傳說在朱元璋把江南攻下後，遭受戰爭的破壞較大，他就儘快恢復文官治理，擔負起整頓秩序招撫流亡，恢復生產的任務。朱元璋認真採納了李善長的意見，每平定一個地方，他都廣泛地訪求當地知名的儲生，詢同平定天下治理國家的道理和辦法，有的當即被任命為當地的行政長官。這些人辦事也較認真，在受任後把發展生產，安定民生，保證軍需供應放在首位，或者放賦貸糧，或者供給耕牛種子，招徠流亡的百姓各回本土從事耕作，對於各地小股農民武裝則予以吸收改編，使社會生產秩序漸漸穩定下來。
在建立江南行省以後，李善長還建立了營田司，專門負責水利工程的疏通整修工作。康茂才，葉琛，章溢等幹練人才都被委派主持其事。這對於防止水澇災害，保證農業的豐產豐收起了很大的作用。
在地方駐軍中，普遍推行了軍屯制度，使部隊且耕且戰，爭取做到糧食的自給或半自給，以減輕百姓的負擔。作為軍屯的實際負責人，李善長高度負責。至正二十二年(1362年)，李善長對軍屯情況進行了一次全面的檢查，向朱元璋作了彙報，嚴厲批評了一些將士敷行塞責的行為，表揚了康茂才在龍江屯田得谷一萬五千餘石的事蹟，除自給軍糧外，尚餘糧食七千餘石；同時命令各將士按分定地城，及時墾荒種植，使軍糧充足，國有所賴。應該說，朱元璋的最後勝利，也得力於這個措施的貫徹執行。
在新歸附的地區，還設立了管理軍民萬戶府，從老百娃中選拔武勇壯丁，編為軍戶，農時耕種閒時練武，一方面負責地方治安，另一方而配合正規部隊作戰，既增強了軍事實力，又省去了政府的軍事供給把兵與農很好地結合起來。
為了增加政府的財政收人，李善長於至正二十一年(1361年)建議制定鹽法錢法和茶法。鹽法規定：嚴禁私鹽，設官鹽局實行專賣，令商人販運取稅二十分之一，後來一度增加到十分之一。”
錢法：就是政府設局鑄錢。元代交易本是用紙幣(鈔)，後來為了解決財政危機，就大量印鈔，所以鈔票越來越貶值。元政府轉而鑄錢，但錢質薄，易於損壞，同樣無法流通，民間只好退回到以物易物的原始交易方法。這樣，嚴重阻礙了商品經濟的發展，也影響了政府的財政收人。
朱元璋打下南京後，增闢財源。在徵得朱元璋同意後，在南京設立寶源局，鑄“大中通寶”銅錢，以四百文為一貫，四十文為一兩，四文為一錢。當年鑄錢四百三十萬，與歷代錢通用。這個辦法，一定程度上繁榮了經濟，政府也得利。
茶法也是為解決財政困難所採取的一種專賣政策。茶法規定：商人到產茶地區買茶，必須向政府繳錢買販茶憑據茶引，每引茶百斤，納錢二百，不到一引，叫做畸零給的憑證叫引貼。沒有引貼或茶數與引證不符，就是私茶，準人告發或逮送官府。
除了籌餉理財之外，糧食草秣軍械器仗的供應傳輸也是一項浩大的工程。歷史經驗表明：這個問題解決得好與壞，直接關係到戰局的成敗。在秦末的群雄角逐中，劉邦所以能夠蹶而復起，就多虧了據守關中的蕭何源源不斷地補給兵源和糧餉。
朱元璋定結南京後，仗越打越多，越打越大，為了保證戰爭的勝利，幾個關鍵性的戰役，朱元璋都親臨前線指揮。李善長不負君望，工作很出色。做事明肅敏捷，戰決如流，遇到危急情況，他總是鎮靜自如，使屬下的文臣武將都能緊張而有序地工作，避免引起全城士兵和老百姓的惶恐和慌亂。前方的部隊打到哪裡，他就組織調動各方面的力量把糧草器械及時地供應到哪裡。都陽湖與陳友諒大戰，兩軍相持四十多天，朱元章把能拿上的精銳都拿上去了，李善長也把能動員的船隻和車輛人夫都動員起來，把各種物資通過水陸兩個渠道源不絕地運到前線。
同時，他還與徐達一起，加強南京城的佈防密切注視張士誠的一舉動，儘可能不給張士誠以可乘之機，保證了鄱陽湖大戰的勝利。李善長工作並不驚心動魄，不為一般人所注目和理解，但朱元璋是心知肚明的。洪武三年(1370年)，朱元璋大封功臣，他在詔書中說：“朕起自草蕎間，提三尺劍，率眾數千，在群雄的夾縫中奮鬥，此時善長就來謁軍門，傾心協謀，一齊渡過大江，定居南京。一二年間，集兵數十萬，東征西伐，善長留守國中，轉運糧儲，供給器仗，從未缺乏。又治理後方和睦軍民，使他的功勞，朕獨知之,其他人未必盡知。當年上下相安，這是上天將此人援朕。蕭何有飲餉之功，千載之下，人傳頌。與前何相比，善長未必過也。”
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