1、作用方式不同

草甘膦是甘氨酸類，作用機理——抑制烯醇丙酮基莽草素磷酸合成酶，蛋白質合成受阻；草甘膦為內吸傳導型廣譜滅生性除草劑，通過莖葉傳導到地下部，對深根雜草的地下組織破壞力強，能達到一般農業機械無法達到的深度。

草銨膦是膦酸類，作用機理——積銨觸殺，抑制谷氨醯胺合成。草銨膦為膦酸類非選擇性傳導型除草劑，通過抑制穀氨酸合成酶這一植物的重要解毒酶作用，導致植物體內氮代謝紊亂，銨過量積累，葉綠體解體，從而使植物光合作用受抑制，最終導致雜草死亡。

2、傳導方式不一樣

草甘膦是內吸傳導滅生；

草胺膦是半內吸或內吸很弱無傳導的觸殺滅生。

3、除草效果不一樣

草甘膦一般要7～10天見效；

草銨膦一般為3天（正常氣溫）。從除草速度、除草效果、控制雜草再生時期等方面看，草銨膦的田間表現都很優異，隨著草甘膦、百草枯的抗性雜草越來越嚴重，農民會因草銨膦卓越的防效及良好的環保性能而很易接受。對生態要求更安全的茶園、農場、綠色食品基地等，對草銨膦的需求也越來越大。

4、除草範圍不同

草甘膦對160多種雜草有防除作用，包括單子葉和雙子葉、一年生和多年生、草本和灌木等植物，但對多年抗性較強的惡性雜草如牛筋草、小飛蓬等防治效果不理想；草甘膦一般不能用於淺根或根系暴露在外的作物如香菜、胡椒、葡萄、木瓜等。一般用藥7天后才播種移栽（一般需要草死亡後播種，草甘膦入土後很快與鐵、鋁等金屬離子結合而失去活性，對土壤中潛藏的種子和土壤微生物無不良影響）；草甘膦是一種滅生性除草劑，使用不當會給農作物到來安全隱患，特別是用其防除田埂或果園雜草時，最易出現漂移藥害。要強調的是，草甘膦在果樹林譬如柑橘園使用時，對根系還是有破壞的，長期使用會導致果樹黃化等現象。

草銨膦為廣譜、觸殺型、滅生型、非殘留除草劑。能快速殺死100種以上的禾本科和闊葉雜草，特別是對耐受草甘膦的部分惡草如牛筋草、馬齒莧、小飛蓬等效果非常好。草銨膦用藥1-4天即可播種移栽，低毒、安全、快速、環保、追肥增產，對土壤、作物根系和後茬作物無影響，持效期長，使用範圍廣，可以用在所有作物上（不要噴到作物上）。在土壤中易降解，對作物安全，不易漂移，更適用於在敏感期或霧滴漂移無法完全避免的玉米、水稻、大豆、茶園、果園等的除草使用。