古格王朝被灭亡之后，拉达克国王僧格南嘉委派自己的儿子统治古格地区。甚至有时他的势力渗透到日喀则地区一带，直接威胁着西藏地方政权的安全。到17世纪后期，西藏和不丹发生了战事；拉达克统治者乘机占领了西藏很多地方。他给出的理由是，不丹跟他同属于竹巴噶举派。一下子这场领土争夺战变成了宗教宗派斗争。
拉达克统治者不仅打击在古格的格鲁派僧人和寺院，还宣称要把格鲁派驱除出阿里地区，并准备出兵东进，在军事上呼应不丹打击格鲁派。同时西藏的领导者也加紧防御对拉达克的来势汹汹。1679年，西藏地方政府委派还在寺院修行的噶丹泽旺去反击拉达克的入侵。但是噶丹泽旺考虑到参与征战必定要杀害生灵，所以便提出要退戒还俗，才能够率兵出征，在得到五世达赖喇嘛同意后，向自己的堪布退还了戒律和袈裟。他从藏北的纳木错湖畔征集了2500名蒙古骑兵，还征调了一些当地的武装一同出征。
此次交战，由于地处荒原；精锐的蒙古骑兵得到了充分的发挥了。彻底击溃了拉达克的入侵军队。拉达克军队也认识到了骑兵在荒原上的优势使。所以拉达克人再也不敢在荒原上跟蒙藏联军厮杀，便躲到了地势险峻的城堡之中负隅顽抗。由于蒙藏联军善于骑兵突袭并不善于徒步攻坚，再加上噶丹泽旺兵力有限，因此战事便进入胶着状态。
拉达克王及其臣下不甘心失败，请求莫卧儿王朝出兵援助。蒙藏联军和莫卧儿帝国军队交锋从结果来看，拉达克的援军也失败了。但是，有人很纳闷儿，莫卧尔那么一个大帝国，居然被一个小联军给打败了。有人说是，当时西藏甘丹颇章贿赂了莫卧尔领军将领，所以莫卧尔军队从没正真投入战场。1684年春，在莫卧儿军队撤退后，噶丹泽旺借助增援部队攻入拉达克列城。没有援助的拉达克军队根本不是联军的对手，拉达克王最终选择投降；到噶丹泽旺将军处认错，叩头赔礼。联军将列城、比图、赤斯等7处碉楼、土地、财产归还给拉达克王，并要求拉达克方面发誓保证今后不再危害而要敬奉格鲁派，并要善待众属民。
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