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清朝分地方、專務兩類督撫依明制而設，其中地方總督不同於明朝總督主管軍事一塊，清朝總督是“掌釐治軍，民，綜制文武，舉察官吏，修飭邊疆”，人稱“封疆大吏”，地位，權力極高。
清設九大地方總督和兩大專務總督，九大地方總督為東三省、直隸、兩江、湖廣、兩廣、閩浙、、陝甘、四川、雲貴。
兩大專務總督為河道、漕運。漕運總督開漕淮安府，總管八省漕運。河道總督則負責黃河、淮河、永定河的堤防疏浚工程，被譽為“天下第一肥缺”。
至於巡撫也是依明制設立，明宣德年間成為定製，有“巡視天下，撫治軍民”之意，職務與總督略同，但地位低於總督。
清朝制度，除四川、直隸不設巡撫之外，每省設巡撫一員。巡撫是實際上一省的最高長官，有總督管轄的省份則歸位於總督之下，無總督管轄的省份則更是獨當一面。
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總督，在我國曆史上的明清時期，是地方軍政大員。以清朝為例，清朝時期，統轄一省或數省行政、經濟及軍事的長官稱為“總督”，單就“總督”這個官職而言，是正二品官職，如果是再兼任其他職位，如兼任兵部尚書這種，官銜可至“從一品”。而在清朝，“總督”這個官職的數目以及轄區自乾隆朝後成為定製，全國設有八個總督，個個都可以說是“封疆大吏”，如晚清時期權臣李鴻章，便是直隸總督。
而總督的職權在《清史稿·職官志三》有過描述：“總督。從一品。掌釐治軍民，綜制文武，察舉官吏，修飭封疆。”
而“巡撫”也是中國明清時期的一種正式的地方官職，由“巡行天下，撫軍安民”而得名，在清朝時，“巡撫”主管著一省的軍政、民政，權力也是不小的。
而總督和巡撫二者有什麼不同呢？
首先，就是官銜，清朝時，總督一般為從一品到正二品，而巡撫為“從二品”；再有就是職權上，總督在清代時，為地方最高級長官，總管一省或多省，一般都在一省以上，而且總督依例大多都有兼銜，而巡撫雖然也是地方軍政大員，但是巡撫只是主管一省，權力上比總督要小。而且，一般來說，能當上總督的，都是朝廷重臣，像清朝時期的于成龍，李鴻章等。
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一、明朝初時，遇重大戰事設總督，事畢既撤，後始成定製。
清朝沿襲明制，總督為管轄數省最高軍政長官。（四川總督只管轄一省）
巡撫為管轄一省最高軍政長官。
總督、巡撫均為封疆大吏。
總督官階品級高於巡撫，管轄區域範圍大於巡撫。
二、總督，官銜正式名稱為“總督xx等處地方、提督軍務、兼理糧餉事務”。
如兩江總督的官銜正式名稱為“總督兩江等處地方、提督軍務、兼理糧餉、操江、統轄南河事務”，兩江總督同時署理南洋通商大臣、兼管兩淮鹽政；管轄地域為江蘇省（含上海市）、安徽省、江西省。（操江，亦既江防，兩江總督管轄長江水師）
督撫同城時有的“兼理巡撫”，江河事務繁重地域有的“兼理操江、河道事務”。
直隸、兩江總督分別“署理北、南洋通商大臣”，直隸總督還兼管北洋水師；兩江總督兼理兩淮鹽政。
總督，為地方官員中級別最高、權力最大的軍政官員，官階為正二品；加兵部尚書、右都御史銜則為從一品；加大學士銜則為正一品，權勢顯赫。
總督管轄軍隊，只限管轄漢軍綠營軍隊，管轄的漢軍綠營軍隊稱“督標”，八旗軍隊歸駐防各地的滿族將軍管轄。
計設有直隸、兩江、兩廣、湖廣、閩浙、雲貴、陝甘、四川八總督，後增加東三省總督，四川總督管轄一省，則不設巡撫；其他總督管轄多省軍政事務，但以軍事為主。
總督，類似新中國成立初期設立的東北、華北、西北、西南、華東、中南六個大區政府主席，管轄數省，但比大區政府主席權力更大，比大區政府主席還多執掌軍權，外經貿權。
三、巡撫，為一省的最高軍政長官，掌管本省的軍政大權，官階為從二品，加兵部侍郎銜為正二品。
巡撫管轄的漢軍綠營軍隊稱“撫標”，節制駐省漢軍綠營軍隊最高軍事長官提督；巡撫同總督一樣不管轄八旗軍隊。
巡撫的屬官布政使管理本省的民政、財政；提刑按察使管理本省的司法、監察、刑獄；提學使管理本省的教育。
四、總督、巡撫均為直接聽命於中央政府的地方軍政長官，木有隸屬關係，但總督官階高於巡撫，對巡撫有督察權。
五、除外上列作為地方最高軍政長官的總督外，還有兩個專門事務總督：
管理河務的河道總督，管轄的役卒稱為“河兵”，責任重大，人與天鬥，屬於費力不討好的苦差事。
管理南糧北運以供京師的漕運總督，管轄的役卒稱為“漕兵”，油水很大的肥差；中國著名的幫會，青幫就是漕運的衍生品。
兩江總督府，後為太平天國天王府，國民政府總統府。
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總督
總督在封建時代是地方最高的首長，屬於封疆大吏。這個官職創設於明朝嘉靖年間，清王朝創立後，沿用了這一官職名義，通常是管轄一省或者多省的最高軍政首長，同時兼管所在地區的民政和軍務，所轄地區的巡撫、提督等文武官員都歸屬總督節制，也就是“總治軍民、統轄文武、考核官員”，大致相當於現代數個省的書記加上戰區司令員的性質。
除了上述統轄一省或者數省的直省總督外，清代還有一種專門管轄某種特殊事務的總督，諸如漕運總督、河道總督等等。
巡撫
巡撫也是始設於明朝的官職，清代加以沿用。清代的巡撫大略相當於現在一省的省長，管轄一省的民政事務。（不設總督的省份，如山東之類，巡撫會兼提督軍務，也執掌一省的軍權）
總督和巡撫的區別
總的來說，區別是：總督管轄區域普遍較大，且身兼軍、政兩職。而一般的巡撫則只是一省的民政官，受總督節制。
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關於總督與巡撫，這裡要說到明清之別了。
明代總督因事而設，事畢即撤，而自明憲宗成化五年始，兩廣再設總督後，其職始專，近於定製，但也終非地方正式軍政長官。
總督與巡撫皆為地方軍政大員，合稱督撫。但總督權力較巡撫大，巡撫位於總督之下。
而滿清的總督、巡撫則不同，不再是因事而設的臨時性質，而逐漸成為固定的職務。
特別在第二次鴉片戰爭後，國內風起雲湧的農民起義與國外列強的持續侵犯，而無論傳統的八旗還是綠營皆不堪一擊，清廷不得不放開地主團練與地方的財政軍大權。
以曾國藩為代表的湘軍和李鴻章為代表的淮軍先後登上歷史舞臺，由此帶來的是漢族士紳對政權的實際控制，各地方總督亦真正成為舉足輕重的封疆大吏。
滿清自乾隆以後凡駐有總督的省亦不再設巡撫，而由總督兼任，當然江蘇一省例外，督撫並駐。
——閒畔落花
