方舟子发起了一项食品科学实践活动，而崔永元对此发出了质疑，两人就此开始争论，最后上升到质疑对方的语言逻辑问题、有无资格科普的问题。
1、2013年9月两人因“转基因之争”开始辩论，随后上升到质疑对方语言逻辑问题、有无资格科普等。
2、2013年12月崔永元自费50万再次赴美调查转基因。崔永元离开央视，并透露方舟子向央视“告状”，方舟子予以否认，回应称造谣。辩论升级为闹剧，方崔互相问候家人。
3、2014年1月崔永元转帖“方舟子在美国究竟拥有几处房产？”并评论称：“我不认为这些钱都是肘子嗑普骗来的，肯定还有其他的骗法。”方舟子质疑崔永元的“崔永元公益基金”，针对“口述历史”和“乡村教师培训”项目报告提出提点。
4、2014年1月13日方舟子正式起诉崔永元损害其名誉权，索赔30万元。2014年4月崔永元提起反诉，索赔67万元。
5、2015年6月海滨法院公开宣判：双方均构成名誉侵权，互赔4.5万元。相互道歉，删除侵权微博。
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