文｜李楠
朱元璋拿掉丞相之後，首先是重新定義中央的文官與武官首腦。在明朝建立之初，王朝的機構基本全部是沿襲自元朝的。《明太祖實錄》中稱，對此，朱元璋曾批評道：“胡元之世，政專中書。凡事必先關報，然後奏聞。其君又多昏蔽，是致民情不通，尋至大亂，深為可誡。”因此，在1376年，朱元璋先是廢除了元朝的行中書省（元朝時期，行中書省總管地方所有事務，在元末幾乎如同唐朝的藩鎮一般不聽中央管轄），用三個不同的機構來取代。
這三個機構分別是承宣布政使司、提刑按察使司和都指揮使司。承宣布政使司管理地方行政和財政事務；提刑按察使司管理監察和司法；都指揮使司管轄軍事防務。它們直接隸屬於六部。然後在1378年，他先是將涉及六部三司的日常事務，直接移交到他本人手中，然後又大量地取消丞相的職能。到1380年，最終廢除中書省和丞相。等於是朱元璋身兼國家元首和政府首腦的職能。
1380年，朱元璋設立了四輔官，輔佐自己，讓他們幫自己出謀劃策。1382年，朱元璋又廢了四輔官，自稱效仿宋朝的官制，將四輔官改為大學士（即殿閣大學士）取而代之。後來明成祖朱棣等又設立文淵閣等，這些就是後話了。總之，在廢除丞相這一事上，相應的就必須要求皇帝自身要精力充沛、經驗豐富，否則一定會出現各式各樣的偏差。
胡惟庸像
朱元璋一手廢除丞相制度，另一手廢除了一個軍事類機關——大都督府。在明朝還沒建立時候，朱元璋就已經設立了統軍大元帥府，後來明朝初期改為樞密院，然後又改為大都督府，目的是節制中外諸軍事。1380年的時候，朱元璋認為“權不專於一司，事不留於壅蔽”。所以將大都督府一分為五，成為中、左、右、前、後五軍都督府。這些都督府都設有左、右都督、都督同知、都督僉事。同時以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。他們分別管理京師和各地衛所，掌管相關地區的軍事活動。五軍都督府的權力僅限於地方的軍事管理，不能調動軍隊，調動軍隊的權力歸皇帝所有。後多有變遷，但五軍都督府不變。從朱棣開始，五軍都督府與兵部互爭上下，直到明中晚期兵部管轄五軍都督府才結束。不過因為調動軍隊的權力一直在皇帝手中，也就免除元朝時期的軍隊失控現象，以及地方軍閥比皇帝還強的局面。
進一步是司法體系的變更。在明朝，司法體系最重要的是監察機構和監察制度。最初，朱元璋設立御史臺，作為監察機構。但1380年，御史大夫陳寧和御史中丞塗節受到胡惟庸案的牽連，被處死，御史臺也被廢除。1382年，朱元璋重建其為都察院，由都御史總管。這個機構設立的目的就是充當皇帝的耳目，檢舉和遏制大臣們貪贓枉法、濫用權力。甚至可以向上級推薦好官。在都御史下面是各個省的監察御史，他們作為派到地方的耳目，專門巡查和彙報在當地發現的官員違法行為，以及在人民那裡聽到的傳聞等等。
除都察院外，司法體系裡最為人所知的就是大理寺，也就是最高法院。他的職能就是重新審查都察院和刑部做出的判決，與都察院和刑部組成三法司。
第三個就是1377年朱元璋所設立的通政司（察言司），功能就是接收各地發給政府的奏章。這裡，都察院和六部在明朝被稱為七卿。《明太祖實錄》稱，1395年，朱元璋為了進一步鞏固自己的專權，特意說明：“今我朝罷丞相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下庶務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。”這句話可見已經點出了朱元璋大權在握，獨自掌權的心裡話。
明朝剛剛建立，正是需要更多官員發揮作用的時候，朱元璋不加限制地大肆殺戮官員，令社會領導管理階層急劇削弱。雖然在朱元璋在位之時，政治和社會危機尚未產生，但後面的繼承者則接手了一個衰弱的政權。政府體系中因缺乏有能力的官員，政權便不可能維持有效運作。1398年，他的孫子繼承皇位時，竟無合適的賢臣輔佐。
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