皖系軍閥自北洋軍閥體系中分裂出來。北洋軍閥，其源自晚清大臣李鴻章時創立，後由袁世凱掌權，天津小站編練新軍，到辛亥革命時，袁世凱擔任大總統，後來復辟帝制失敗，其去世後北洋軍閥分裂成若干派系軍閥。皖系就是其中之一。
皖系軍閥（1916年——1920年），北洋軍閥派系之一，因為其首領段祺瑞是安徽（簡稱皖）人而得名。其主要人物有徐樹錚﹑靳雲鵬﹑段芝貴﹑傅良佐等。其勢力範圍包括安徽、山東、上海、浙江、福建、陝西。
1916年袁世凱死後，皖系以北洋軍閥正統自居，操縱時局，聲勢浩大。皖系的興衰都在於一個人的所作所為，段祺瑞的謀士——徐樹錚。1901年二人在濟南相識，聘徐樹錚為書記官，後支持其留學日本。1910年徐樹錚學成歸來任段祺瑞的總參謀。1917年7月，孫中山發動了“護法運動”，矛頭直指段祺瑞，段以此為由，推行其武力統一政策。後來段祺瑞卸任總理，但依然掌握大權，煽動十餘省軍閥獨立，併成立安福國會，操縱時局，武力統一的政策遭到全國人民的公憤，直皖權力之爭日益激烈，段祺瑞讓徐樹錚邀奉系軍閥入關為其壯威。後來與奉系因為利益而產生對立。1920年直皖戰爭爆發，直奉兩系軍隊擊敗皖系段祺瑞下野、安福國會解散，北京政府由直系控制。皖系軍閥逐步被消滅，從此一蹶不振。
段祺瑞（1865年3月6日——1936年11月2日），字芝泉，一生六次主政，三造共和，號稱“北洋之虎”。從擁袁到反袁 ，反對帝制，在反對袁世凱的鬥爭中發揮了不可忽視的作用。段祺瑞一生清正廉潔，頗具人格魅力，號稱“六不理總理”。日本侵華後曾邀其建立偽政府，但段祺瑞強言拒絕，1933年被蔣介石請到上海養老。1936年病逝。
皖系軍閥軍閥的興衰和徐樹錚有著根本的聯繫，由於徐樹錚囂張跋扈，剋扣奉軍軍費，導致奉系倒向直系一方，致使皖系打敗。從此皖系軍閥輝煌不在。
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