作物長不好的原因是作物的根不好，作物的根不好是因為土不好，土不好是因為土壤裡缺乏大量的有益微生物菌，所以解決當前土壤生態質量和作物產量的當務之急是在土壤中使用優質的土壤調理微生物菌劑。
一、對土壤微生物區系及酶活性的影響
土壤微生物是土壤組成成份中的重要原因之一，對土壤有機無機質的轉化，營養元素的循環；以及對植物生命活動過程中不可少的生物活性物質----酶的形成均有重要影響。腐植酸能促進土壤微生物的活動，增加土壤微生物的數量，增強土壤酶的活性等事實，已被國內外大量研究資料所證實，而且一致認為，施用腐植酸使好氣性細菌、放線菌、纖維分解菌的數量增加較多。對加速有機物的礦化，促進營養元素的釋放有利。因此，施用腐植酸，可以防治果樹的爛根病、黃葉、小葉、枯萎病。
二、微生物菌劑對化肥和微肥有增效作用
隨著中國化學工業的高速發展，化學肥料的生產和施用數量不斷增加，增施化肥對農業生產的發展無疑起了重要的作用，但隨著化肥施用量的增加，投肥成本提高，化肥利用率降低等問題，也逐漸反映出來。目前，中國氮肥利率為30~50%，磷肥利用率10~20%，鉀肥利用率為50~70%，如何提高化肥利用率，已經成為全世界非常重視的研究課題。提高化肥利用率途徑很多，目前酸鹼乘除微生物菌劑就是利用生物活性添加劑去活化腐植酸，增強其化合、吸附、螯合、微生物繁殖等化學活性和生物活性來有效提高化肥利用率。
三、生物菌劑對農作物生長髮育的作用
生物菌劑的分泌物含有多種高效官能團，被活化後的含有益生物菌群的土壤對作物生長髮育及體內生理代謝有刺激作用，這種特性是一般肥料所不具備的，活化後的高效生物活性物質可提高種子、作物的生理活性，按一定濃度採用浸種、浸根、蘸根、噴酒、澆灌、做底肥等方式，對各種作物都有明顯的刺激效果。綜合表現在對根系發育的促進，對作物產量、質量因素的良好影響。
（1）提早發芽，出苗率高
施用生物菌劑，可加速種籽發芽，提高出苗率，在早春、低溫下尤為顯著（一般可提早1~3天發芽，出苗率提高10~30%）。
（2）根系發達，吸收力
生物菌劑對作物的根系發育有特殊的促進作用，許多農科人員稱生物菌劑為“根系肥料”，對根系的影響主要表現在，刺激根端分生組織細胞的分裂與增長，使幼苗髮根快，次生根增多，根量增加，根系伸長，酸鹼乘除可導致作物吸收水份和養份的能力大大增強。
（3）對地上部分營養體生長的影響
在養份供應充足的基礎上，生物菌劑分泌的多肽類、酶類可刺激作用可使植株地上部分營養體生長旺盛，表現在株高、莖粗、葉片數、幹物質積累等方面。
（4）對產量和構成因素的影響
生物菌劑對不同作物的產量、構成因素是不同的，對糧食作物，穗多、粒多、千粒重等起到增產作用，前期對分櫱、減少空秕率均有良好的效果。
四、對作物生理代謝及酶活動的影響
生物菌劑特殊的分泌物進入植物體內後，對植物起到刺激作用，主要表現在，呼吸強度的增加，光合作用的增加，各種酶的活動增強，從而使果實提前著色成熟，取得高產、高值（經濟作物的應市性）。
五、提高作物抗旱能力
生物菌劑的施用，能使植物葉片氣孔張開度減少，葉片蒸騰量降低，耗水量減少，植株體內的水分狀況得到改善，使葉片含水率提高，從而為分穗和在籽奠定了基礎，生物菌劑的施用還能夠提高葉綠素的含量和光合作用的正常進行，對於物質的積累和千粒重的提高是非常重要的。
六、增強作物的抗寒性
施用生物菌劑對南方的早春育秧和北方小麥的抗寒都有明顯效果。中國南方各地在早稻育秧，經常遇到低溫多雨天氣，往往發生死苗、爛苗現象，施用生物菌劑後，地溫得到提高，秧苗素質普遍得到改善。西南農業大學在試驗時發現，中國北方大部分地區的冬小麥，由於經常出現“倒春寒”，麥苗普遍受到冬害，施用生物菌劑，有效地提高了小麥的抗寒能力，不同程度地減輕了凍害。
七、防治植物病蟲害和免疫力
生物菌劑可有效地防治地下病蟲害和植物病害及病菌。根據山東、河北、山西大量研究試驗證明，生物菌劑對果樹的腐爛、小葉、黃葉病、黃瓜的霜黴病、辣椒的炭疽病、病毒病等都有明顯防治和抑菌殺菌的效果。
八、生物菌劑對改變農產品品質的影響
隨著人類生活水平的提高，不僅要求農作物有較高產量，而且要求具有良好的品質特性。農產品的品質是受多方面因素影響的，施用生物菌劑，不僅有明顯的增產效果和經濟效益，而且生物菌劑綠色、環保，大大改善提高農產品的品質，是綠色基礎產業的重要產品。
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