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清朝分地方、专务两类督抚依明制而设，其中地方总督不同于明朝总督主管军事一块，清朝总督是“掌厘治军，民，综制文武，举察官吏，修饬边疆”，人称“封疆大吏”，地位，权力极高。
清设九大地方总督和两大专务总督，九大地方总督为东三省、直隶、两江、湖广、两广、闽浙、、陕甘、四川、云贵。
两大专务总督为河道、漕运。漕运总督开漕淮安府，总管八省漕运。河道总督则负责黄河、淮河、永定河的堤防疏浚工程，被誉为“天下第一肥缺”。
至于巡抚也是依明制设立，明宣德年间成为定制，有“巡视天下，抚治军民”之意，职务与总督略同，但地位低于总督。
清朝制度，除四川、直隶不设巡抚之外，每省设巡抚一员。巡抚是实际上一省的最高长官，有总督管辖的省份则归位于总督之下，无总督管辖的省份则更是独当一面。
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总督，在我国历史上的明清时期，是地方军政大员。以清朝为例，清朝时期，统辖一省或数省行政、经济及军事的长官称为“总督”，单就“总督”这个官职而言，是正二品官职，如果是再兼任其他职位，如兼任兵部尚书这种，官衔可至“从一品”。而在清朝，“总督”这个官职的数目以及辖区自乾隆朝后成为定制，全国设有八个总督，个个都可以说是“封疆大吏”，如晚清时期权臣李鸿章，便是直隶总督。
而总督的职权在《清史稿·职官志三》有过描述：“总督。从一品。掌厘治军民，综制文武，察举官吏，修饬封疆。”
而“巡抚”也是中国明清时期的一种正式的地方官职，由“巡行天下，抚军安民”而得名，在清朝时，“巡抚”主管着一省的军政、民政，权力也是不小的。
而总督和巡抚二者有什么不同呢？
首先，就是官衔，清朝时，总督一般为从一品到正二品，而巡抚为“从二品”；再有就是职权上，总督在清代时，为地方最高级长官，总管一省或多省，一般都在一省以上，而且总督依例大多都有兼衔，而巡抚虽然也是地方军政大员，但是巡抚只是主管一省，权力上比总督要小。而且，一般来说，能当上总督的，都是朝廷重臣，像清朝时期的于成龙，李鸿章等。
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一、明朝初时，遇重大战事设总督，事毕既撤，后始成定制。
清朝沿袭明制，总督为管辖数省最高军政长官。（四川总督只管辖一省）
巡抚为管辖一省最高军政长官。
总督、巡抚均为封疆大吏。
总督官阶品级高于巡抚，管辖区域范围大于巡抚。
二、总督，官衔正式名称为“总督xx等处地方、提督军务、兼理粮饷事务”。
如两江总督的官衔正式名称为“总督两江等处地方、提督军务、兼理粮饷、操江、统辖南河事务”，两江总督同时署理南洋通商大臣、兼管两淮盐政；管辖地域为江苏省（含上海市）、安徽省、江西省。（操江，亦既江防，两江总督管辖长江水师）
督抚同城时有的“兼理巡抚”，江河事务繁重地域有的“兼理操江、河道事务”。
直隶、两江总督分别“署理北、南洋通商大臣”，直隶总督还兼管北洋水师；两江总督兼理两淮盐政。
总督，为地方官员中级别最高、权力最大的军政官员，官阶为正二品；加兵部尚书、右都御史衔则为从一品；加大学士衔则为正一品，权势显赫。
总督管辖军队，只限管辖汉军绿营军队，管辖的汉军绿营军队称“督标”，八旗军队归驻防各地的满族将军管辖。
计设有直隶、两江、两广、湖广、闽浙、云贵、陝甘、四川八总督，后增加东三省总督，四川总督管辖一省，则不设巡抚；其他总督管辖多省军政事务，但以军事为主。
总督，类似新中国成立初期设立的东北、华北、西北、西南、华东、中南六个大区政府主席，管辖数省，但比大区政府主席权力更大，比大区政府主席还多执掌军权，外经贸权。
三、巡抚，为一省的最高军政长官，掌管本省的军政大权，官阶为从二品，加兵部侍郎衔为正二品。
巡抚管辖的汉军绿营军队称“抚标”，节制驻省汉军绿营军队最高军事长官提督；巡抚同总督一样不管辖八旗军队。
巡抚的属官布政使管理本省的民政、财政；提刑按察使管理本省的司法、监察、刑狱；提学使管理本省的教育。
四、总督、巡抚均为直接听命于中央政府的地方军政长官，木有隶属关系，但总督官阶高于巡抚，对巡抚有督察权。
五、除外上列作为地方最高军政长官的总督外，还有两个专门事务总督：
管理河务的河道总督，管辖的役卒称为“河兵”，责任重大，人与天斗，属于费力不讨好的苦差事。
管理南粮北运以供京师的漕运总督，管辖的役卒称为“漕兵”，油水很大的肥差；中国著名的帮会，青帮就是漕运的衍生品。
两江总督府，后为太平天国天王府，国民政府总统府。
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总督
总督在封建时代是地方最高的首长，属于封疆大吏。这个官职创设于明朝嘉靖年间，清王朝创立后，沿用了这一官职名义，通常是管辖一省或者多省的最高军政首长，同时兼管所在地区的民政和军务，所辖地区的巡抚、提督等文武官员都归属总督节制，也就是“总治军民、统辖文武、考核官员”，大致相当于现代数个省的书记加上战区司令员的性质。
除了上述统辖一省或者数省的直省总督外，清代还有一种专门管辖某种特殊事务的总督，诸如漕运总督、河道总督等等。
巡抚
巡抚也是始设于明朝的官职，清代加以沿用。清代的巡抚大略相当于现在一省的省长，管辖一省的民政事务。（不设总督的省份，如山东之类，巡抚会兼提督军务，也执掌一省的军权）
总督和巡抚的区别
总的来说，区别是：总督管辖区域普遍较大，且身兼军、政两职。而一般的巡抚则只是一省的民政官，受总督节制。
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关于总督与巡抚，这里要说到明清之别了。
明代总督因事而设，事毕即撤，而自明宪宗成化五年始，两广再设总督后，其职始专，近于定制，但也终非地方正式军政长官。
总督与巡抚皆为地方军政大员，合称督抚。但总督权力较巡抚大，巡抚位于总督之下。
而满清的总督、巡抚则不同，不再是因事而设的临时性质，而逐渐成为固定的职务。
特别在第二次鸦片战争后，国内风起云涌的农民起义与国外列强的持续侵犯，而无论传统的八旗还是绿营皆不堪一击，清廷不得不放开地主团练与地方的财政军大权。
以曾国藩为代表的湘军和李鸿章为代表的淮军先后登上历史舞台，由此带来的是汉族士绅对政权的实际控制，各地方总督亦真正成为举足轻重的封疆大吏。
满清自乾隆以后凡驻有总督的省亦不再设巡抚，而由总督兼任，当然江苏一省例外，督抚并驻。
——闲畔落花
