雍正建立“秘密立储制度”最为直接的原因就是雍正亲自参与了康熙晚年的“九子夺嫡”，亲眼见证了皇位争夺的残酷和激烈。而实际上，在雍正之前包括雍正在内的满清最高统治者，每一位登上皇位的过程也都不是一帆风顺的。
在清朝之前，中国历代王朝选择皇位继位人方式基本都是遵循《周礼》和儒家传统思想，即按照“有嫡立嫡”、“无嫡立长”、“兄终弟及”的方式来确定皇位继位人，尽管在2000多年的封建王朝统治期间也发生了类似于“玄武门之变”、“烛影斧声”这样的夺权特例，但是大部分正常情况下的皇位传承，都很好的遵循了这一套制度，特别是在清朝之前的大明王朝，就坚定的贯彻了这一套及位置度，甚至可以说明朝是中国封建社会历史中，遵循“嫡长子继承制”最为彻底的王朝了。
但是满清作为一个少数民族的政权，并不是从一开始就接受了儒家思想并且受到中原王朝传统礼仪文化的熏陶，因而从努尔哈赤时期开始，就没有按照“嫡长子继承制”来确定继位人。与此同时，凡是被提前选定的继位人，无一例外，都没有好的下场，而每一次的皇位更迭，都伴随着对于满清最高统治权的激烈争夺，有时平静，有时血腥。
努尔哈赤去世前，努尔哈赤本人曾三度明确了继位人选：
第一个是努尔哈赤的亲弟弟舒尔哈齐，最终因为兄弟二人的决裂而被处死；
第二个是努尔哈赤的长子褚英，确立为继位人后，与阿敏、莽古尔泰、皇太极等同样战功卓著的兄弟以及努尔哈赤的“五大臣”关系交恶，最终也为努尔哈赤所杀；
第三个是努尔哈赤的次子代善，因为与大妃关系暧昧被人抓住了把柄，再加上自己治家不严，这些小节上的不检点也被努尔哈赤放弃。
而就在努尔哈赤想要确立多尔衮继位并且积极做着准备和安排的时候，努尔哈赤去世了，而最终是由皇太极继承了后金大汗的位置。尽管多尔衮兄弟三人没有在与皇太极的竞争中被除掉，但是多尔衮的母亲大妃阿巴亥则是被逼殉葬。
一代帝王登基，三条人命陨落，足可见当时后金汗位争夺的惨烈。
皇太极时期，皇太极曾立海兰珠的儿子为太子，希望传位于他，但是海兰珠的孩子不行早殇，后来皇太极突然猝死，随即就是豪格与多尔衮之间激烈的皇位争夺，而双方也在火并的边缘，最终选择了顺治皇帝福临继位。
而顺治继位之后，豪格为多尔衮所杀，多尔衮死后，又开始了对于多尔衮的清算，同样经历了一番血雨腥风。顺治在位时期，也曾有极大的意向册立董鄂妃的儿子为太子，只是其也是不幸早殇，之后顺治还曾有意向传位给安亲王岳乐，最终经过再三考量还是把皇位传给了自己的儿子康熙皇帝玄烨。
在康熙晚年，又一次爆发了“九子夺嫡”，九位有实力的皇子组成了太子党、四爷党、八爷党，对于皇位展开了激烈的争夺，期间，被康熙立为太子已经三十多年的胤礽两度被废，太子胤礽和大阿哥胤禔被圈禁终身，其他皇子也在雍正登上皇位后，遭到了雍正的残酷迫害，而得以善终者寥寥无几。
“册立为太子”、“公开的确定指定继位人”像是一团魔咒一样，一直困扰着大清王朝，除了幼年早殇的皇子，一旦被真的确定为继位候选人，就会成为众矢之的，而遭到其他势力的极力反对与排挤打击，而没有确定继位候选人的时候，皇子们又会因为觊觎皇位而展开残酷而激烈的争夺。
之所以出现这样的情况，一方面是在于满清毕竟是少数民族政权，尽管逐步接受了汉族思想，但是原有的思想还是根深蒂固的，相对于“立嫡立长”，他们更倾向于“立贤”，另一方面，就是皇子们对于帝位的觊觎以及对于权力的渴望，很难避免骨肉相残和兄弟阋墙事情的发生。
所以鉴于这种历史惨痛的教训，以及雍正自己的亲身经历，从雍正朝开始，清朝开始了通过秘密立储制度进行皇位继任与更迭，由皇帝亲书立储谕旨一式两份，一份密封在锦匣内，安放于乾清宫“正大光明”匾后，另一份皇帝自己保存。待皇帝驾崩时，由御前大臣将两份遗旨取出，共同拆封，对证无误后当众宣布由谁继位。而雍正就是用这种新的制度选立了乾隆皇帝。
实际上，真正通过秘密立储制度登上皇位的只有乾隆、嘉庆、道光、咸丰四位皇帝。
根据清朝的史料记载和雍正自己撰写的《大义觉迷录》中的内容，尽管康熙在两废皇太子胤礽后没有再指定继位人选，但是却留下传位遗诏，将大位传给了雍正，而这也成为秘密立储制度的雏形，当年的康熙遗诏至今仍有保留。但是雍正的继位至今仍是一个谜案，因为康熙的遗照依旧无法证明雍正到底是“遵诏继位”、“改诏篡位”还是“无诏夺位”。
所以，清朝第一个通过秘密立储而登上皇位的是乾隆皇帝，只不过秘密立储时雍正的儿子也就剩下了弘历、弘昼和弘曕了。弘昼荒诞不羁，弘曕年龄尚小，弘历的登基也是板上钉钉的事情。
乾隆登基后，先后为富察皇后的两个儿子永琏和永琮立储，但是两位储君的早殇，不得已让乾隆第三次秘密立储，最终确定了由嘉庆皇帝继承皇位。乾隆在做了六十年皇帝后选择了主动退位禅让，所以秘密立储的诏书也是由他自己亲自宣布。
而这之后，道光皇帝、咸丰皇帝也是通过秘密立储的方式继承了皇位。咸丰皇帝由于仅有一子，所以无须秘密立储，而同治、光绪均无子嗣，也不需要立储，均由慈禧太后决定了皇位继承人，而秘密立储制度就此宣告终结。
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