洪門創立有許多說法：一說是起於康熙甲寅十三年（1674年）3月25日；一說是雍正甲寅十二年（1734年）七月二十五日；一說前身是扶余渤海聯合國曼洛理族後裔中紅派和博派合力發起，以神武地皇高洪為名舉族轉變而來；一說是洪二和尚發起建立。以上是根據傳播最廣的民間野史記錄。關於香堂上供奉的牌位，依次是：
始祖：洪英（殷洪盛）
五先賢：朱之瑜、顧炎武、黃宗羲、王夫之、傅山
五宗：文宗史可法、武宗鄭成功、宣宗陳近南、達宗萬雲龍、威宗蘇洪光
前五祖：蔡德忠、方大洪、胡德帝、馬超興、李式開
中五祖：楊仗佑、方惠成、吳天成、林大江、張敬之
後五祖：李式地、洪太歲、吳天佑、林永超、姚必達
五義：鄭君達、謝邦恆、黃昌成、吳廷貴、周洪英
五傑：鄭道德、鄭道芳、韓龍、韓虎、李昌國
三英：郭秀英、鄭玉蘭、鍾文君
二師：男軍師史明鑑、女軍師關玉英
據說到了一八四八年（清道光二十八年）事隔一百六十六年後（太平天國前期），在福建有洪門弟兄郭永泰從漁人手上獲得，所以定名為“海底”。以後之三合會會簿，由此演變出來。
《洪門志》雲：“鄭成功據守臺灣，推進漢留組織，開山立堂，定名為金臺山，明倫堂；並遣蔡德忠、方大洪、胡德帝、馬超興、李式開等，向中原發展。”
洪秀全在廣西金田村舉兵稱太平軍，成立太平天國，得力於廣東三合會。三合會是洪門組織之一。
孫中山的革命事業，在檀香山時，由三合會首領介紹入會，並開立山堂，改組致公堂，創立興中會，山名大陸山。孫中山的“孫文學說”上說：“迨至康熙之世，清勢已盛，而明朝之忠烈亦死亡殆盡，二、三遺老見大勢已去，無可挽回，乃欲以民族主義之根苗流傳後代，故以反清復明之宗旨結為團體，以待後有起者可藉為資也。此乃洪門創設之本意也。”在黃花崗七十二烈士中林文、林覺民等68位同盟會成員都是洪門中人。
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