方舟子發起了一項食品科學實踐活動，而崔永元對此發出了質疑，兩人就此開始爭論，最後上升到質疑對方的語言邏輯問題、有無資格科普的問題。
1、2013年9月兩人因“轉基因之爭”開始辯論，隨後上升到質疑對方語言邏輯問題、有無資格科普等。
2、2013年12月崔永元自費50萬再次赴美調查轉基因。崔永元離開央視，並透露方舟子向央視“告狀”，方舟子予以否認，回應稱造謠。辯論升級為鬧劇，方崔互相問候家人。
3、2014年1月崔永元轉帖“方舟子在美國究竟擁有幾處房產？”並評論稱：“我不認為這些錢都是肘子嗑普騙來的，肯定還有其他的騙法。”方舟子質疑崔永元的“崔永元公益基金”，針對“口述歷史”和“鄉村教師培訓”項目報告提出提點。
4、2014年1月13日方舟子正式起訴崔永元損害其名譽權，索賠30萬元。2014年4月崔永元提起反訴，索賠67萬元。
5、2015年6月海濱法院公開宣判：雙方均構成名譽侵權，互賠4.5萬元。相互道歉，刪除侵權微博。
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