近年來，不少農戶雖逐漸加深了對微生物菌肥的認知，知道施用微生物菌肥可以改良土壤，增加作物品質，卻不知道如何更有效的施用微生物菌肥。
首先微生物菌肥施入到土壤中要調控好地溫
一般微生物菌肥中的微生物菌生命活動最為活躍溫度是在18-25℃，低於5℃，高於40℃，施用效果較差。因此想要微生物菌肥快速繁殖生長，建議在早上或是傍晚施用微生物菌肥。
而對於大棚作物，要想調控好地溫，首先要調控好棚內氣溫，一般棚內氣溫白天應保持在25-30℃，夜間棚內溫度低，為避免地溫散失，維持地溫恆定，除了採取地膜覆蓋外，在操作行內覆蓋作物秸稈也不失為一種好辦法。
二是要調控好土壤的溼度
微生物菌肥最適合快速繁殖的溼度是60%-70%左右，土壤含水量不足不利於生物菌的生長繁殖，但土壤在澆水過大，透氣性不良，含氧量較少的情況下也不利於生物菌的生存，一般在土壤見幹見溼時生物菌的生命活動最為活躍。因此，除調控好地溫外，合理澆水也是一個重要的因素。一般情況下，澆水應選在時隔24-48小時後的進行。對於大棚類作物建議在隔天的晴天上午進行，因這段時間內澆水有利於地溫的恢復和棚內溼氣的排除。澆水時要注意澆小水，切忌大水漫灌，澆水後應及時劃鋤，以增加土壤透氣性，促進微生物菌的生命活動。
三是要為生物菌提供充足的“食物”
微生物菌是活的生物，它也需要“吃飯”，而它的“飯”則是有機質。因此在種植作物時一定要施足生物有機肥補充有機質。
四是要儘量避免生物菌受到傷害
微生物菌是一種真菌，同樣懼怕殺菌劑，而不少農戶為防根部病害常用殺菌劑灌根，這無疑使剛剛在土壤中定居的微生物菌遭受滅頂之災。另外，大量地衝施化肥對土壤中生物菌的傷害也很大。因此，對於施用微生物菌肥的地，應儘量避免使用殺菌劑灌根，少施大量元素水溶肥等化學肥料，或是施用殺菌劑一個星期後再施用微生物菌肥。
五是生物菌対土壤的酸鹼度也有要求
土壤偏鹼或偏酸都不利於微生物菌的生長繁殖。一般情況下土壤pH值在6.5-7.5之間時最適合生物菌的繁殖，農戶可根據自己土壤的情況加以改造，使微生物菌在一個良好的土壤環境中“生活”。
六是先購微生物菌肥應注意的事項
1、菌數
對於微生物菌肥來說，過高的微生物菌數在特定的肥料中存活是不易的，一般2億/克以上的微生物菌肥的有機質在30%以上，而越高的菌數，對有機質的含量要求也相對較高。
2、菌類
不同的菌種之間不僅有依靠的關係，同樣也有抑制的關係，而現在市面上的微生物菌肥添加的菌種類均不一，因此在選擇微生物菌肥上建議查看一下肥料登記證，同樣慎重考慮10種菌以上的菌肥。
3、施用時期
微生物菌肥不是速效肥，一般作底肥，做為基肥使用建議在摘果後；如果做為追施，則建議在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7-10天施用，效果最好。
4、用量
對於已多年施用化肥的地塊，施用微生物菌肥時不能大量減少化肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到第一、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。（農業技術服務諮詢）
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