古格王朝被滅亡之後，拉達克國王僧格南嘉委派自己的兒子統治古格地區。甚至有時他的勢力滲透到日喀則地區一帶，直接威脅著西藏地方政權的安全。到17世紀後期，西藏和不丹發生了戰事；拉達克統治者乘機佔領了西藏很多地方。他給出的理由是，不丹跟他同屬於竹巴噶舉派。一下子這場領土爭奪戰變成了宗教宗派鬥爭。
拉達克統治者不僅打擊在古格的格魯派僧人和寺院，還宣稱要把格魯派驅除出阿里地區，並準備出兵東進，在軍事上呼應不丹打擊格魯派。同時西藏的領導者也加緊防禦對拉達克的來勢洶洶。1679年，西藏地方政府委派還在寺院修行的噶丹澤旺去反擊拉達克的入侵。但是噶丹澤旺考慮到參與征戰必定要殺害生靈，所以便提出要退戒還俗，才能夠率兵出征，在得到五世達賴喇嘛同意後，向自己的堪布退還了戒律和袈裟。他從藏北的納木錯湖畔徵集了2500名蒙古騎兵，還徵調了一些當地的武裝一同出征。
此次交戰，由於地處荒原；精銳的蒙古騎兵得到了充分的發揮了。徹底擊潰了拉達克的入侵軍隊。拉達克軍隊也認識到了騎兵在荒原上的優勢使。所以拉達克人再也不敢在荒原上跟蒙藏聯軍廝殺，便躲到了地勢險峻的城堡之中負隅頑抗。由於蒙藏聯軍善於騎兵突襲並不善於徒步攻堅，再加上噶丹澤旺兵力有限，因此戰事便進入膠著狀態。
拉達克王及其臣下不甘心失敗，請求莫臥兒王朝出兵援助。蒙藏聯軍和莫臥兒帝國軍隊交鋒從結果來看，拉達克的援軍也失敗了。但是，有人很納悶兒，莫臥爾那麼一個大帝國，居然被一個小聯軍給打敗了。有人說是，當時西藏甘丹頗章賄賂了莫臥爾領軍將領，所以莫臥爾軍隊從沒正真投入戰場。1684年春，在莫臥兒軍隊撤退後，噶丹澤旺藉助增援部隊攻入拉達克列城。沒有援助的拉達克軍隊根本不是聯軍的對手，拉達克王最終選擇投降；到噶丹澤旺將軍處認錯，叩頭賠禮。聯軍將列城、比圖、赤斯等7處碉樓、土地、財產歸還給拉達克王，並要求拉達克方面發誓保證今後不再危害而要敬奉格魯派，並要善待眾屬民。
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