拿破崙進入莫斯科之後，庫圖佐夫並沒有繼續向東撤退，而是將兵力調至西南一百英里的卡盧加。這一著非常高明，不僅可以保護重鎮圖拉因為那裡有俄軍的一個重要兵工廠，而且離法軍交通線上的要衝維亞澤瑪不到九十英里。庫圖佐夫在此整編軍隊並將兵力擴充到十萬多人。
與此同時拿破崙獲悉馬爾蒙已在薩拉曼卡為威靈頓所擊敗，威靈頓率英軍進入了馬德里。而當前他自己的處境也是每況愈下，朝不保夕。為了保護其生命線，他不得不向南北兩個方向派出大量的掩護兵力。這樣，在莫斯科城內和周圍地區，他手上的兵力不足十萬。繆拉的騎兵向南構成一道屏障，監視庫圖佐夫。往來斯摩稜斯克與莫斯科之間的運輸車隊常遭哥薩克騎兵的襲擊，因此拿破崙不得不告誡在斯摩稜斯克的朱諾：任何車隊若無一千五百人的軍隊護送均不準啟程。
為了能儘早的結束戰爭，9月20日，拿破崙向沙皇派去一位和平使節進行試探，結果沒有反應。而當向庫圖佐夫發運進攻時，卻又撤軍迴避。但是10月18日，庫圖佐夫突襲在莫斯科西南50英里的塔魯蒂諾的繆拉。繆拉措手不及，被迫撤退，結果損失了一些兵員和火炮。10月13日，開始下雪，這是繼溫暖的秋天之後的第一場雪。拿破崙終於意識到此地不可久留。10月19日，拿破崙的大軍團即開始撤離莫斯科。
而當繆拉在塔魯蒂諾受挫，拿破崙有必要予以支援。因此，大軍團的撤退方向一開始是向西南的。10月20日，庫圖佐夫在馬洛-雅羅斯拉維茨攔截法軍，在此展開一場廝殺，法軍損失了五千人，大部分系歐仁親王的意大利軍。法軍此時處境艱難，幸虧庫圖佐夫突然中止作戰向西撤去。不過，他仍威脅著法軍的退路。拿破崙遭此挫折便心神不寧，遂折向西北以便經維亞澤瑪和斯摩稜斯克這條近路繼續撤退。
而大軍團的撤退，現在變成了一個做不完的惡夢。大軍團的兵力已銳減至六萬五千人，其中包括一萬五千名騎兵。現在，不僅側衛，甚至主力縱隊每天都會受到哥薩克騎兵的襲擾，他們對每一個掉隊者都不留情。在撤退途中庫圖佐夫緊迫不捨。11月3日，兩軍在維亞澤瑪惡戰一場，法軍傷亡五千。同時法國還傳來了叛亂的消息，雖然之後被平息，卻加劇了拿破崙的擔心。
在撤退的途中，在許多書上說騎兵的馬都是被凍死，其實是因為法軍未象俄軍那樣在馬蹄上加釘防滑釘，以致法軍戰馬越過冰凍的江河湖沼時，常常摔斷馬腿失去行動力。
11月9日，拿破崙到達斯摩稜斯克，大軍團殘部到13日也相繼彙集那裡。法軍生還者僅五萬，騎兵僅有寥寥幾匹戰馬，此外有二百門火炮被丟棄。斯摩稜斯克本是法軍交通線上的一個主要兵站，但維克托軍團看守基地醫院和補給倉庫駐此達二月之久，結果將存糧消耗殆盡，以致全軍現在找不到任何可吃的東西。
11月14日，拿破崙離開斯摩稜斯克，豈料，歐仁的前衛部隊於11月16日在克拉斯諾為庫圖佐夫所阻，俄軍現在擋住了法軍的退路。一場激戰隨即爆發，但拿破崙相當果敢，立即將近衛軍和達武軍拉上去，庫圖佐夫再次退走。內伊率領的後衛部隊與主力的聯繫一度被俄軍切斷，經過一番苦鬥，內伊才殺出重圍與主力會合，使其六千人的部隊生還者僅剩八百。
這時拿破崙本想退往其最近的補給兵站明斯克，但11月22日，他獲悉明斯克已被俄國海軍上將奇恰戈夫佔領，因此，拿破崙被迫取道更北面的一條路線退往維爾納。但是這時天氣變暖，這條退路上的別列津納河冰化河開，別列津納河氾濫的河水夾著大塊大塊的浮冰自上游流下，法軍步行過河也是不可能的。法軍不得不造橋讓法軍通過，可是在過橋時亂哄哄的男女和騾馬車輛擠得水洩不通。此刻俄軍正從三面殺來：奇恰戈夫在南，維特根施泰因在北，米洛拉多夫克與庫圖佐夫前鋒在東。俄軍炮火也從俯控高架橋的山脊上射來，更加劇了橋上的混亂。維克托率後衛三千人於11月29日晨過橋後即將橋焚燬。法軍損失約二萬五千人。
12月1日，拿破崙終於率軍回到了華沙大公國境內的斯莫爾岡，在那裡把軍隊的指揮權交給了繆拉，自己則星夜兼程回到了巴黎。
為什麼拿破崙會敗的如此之慘，在小編看來有以下幾點。
一是戰略失誤。尚未征服西班牙就踏上了徵俄的險途。他原想孤注一擲，企圖夏天在立陶宛平原一舉擊敗俄軍，而不必另找麻煩率領多國聯軍穿越白俄羅斯荒原。而俄軍將領的優柔寡斷，缺乏合作讓後人誤認為這是俄軍的戰略撤退，其實這僅僅是偶然。
第二是補給線沒有組織好。法軍官兵在冬天來臨之前沒有準備好冬裝。騎兵也沒有加釘防滑，如果細節上做得好一些，法軍生還的人數會更多。
第三是在俄羅斯荒原獲取補給的辦法是俄國是行不通的，因為俄國面積太大，人口密度太小，無法為幾十萬大軍提供那麼多的生活用品。
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