位置也做了调整。在这些变动的同时，嘉靖十七年（1538年）九月，明世宗朱厚熜追尊自己生父兴献帝朱佑杬为“睿宗知天守道洪德渊仁宽穆纯圣恭简敬文献皇帝”，并将兴献帝朱佑杬的牌位升袝太庙，排序在武宗之上，这其实才是他最想做的。
此后，一直到明亡，太庙中的功臣再没有什么改变。
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