俄日兩國關於南千島群島（日稱北方四島）的領土爭議，實質上是百年以來遠東領土糾紛的延續。中國在很長時間都是當事國，後來卻出局了。
庫頁島曾是中國最大的島嶼，位於黑龍江出海口之東，東面和北面臨鄂霍次克海，西面隔韃靼海峽與大陸相望，南面與日本隔宗谷海峽。面積相當於兩個臺灣島。
有關庫頁島的記載最早見於成書於中國西漢初年的《山海經》。唐朝時庫頁島屬黑水都督府管轄，元代屬水達達路，明代為奴爾幹都司所轄。明成祖曾在島上設置了囊哈爾衛，並駐軍千餘人，管轄當地的軍事及民政事物。囊哈爾衛成為中原王朝在庫頁島上設立的第一個行政機構，明朝也同時開創了在庫頁島（薩哈林島）上駐兵的歷史。
清朝時，庫頁島先後由寧古塔將軍、三姓副都統、吉林將軍管轄。清朝任命當地的姓長、鄉長分戶管理，實行“基層村民自治”。同時要求他們繳納貂皮作為貢賦，清統治者則贈送賞賜，以示“皇恩”。為籠絡當地的上層人物，島上的酋長被要求到京城娶妻。
清朝以這些方式，對庫頁島進行著有效的管轄。1616年清朝的前身後金建立時，還曾派兵四百到島上巡邊，因無外力威脅而撤回。
但到清朝中期，由於當時清軍主要作戰目標是對付西北的準葛爾蒙古人，東北邊防往往只在邊界設立哨所，然後一年甚至數年巡視一次。這就給了沙俄覬覦的機會。
17世紀開始，沙俄進犯中國的黑龍江流域，並與清朝發生武裝衝突。雙方在1689年和1727年分別簽訂《尼布楚條約》和《布連斯奇條約》，阻止了沙俄由西伯利亞的南進之路。從法律上確立黑龍江和烏蘇里江流域包括庫頁島在內的廣大地區屬於中國領土，貝加爾湖以東的尼布楚之地劃歸俄國。
但沙俄領土擴張的野心並沒有收斂。1803年，沙俄組成“環球航行探險隊”。在給探險隊的訓令中，沙俄政府明確規定“必須將庫頁島置於俄國管轄之下”。
沙俄探險隊沿著庫頁島的西北海岸一路探索到黑龍江下游入海口。隨後幾十年內，沙俄不斷派遣勘察隊勘測庫頁島和黑龍江下游的地形。
由於地理位置的便利，日本漁民在沙俄探險隊到來前，就已在庫頁島南部建立村莊。日本的封建領主甚至設置了交易所和警備哨所。俄日對庫頁島的滲透和爭奪，不可避免的會發生利益衝突。經過兩年多的交涉，俄日於1855年10月，揹著中國，簽訂《下田條約》，規定在庫頁島（薩哈林島），兩國暫不分界。
其實，沙俄對中國東北領土的野心，清朝並非完全茫然無知。近代幕僚曹力廷著有《西伯利東偏紀要》的密札，報告俄國人在庫頁島（薩哈林島）的活動。只是鴉片戰爭後，清朝國力衰退。早年以保護龍興之地之名，禁止人口遷移、開發，導致東北人煙稀少，發展緩慢。驟然面對外侵，心有餘力不足，對更邊遠的庫頁島等地更是鞭長莫及。
在這種背景下，1858年至1861年，沙俄充分利用中國與英法爆發第二次鴉片戰爭的機會，軟硬兼施，逼迫清政府接連簽訂中俄《璦琿條約》、《北京條約》、《中俄勘分東界約記》等，庫頁島的法律地位由中國領土變為中俄共管之地最後成為俄屬領地了。
由此，原屬中國的庫頁島，與中國再無干系，剩下俄國和日本兩個“玩家”。
1875年俄日簽訂《庫頁島千島交換條約》，俄國以所佔千島群島中的十八個島嶼交換日佔庫頁島南部。這樣，俄國排除了日本的阻礙，獨佔庫頁島全島。
但接下來，隨著1905年日俄戰爭中日本的勝利和第一次世界大戰期間俄國發生十月革命，導致外國武裝干涉，日本於1905年和1918年至1925年間，統治庫頁島全境。
其後，庫頁島一直處於俄日“分治”狀態。直到1945年，第二次世界大戰末期，蘇聯發動八月風暴軍事行動和千島群島登陸行動，庫頁島全境和千島群島全部由蘇聯佔領。
二戰結束後，日本與同盟國於1951年簽署《舊金山和約》，日本放棄千島群島、庫頁島南部等地的主權。但日本宣稱部分有爭議的島嶼並非千島群島的一部分，因此不受條約限制。而蘇聯當時也並未簽署該條約。由此為兩國如今的領土爭端埋下伏筆。
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