雍正建立“秘密立儲制度”最為直接的原因就是雍正親自參與了康熙晚年的“九子奪嫡”，親眼見證了皇位爭奪的殘酷和激烈。而實際上，在雍正之前包括雍正在內的滿清最高統治者，每一位登上皇位的過程也都不是一帆風順的。
在清朝之前，中國曆代王朝選擇皇位繼位人方式基本都是遵循《周禮》和儒家傳統思想，即按照“有嫡立嫡”、“無嫡立長”、“兄終弟及”的方式來確定皇位繼位人，儘管在2000多年的封建王朝統治期間也發生了類似於“玄武門之變”、“燭影斧聲”這樣的奪權特例，但是大部分正常情況下的皇位傳承，都很好的遵循了這一套制度，特別是在清朝之前的大明王朝，就堅定的貫徹了這一套及位置度，甚至可以說明朝是中國封建社會歷史中，遵循“嫡長子繼承製”最為徹底的王朝了。
但是滿清作為一個少數民族的政權，並不是從一開始就接受了儒家思想並且受到中原王朝傳統禮儀文化的薰陶，因而從努爾哈赤時期開始，就沒有按照“嫡長子繼承製”來確定繼位人。與此同時，凡是被提前選定的繼位人，無一例外，都沒有好的下場，而每一次的皇位更迭，都伴隨著對於滿清最高統治權的激烈爭奪，有時平靜，有時血腥。
努爾哈赤去世前，努爾哈赤本人曾三度明確了繼位人選：
第一個是努爾哈赤的親弟弟舒爾哈齊，最終因為兄弟二人的決裂而被處死；
第二個是努爾哈赤的長子褚英，確立為繼位人後，與阿敏、莽古爾泰、皇太極等同樣戰功卓著的兄弟以及努爾哈赤的“五大臣”關係交惡，最終也為努爾哈赤所殺；
第三個是努爾哈赤的次子代善，因為與大妃關係曖昧被人抓住了把柄，再加上自己治家不嚴，這些小節上的不檢點也被努爾哈赤放棄。
而就在努爾哈赤想要確立多爾袞繼位並且積極做著準備和安排的時候，努爾哈赤去世了，而最終是由皇太極繼承了後金大汗的位置。儘管多爾袞兄弟三人沒有在與皇太極的競爭中被除掉，但是多爾袞的母親大妃阿巴亥則是被逼殉葬。
一代帝王登基，三條人命隕落，足可見當時後金汗位爭奪的慘烈。
皇太極時期，皇太極曾立海蘭珠的兒子為太子，希望傳位於他，但是海蘭珠的孩子不行早殤，後來皇太極突然猝死，隨即就是豪格與多爾袞之間激烈的皇位爭奪，而雙方也在火併的邊緣，最終選擇了順治皇帝福臨繼位。
而順治繼位之後，豪格為多爾袞所殺，多爾袞死後，又開始了對於多爾袞的清算，同樣經歷了一番血雨腥風。順治在位時期，也曾有極大的意向冊立董鄂妃的兒子為太子，只是其也是不幸早殤，之後順治還曾有意向傳位給安親王嶽樂，最終經過再三考量還是把皇位傳給了自己的兒子康熙皇帝玄燁。
在康熙晚年，又一次爆發了“九子奪嫡”，九位有實力的皇子組成了太子黨、四爺黨、八爺黨，對於皇位展開了激烈的爭奪，期間，被康熙立為太子已經三十多年的胤礽兩度被廢，太子胤礽和大阿哥胤禔被圈禁終身，其他皇子也在雍正登上皇位後，遭到了雍正的殘酷迫害，而得以善終者寥寥無幾。
“冊立為太子”、“公開的確定指定繼位人”像是一團魔咒一樣，一直困擾著大清王朝，除了幼年早殤的皇子，一旦被真的確定為繼位候選人，就會成為眾矢之的，而遭到其他勢力的極力反對與排擠打擊，而沒有確定繼位候選人的時候，皇子們又會因為覬覦皇位而展開殘酷而激烈的爭奪。
之所以出現這樣的情況，一方面是在於滿清畢竟是少數民族政權，儘管逐步接受了漢族思想，但是原有的思想還是根深蒂固的，相對於“立嫡立長”，他們更傾向於“立賢”，另一方面，就是皇子們對於帝位的覬覦以及對於權力的渴望，很難避免骨肉相殘和兄弟鬩牆事情的發生。
所以鑑於這種歷史慘痛的教訓，以及雍正自己的親身經歷，從雍正朝開始，清朝開始了通過秘密立儲制度進行皇位繼任與更迭，由皇帝親書立儲諭旨一式兩份，一份密封在錦匣內，安放於乾清宮“正大光明”匾後，另一份皇帝自己保存。待皇帝駕崩時，由御前大臣將兩份遺旨取出，共同拆封，對證無誤後當眾宣佈由誰繼位。而雍正就是用這種新的制度選立了乾隆皇帝。
實際上，真正通過秘密立儲制度登上皇位的只有乾隆、嘉慶、道光、咸豐四位皇帝。
根據清朝的史料記載和雍正自己撰寫的《大義覺迷錄》中的內容，儘管康熙在兩廢皇太子胤礽後沒有再指定繼位人選，但是卻留下傳位遺詔，將大位傳給了雍正，而這也成為秘密立儲制度的雛形，當年的康熙遺詔至今仍有保留。但是雍正的繼位至今仍是一個謎案，因為康熙的遺照依舊無法證明雍正到底是“遵詔繼位”、“改詔篡位”還是“無詔奪位”。
所以，清朝第一個通過秘密立儲而登上皇位的是乾隆皇帝，只不過秘密立儲時雍正的兒子也就剩下了弘曆、弘晝和弘曕了。弘晝荒誕不羈，弘曕年齡尚小，弘曆的登基也是板上釘釘的事情。
乾隆登基後，先後為富察皇后的兩個兒子永璉和永琮立儲，但是兩位儲君的早殤，不得已讓乾隆第三次秘密立儲，最終確定了由嘉慶皇帝繼承皇位。乾隆在做了六十年皇帝后選擇了主動退位禪讓，所以秘密立儲的詔書也是由他自己親自宣佈。
而這之後，道光皇帝、咸豐皇帝也是通過秘密立儲的方式繼承了皇位。咸豐皇帝由於僅有一子，所以無須秘密立儲，而同治、光緒均無子嗣，也不需要立儲，均由慈禧太后決定了皇位繼承人，而秘密立儲制度就此宣告終結。
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